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产蛋间隔前期鸽卵泡转录组比较分析揭示卵泡发育相关基因
1
作者
陈静
吴薛蓓
+3 位作者
苗冬枝
张弛
郭振玉
王莹
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期3503-3515,共13页
旨在对产蛋间隔前期母鸽卵泡颗粒细胞(GC)层进行高通量测序,筛选出与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因。本研究选择了80对12月龄产蛋规律、体重相近的白羽王鸽为研究对象,在产蛋间隔第1天(LI1)和第3天(LI3)分别选择3只母鸽,采集F1和SF1卵...
旨在对产蛋间隔前期母鸽卵泡颗粒细胞(GC)层进行高通量测序,筛选出与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因。本研究选择了80对12月龄产蛋规律、体重相近的白羽王鸽为研究对象,在产蛋间隔第1天(LI1)和第3天(LI3)分别选择3只母鸽,采集F1和SF1卵泡GC层,并利用RNA-seq进行转录组分析,筛选L1F1/L1SF1、L3F1/L3SF1、L1F1/L3F1和L1SF1/L3SF1组,4组间差异表达基因(DEGs),对DEGs进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库进行蛋白质互作(PPI)网络分析并使用Cytoscape软件进行可视化处理筛选关键基因,各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证转录组的可靠性。在4组比对中分别获得77、2736、5698和3864个DEGs。GO分析显示,4组DEGs都主要富集的GO条目为细胞过程、细胞解剖实体和连接。KEGG通路富集分析显示,L1F1/L1SF1组和L3F1/L3SF1组DEGs均显著富集在类固醇激素生物合成和卵巢类固醇合成等信号通路,L1F1/L3F1组和L1SF1/L3SF1组DEGs均显著富集在糖胺聚糖降解、突触囊泡周期和氧化磷酸化等信号通路。进一步地,进行PPI网络分析并筛选与卵泡发育和选择密切相关的DEGs。各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证,表达趋势与测序结果一致。本研究利用RNA-seq技术筛选到与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因——EEF2、DDX5、PLK2、IGF 2R、LHCGR、HSD 3B1、CYP 19A1和StAR,为进一步探究鸽卵泡发育和选择的分子调控机制提供了理论依据。
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关键词
鸽
产蛋间隔
卵泡发育
转录组
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职称材料
不同日龄白羽王鸽胸肌中lncRNA和mRNA功能分析
2
作者
张弛
刘超
+5 位作者
王一曼
苗冬枝
陈静
王莹
杨海明
王志跃
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1827-1836,共10页
【目的】分析不同日龄乳鸽胸肌发育的差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA,确定影响乳鸽生长发育的关键候选基因,探究乳鸽生长发育的分子机制,为促进乳鸽生长发育的研究提供理论基础。【方法】乳鸽于1(D1)、7(D7)、14(D14)和25(D25)日龄分...
【目的】分析不同日龄乳鸽胸肌发育的差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA,确定影响乳鸽生长发育的关键候选基因,探究乳鸽生长发育的分子机制,为促进乳鸽生长发育的研究提供理论基础。【方法】乳鸽于1(D1)、7(D7)、14(D14)和25(D25)日龄分别称重,随后在D7和D25时进行屠宰,利用RNA-Seq技术对所选日龄白羽王鸽胸肌的lncRNA进行测序并预测其靶基因,构建lncRNA-mRNA互作网络,对筛选的差异表达lncRNA进行GO功能和KEGG通路富集分析,并利用实时荧光定量PCR验证测序结果的可靠性。【结果】乳鸽于7~14日龄日增重最快,25日龄乳鸽体重到达上市日龄。从构建的6个文库中共获得56421个lncRNAs和30208个mRNAs,其中2335个lncRNAs差异表达,靶向1553个mRNAs。lncRNA-mRNA调控网络显示,lncRNA与mRNA间存在相互调控。GO与KEGG分析结果显示,差异基因与GTpase活性等相关,差异lncRNAs及其靶基因主要富集在MAPK信号通路、骨骼肌组织发育、TGF-β信号通路、Notch信号通路等信号通路,关键lncRNAs可能通过这些信号通路调控乳鸽胸肌发育。其中LTCONS_00012834、LTCONS_00032767、LTCONS_00045211和LTCONS_00002003分别靶向XIRP 1、PITX 3、BMPR 1 B、MYLK 4基因,发挥关键作用。实时荧光定量结果与高通量测序结果趋势一致,说明测序数据的可靠性。【结论】本研究共获得了2335个差异表达lncRNAs和1553个mRNAs,4个差异表达lncRNAs:LTCONS_00032767、LTCONS_00012834、LTCONS_00002003、LTCONS_00045211分别靶向与骨骼肌发育相关基因PITX 3、XIRP 1、MYLK 4和BMPR 1 B,且这些基因受到多个lncRNA的调控。结果为阐明乳鸽胸肌生长发育的分子机制以及白羽王鸽的分子选育提供了理论基础。
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关键词
白羽王鸽
胸肌
长链非编码RNA
MRNA
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职称材料
光照时间对蓝孔雀产蛋性能和生殖激素浓度的影响
3
作者
苗冬枝
张弛
+4 位作者
郭振玉
王莹
杨海明
顾拥建
袁裕忠
《中国家禽》
北大核心
2023年第4期76-80,共5页
为了探究光照时间对蓝孔雀产蛋性能及相关生殖激素浓度的影响,试验选择健康、产蛋正常的蓝孔雀42只,随机分为2组,分别采用自然光照(对照组,平均14h光照)和16h人工光照(试验组),每组3个重复,每个重复7只(雄孔雀1只,雌孔雀6只),记录产蛋量...
