一种单核苷酸多态性的单倍型分析技术

运用多步PCR和测序技术,完成基因组中相距较远的单核苷酸多态位点的单倍型构建。通过设计2条等 位基因特异性引物,扩增大片段DNA(10kb左右),以此大片段DNA作为下一轮PCR反应的模板,再在该片段 中设计待检测区域的PCR引物,进行第2轮PCR。对PCR产物进行测序分析,确定其多态位点处的等位基因。 结合第1轮PCR中的等位基因特异性引物,即可确定该大片段DNA中不同单核苷酸多态性构成的单倍型。以脂 蛋白脂酶基因为例,应用其启动子区以及第4外显子区的等位基因特异性引物扩增约16kb的DNA片段,然后检 测位于该片段中第2、3外显子的多态性。在LPL基因第2内含子中发现了+13557G→A多态性。经分析确定 出-421G/+13557G/+15222A、-421A/+13557G/+15222A、-421G/+13557G/+15222G、-421G/+ 13557A/+15222A等4种单倍型。等位基因特异性PCR结合小片段测序是一种快捷高效的对相距较远的多个 SNP进行单倍型构建的新策略。

ADAM33基因研究进展

ADAM33基因定位于20号染色体短臂20p13,属于ADAM基因超家族。ADAM基因超家族编码的蛋白质具有金属蛋白酶活性,这种活性与多种疾病的发生相关。在不同人群中的病例对照及家系研究提示ADAM33基因可作为哮喘的候选基因,其抑制剂有望用于哮喘病的治疗。

脂蛋白脂酶基因的克隆、序列测定及定点突变

以人的脂肪组织总RNA为模板 ,参考已报道的脂蛋白脂酶 (lipoproteinlipase ,LPL)cDNA设计引物 ,利用RT PCR方法扩增得到了LPLcDNA ,并经序列测定证实其序列是正确的 .在冠心病患者LPL基因第 5外显子的 830位碱基处发现了G→A的转换 ,该变异导致LPL基因第 192位的密码子CGA被CAA取代 ,使LPL第 192位精氨酸改变为谷氨酰胺 .在变异碱基附近设计合成两条引物 ,其中一条包含所要改变的碱基 。

SELDI蛋白质芯片技术及其应用

随着人类基因组测序计划的完成 ,鉴定细胞内蛋白质表达、结构、功能及相互作用方式等成为后基因组时代的主要目标之一。为此 ,需要高通量的蛋白质组学研究的技术和方法。近年来出现的表面增强激光解吸 /电离(surface enhancedlaserdesorption /ionization ,SELDI)蛋白质芯片技术是一种操作简单 ,方便快捷 ,样本需要量少 ,敏感性高 ,特异性强的高通量的研究蛋白组学的方法 ,在蛋白质功能分析、肿瘤标志物筛选、药物研发等方面具有广泛的应用前景。

转化生长因子β1基因启动子区多态性与慢性阻塞性肺疾病易感性的关联

目的:确定转化生长因子β1(transforminggrowthfactor-beta1,TGF-β1)基因启动子区的多态性和慢性阻塞性肺疾病(chronicobstructivepul-monarydisease,COPD易感性的关系。)方法:选择2004-02/08在四川大学华西医院住院的稳定期COPD患者84例为研究组,男62例,女22例;同期选择与患者组性别、年龄匹配的无血缘关系的四川成都地区汉族健康人97例为对照组,男71例,女26例。应用PCR-RFLP方法检测了两组研究对象TGF-β1基因启动子区的多态性。结果:-509C>T不同基因型在研究组和对照组之间的分布差异有显著性意义(P<0.05)。-509T等位基因在研究组中的频率(19.6%)也显著低于对照组(31.4%)(P<0.05)。在重度吸烟者中,-509C>T不同基因型及等位基因在研究组和对照组之间的分布差异有显著性意义(P<0.05)。结论:TGF-β1基因-509C>T多态性与COPD的发生相关联,-509T等位基因可能是COPD的保护因子之一。

变性高效液相色谱技术在单核苷酸多态性研究中的应用

人类基因组的单核苷酸多态性 (SNPs)研究已成为后基因组时代最重要的内容和目的之一 ,随之而来的迫切任务是需要适合于自动化且高通量检测SNP的技术。变性高效液相色谱 (DHPLC)是近几年发展起来的高效、快速筛检SNP的技术 ,因其检测SNP的高灵敏度。

