西藏藏猪戊型肝炎病毒全基因组生物信息学分析

为了解藏猪源戊型肝炎病毒(HEV)分子特性,选取1株西藏藏猪源HEV4d型(GenBank登录号OQ981960)进行全基因组克隆,并通过多种生物信息学工具对其非结构蛋白、衣壳蛋白和磷蛋白进行生物信息学分析。结果显示:非结构蛋白为不稳定、亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,分别有27和29个T、B细胞抗原表位,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三级结构包含锌离子受体、多个甲基化位点及多种解旋酶;衣壳蛋白为不稳定、亲水性蛋白,有跨膜区和信号肽,分别有14和29个T、B细胞抗原表位,二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,三级结构包含推定的糖基水解酶、镁离子位点、合成酶、连接酶、异构酶等;磷蛋白为稳定、亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,分别有7和15个T、B细胞抗原表位,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,三级结构包含多个转移酶、聚合酶、连接酶、分泌系统、甲基转移酶、金属离子结合蛋白等。本研究为进一步了解西藏藏猪源HEV基因组和蛋白功能奠定了基础。