基因表达数据库对冠心病关键调控基因的生物信息学分析

目的 应用基因表达(GEO)数据库对冠心病患者相关基因进行研究分析,探索新的冠心病潜在调控机制。方法 检索GEO数据库,选择冠心病患者和对照者的相关基因表达谱数据。导入处理后的冠心病患者的GSE71226数据集,利用GEO2R分析鉴定冠心病和健康人的差异表达基因(DEGs),通过分析确定冠心病患者和对照者的差异基因。采用R语言ggplot2包进行可视化相关分析。结果 共筛选出575个DEGs。进一步构建了一个蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,以可视化DEGs和识别中心基因。基因本体论通路富集分析显示,上调和下调DEGs的各排名前15的信号通路参与了胰岛素分泌、心脏传导系统、生长激素分泌等相关的生物过程;京都基因与基因组百科通路富集分析显示,上调和下调DEGs主要与序列特异性DNA复制、环状腺苷单磷酸酯(cAMP)、脂肪消化吸收酶等相关的信号通路等有关。进一步构建了PPI网络互作图,显示五个中心基因(SST、BBS10、CCK、POMC、HSPA9),其中SST与冠心病的预后密切相关。结论 冠心病的关键调控基因包括SST、BBS10、CCK、POMC、HSPA9,可能通过双链DNA结合、cAMP、脂肪消化吸收酶等相关的信号通路参与冠心病发病。

丙戊酸钠抗癫痫疗效相关枢纽基因鉴定

目的采用加权基因共表达网络分析探索抗癫痫药物丙戊酸钠疗效相关的基因模块及核心枢纽基因。方法从GEO数据库下载表达谱数据,构建基因共表达网络;采用Pearson相关性检验筛选与抗癫痫药物丙戊酸钠疗效显著相关的基因模块,根据模块内的连接性筛选枢纽基因;利用GO功能富集分析和KEGG通路分析对模块进行功能注释。结果根据基因表达的相关性,共构建了12个基因共表达模块,其中分别选出与是否采取丙戊酸钠药物治疗表型明显相关(r=0.57,P<0.0001)和与丙戊酸钠治疗是否有效表型显著相关(r=-0.53,P<0.0001)的两个基因模块;发现包含S1PR5、SARM1等基因以及MAGED1、FBXO31等基因分别在两个模块中处于核心地位;通过生物注释功能发现,两个模块中的基因主要富集在免疫调控、MAPK通路等生物学过程中。结论丙戊酸钠用药引起癫痫患者体内免疫和代谢通路变化,其疗效是否显著可能与MAGED1、FBXO31等基因功能相关。