维生素D受体基因多态性与中国藏族结核病的关联研究

目的研究维生素D受体基因两种多态现象与藏族结核病易感性的关系。方法用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）分析的方法分别对140例藏族活动性肺结核患者及139例有分枝杆菌接触史的同民族健康者进行维生素D受体基因两种多态性（FokⅠ、TaqⅠ）基因分型，根据不同基因型对样本分组，经统计学处理，研究两种多态性与肺结核易感性的关系。结果病例组中，FF、Ff与ff3种基因型分别为60例（42．9％）、56例（40％）、24例（17．1％）；而健康对照组的相应基因型为70例（50．4％）、60例（43．2％）、9例（6．5％），病例组ff基因型频率高于对照组（P〈0．05，OR3．111，95％可信区间1．343-7．207）。病例组中TT、Tt两种基因型分别为137例（97．9％）、3例（2．1％）；而健康对照组的相应基因型则为134例（96．4％）、5例（3．6％）。通过X^2检验表明，两组的基因型频率差异无统计学意义（P〉0．05，OR1．704，95％可信区间0．399～7．272）。FD五Ⅰ与TaqⅠ二位点D’为0．475，不存在连锁不平衡。结论维生素D受体基因中FokⅠ多态性与肺结核易感性有关，TaqⅠ多态性与肺结核发病无关联。FokⅠ多态性与TaqⅠ多态性两位点之间不存在连锁不平衡。

东亚钳蝎昆虫毒素BmKIT的cDNA序列分析

利用ＲＴ－ＰＣＲ方法从东亚钳蝎（ＢｕｔｈｕｓｍａｒｔｅｎｓｉＫａｒｓｃｈ，ＢｍＫ）的尾腺总ＲＮＡ中扩增出挛缩型昆虫毒素ＢｍＫＩＴ的ｃＤＮＡ，并对其核苷酸序列进行了分析。将含该基因的重组分泌型表达质粒ｐＥｘＳｅｃＩ－ＢｍＫＩＴ转化大肠杆菌ＢＬ２１（ＤＥ３），表达出分泌型的融合蛋白。

东亚钳蝎神经毒素在大肠杆菌中的表达

以山西风陵渡东亚钳蝎（ＢｕｔｈｕｓｍａｒｔｅｎｓｉＫａｒｓｃｈ）的尾腺总ＲＮＡ为模板，根据已知的蝎神经毒素保守氨基酸序列设计引物，利用ＰＣＲ技术，扩增并克隆了两个蝎神经毒素基因．序列分析表明，由两个基因导出的氨基酸序列（ＢｍＫＭｍ１和ＢｍＫＭｍ２）与已知的蝎神经毒素ＢｍＫⅠ、ＢｍＫⅡ、ＢｍＫⅢ、ＢｍＫＭ１、ＢｍＫＭ９有很高的同源性．将ＢｍＫＭｍ２基因重组到大肠杆菌分泌型表达载体ｐＥｘＳｅｃ１中进行表达．ＳＤＳ－ＰＡＧＥ证明表达产物被分泌到细胞周间质及培养液中．

APOA1/C3/A4/A5基因簇的新载脂蛋白基因:APOA5及其研究进展

应用人和鼠的比较基因组学和功能基因组学方法 ,Pennaccio等和Vliet等分别在APOA1/C3/A4基因簇中发现新的载脂蛋白基因APOA5。人的APOA5基因编码 36 6个氨基酸 ,与人APOA4、小鼠Apoa5高度同源。APOA5转基因小鼠其甘油三酯 (TG)减少至野生型的 1/3,而Apoa5基因敲除小鼠其TG却增加 4倍。APOA5多态位点SNP3( 1131T >C)和S19W及单倍型APOA5 3有显著升高TG的作用。APOA5调节血浆TG水平的作用与APOC3作用相反 。

3-羟-3甲基戊二酰辅酶A还原酶及他汀类药物

3 羟 3甲基戊二酰辅酶A(HMG CoA)还原酶是胆固醇合成的限速酶 ,它是胆固醇代谢的最重要的酶之一。HMG CoA还原酶的抑制剂———他汀类药物是目前广泛用于临床的降脂药 ,它不但可降低血浆胆固醇水平 ,还可防止动脉粥样硬化。

冠状动脉粥样硬化性心脏病患者脂蛋白酯酶基因的单核苷酸多态性的初步研究

目的 探讨脂蛋白酯酶基因 (lipoprotein lipase,L PL)单核苷酸多态性 (single nucleotidepolymorphisms,SNP)与冠状动脉粥样硬化性心脏病 (简称冠心病 )的关系。方法 利用聚合酶链反应扩增110名健康人和 10 2例冠心病患者 L PL 基因第 6外显子和第 6内含子的片段 ,采用温度调控高效液相色谱技术对扩增的片段进行了筛查 ,对筛查到的杂合片段进行序列测定 ,并与正常序列进行对照分析。结果 在L PL 基因第 6内含子中发现了 3个尚未报道的 SNP(42 12 t/ c、45 0 9t/ c、45 76 a/ c)。它们的频率在被检测的冠心病患者和健康人群中存在差异 ,其中 42 12 t/ c、45 76 a/ c两组间差异显著 (P<0 .0 5 )。结论 补充了 L PL基因 SNPs的数据库信息。L PL基因

脂蛋白脂酶基因多态性与冠心病关系的研究(英文)

探讨脂蛋白脂酶基因的多态性与冠心病的相关性。方法 提取冠心病群体和正常群体的基因组DNA ,借助聚合酶链反应扩增LPL基因的 9个外显子及其侧翼的内含子序列 ,采用变性高效液相色谱技术对扩增的片段进行了筛查 ,并用双脱氧末端终止法对扩增的片段进行了DNA序列检测。结果 在LPL基因第 5外显子发现了一未见文献报道的多态位点 ,即G830→A转换 ,该变异导致LPL基因第 192位的Arg(CGA)被Gln(CAA)取代。经χ2检验 ,由此多态产生的基因型A/A和等位基因A在对照组和冠心病组之间没有显著性差异 (P >0 0 5 )。对冠心病患者组进一步采用 χ2检验 ,发现A/A基因型和A等位基因在合并有高甘油三酯 /低高密度脂蛋白胆固醇血症的患者组和血脂正常的患者组之间存在显著性差异 (P <0 0 5 )。结论 首次发现了LPL基因G830A的多态性 ,该多态性 (Arg192Gln)可能影响LPL的酶活性 ,导致高甘油三酯 /低高密度脂蛋白胆固醇血症。该发现可能为探讨冠心病发病的分子机理有重要价值。

APOA5基因单核苷酸多态性与冠心病相关性研究

目的 探讨APOA5基因多态性与冠状动脉粥样硬化性心脏病 (coronaryheartdisease ,CHD)的相关性、与血脂关系及其在中国汉族人群中的分布。方法 用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析APOA5与APOA4交界区域的T/C单核苷酸多态。结果 T/C单核苷酸多态位点等位基因T、C频率在CHD组和正常对照组分别为 0 .43 5、0 .5 65和 0 .3 74、0 .62 6。等位基因频率和基因型频率分布均符合Hardy Weinberg平衡定律。T/C基因多态性基因型频率 ,等位基因T、C频率在两组间差异有显著性(P <0 .0 5 ) ,且基因型CC的冠心病患者其血浆高密度脂蛋白水平显著高于其他基因型患者 (P <0 .0 1)。中国人T/C单核苷酸多态位点T、C等位基因频率与欧洲白人比较 ,差异存在非常显著性 ( 0 .3 74vs 0 .663、0 62 6vs 0 .3 3 7;P <0 .0 0 1)。结论 T/C单核苷酸多态性与CHD存在相关性 (P <0 .0 5 ) ,患者组CC基因型与血浆高密度脂蛋白水平密切相关 (P <0 .0 1)。

卵磷脂胆固醇酰基转移酶基因单核苷酸多态性与冠心病脂代谢易感性的关联研究

目的 检测卵磷脂胆固醇酰基转移酶 (lecithincholesterolacyltransferase ,LCAT)基因 3个编码区单核苷酸多态位点在中国人群中的分布频率 ,并初步探讨它们与脂代谢和冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronaryatheroscleroticheartdisease ,CHD)易感性的关系。方法 采用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性方法 ,分析 2 0 9名正常人和 2 0 3例CHD患者中 60 8C/T、911T/C和 1188C/T(参照序列 :NM 0 0 0 2 2 9) 3个位点的多态性。结果 60 8C和 60 8T等位基因频率分布符合Hardy Weinberg平衡。CHD患者组 60 8T频率显著低于正常人群 (P =0 .0 3 4)。与无 60 8TCHD患者相比 ,具有 60 8T的CHD患者的血浆高密度脂蛋白胆固醇显著升高 (P =0 .0 15 )。 911T/C和 1188C/T在两组中均未检出。结论 LCAT基因 60 8T等位基因与CHD患者较高的血浆高密度脂蛋白胆固醇水平相关联 ,可能与中国人CHD相关。 911T/C和 1188C/T在中国人群中非常罕见。

胆固醇酯转运蛋白基因突变及其与冠状动脉粥样硬化性心脏病易感性的关联研究

目的 确定胆固醇酯转运蛋白 (cholesteryl ester transfer protein,CETP)基因 4种突变在中国人群中的频率 ,并探讨这些突变与脂代谢和冠状动脉粥样硬化性心脏病 (coronary atherosclerotic heartdisease,CHD)易感性的关系。方法 对 2 0 9名正常人和 2 0 3例 CHD患者 CETP基因相应片段进行了限制性片段长度多态性分析 ,用 HWE软件和 SPSS软件分别进行遗传平衡检验和统计学分析。结果 在正常对照组和 CHD患者组中均未检出 IVS14 A和 4 5 1Q突变基因。 4 0 5 V突变基因频率在正常人和 CHD患者中分别为 0 .4 4 3和 0 .4 13,4 4 2 G突变基因频率在两组中分别为 0 .0 0 7和 0 .0 2 5 ,I4 0 5 V和 D4 4 2 G突变的等位基因频率分布符合 Hardy- Weinberg平衡。CHD患者组 4 4 2 G突变基因频率显著高于正常人群 (P=0 .0 4 3)。与无 D4 4 2 G突变的 CHD患者相比 ,4 4 2 G突变杂合子 CHD患者的总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇显著升高 (P=0 .0 17;P=0 .0 4 1)。结论 CETP基因 IVS14 A和 4 5 1Q突变在中国人群中非常罕见 ,4 4 2 G突变基因可能是中国人

血管紧张素原基因单倍型与原发性高血压的关联研究

目的 研究中国人群中血管紧张素原 (angiotensinogen,AGT)基因多态性及单倍型与原发性高血压的关系。方法 在 335例高血压患者与 196名血压正常人中采用 PCR-限制性酶切片段长度多态性法检测血管紧张素原基因的多态性 ,同时用最大期望值方法进行两位点连锁不平衡和三位点的单倍型分析。结果 在 M2 35 T和 A- 2 0 C,M2 35 T和 A- 6 G,A- 2 0 C和 A- 6 G位点观察到了连锁不平衡 (P<10 - 4 )。病例 -对照检验显示 T2 35等位基因频率在高血压组中高于对照组 ,但所有单倍型频率分布在高血压组和正常对照组间差异无显著性。结论 受检人群中 AGT基因各单倍型与高血压未见关联 ,但 AGT基因T2 35位点可能是一种重要的高血压风险因子。

HMG-CoA还原酶基因多态性与血浆血脂的关系

目的 探讨 3-羟 - 3甲基戊二酰辅酶 A( 3- hydroxy- 3- methylglutaryl coenzyme A,HMG-Co A)还原酶基因多态性在中国汉族人群中的分布及其与冠心病 ( coronary heartdisease,CHD)的关系。方法 用聚合酶链反应 -限制性片段长度多态性方法分析 HMG- Co A还原酶基因第 2内含子区 Scr F1酶切多态性。结果 Scr F1多态位点等位基因 A、a频率在 CHD组和正常对照组分别为 0 .5 19、0 .4 81和 0 .4 4 0、0 .5 6 0。基因频率分布符合 Hardy- Weinberg平衡定律。Scr F1酶切多态性基因型频率、等位基因 A、a频率在组间比较差异无显著性 ( P>0 .0 5 ) ,但是 ,基因型为 AA的冠心病患者 ,其血浆极低密度脂蛋白、胆固醇水平显著高于其他基因型患者 ( P<0 .0 5 )。中国人 Scr F1多态位点 A、a等位基因频率与欧洲白人比较差异有显著性 ( 0 .4 4 vs0 .5 5 ,0 .5 6 vs0 .4 5 ,P<0 .0 5 ) ,可能由于标本的种族来源不同所致。结论 Scr F1酶切多态性与 CHD无相关性 ( P>0 .0 5 ) ,但是 ,患者组 AA基因型与血浆极低密度脂蛋白、胆固醇水平密切相关 ( P<0 .0 5 )