为了探究光照时间对蓝孔雀产蛋性能及相关生殖激素浓度的影响,试验选择健康、产蛋正常的蓝孔雀42只,随机分为2组,分别采用自然光照(对照组,平均14h光照)和16h人工光照(试验组),每组3个重复,每个重复7只(雄孔雀1只,雌孔雀6只),记录产蛋量,测定孵化率、受精率、蛋形指数和蛋重,利用ELISA法检测雌孔雀血清促黄体素(LH)、促卵泡素(FSH)和雌二醇(E2)浓度。结果表明:光照时间影响蓝孔雀产蛋量,与对照组相比,16h光照可显著提高蓝孔雀产蛋量(P<0.05)和健雏率(P<0.01);不同光照时间对蓝孔雀蛋的受精率、蛋形指数和蛋重无显著影响(P>0.05);16h光照显著提高雌孔雀血清LH、E2浓度(P<0.05)和FSH浓度(P<0.01)。综上所述,16h光照时间能够显著提高蓝孔雀产蛋量,极显著提高健雏率,对雌孔雀生殖激素水平有较大影响。
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关键词
蓝孔雀
光照时间
产蛋性能
生殖激素
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职称材料
题名
产蛋间隔前期鸽卵泡转录组比较分析揭示卵泡发育相关基因
1
作者
陈静
吴薛蓓
苗冬枝
张弛
郭振玉
王莹
机构
扬州大学动物科学与技术学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第8期3503-3515,共13页
基金
国家自然科学基金(32372875)
江苏高校优势学科建设工程四期项目(PAPD)。
文摘
旨在对产蛋间隔前期母鸽卵泡颗粒细胞(GC)层进行高通量测序,筛选出与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因。本研究选择了80对12月龄产蛋规律、体重相近的白羽王鸽为研究对象,在产蛋间隔第1天(LI1)和第3天(LI3)分别选择3只母鸽,采集F1和SF1卵泡GC层,并利用RNA-seq进行转录组分析,筛选L1F1/L1SF1、L3F1/L3SF1、L1F1/L3F1和L1SF1/L3SF1组,4组间差异表达基因(DEGs),对DEGs进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库进行蛋白质互作(PPI)网络分析并使用Cytoscape软件进行可视化处理筛选关键基因,各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证转录组的可靠性。在4组比对中分别获得77、2736、5698和3864个DEGs。GO分析显示,4组DEGs都主要富集的GO条目为细胞过程、细胞解剖实体和连接。KEGG通路富集分析显示,L1F1/L1SF1组和L3F1/L3SF1组DEGs均显著富集在类固醇激素生物合成和卵巢类固醇合成等信号通路,L1F1/L3F1组和L1SF1/L3SF1组DEGs均显著富集在糖胺聚糖降解、突触囊泡周期和氧化磷酸化等信号通路。进一步地,进行PPI网络分析并筛选与卵泡发育和选择密切相关的DEGs。各组随机选择5个DEGs进行RT-qPCR验证,表达趋势与测序结果一致。本研究利用RNA-seq技术筛选到与鸽卵泡发育和选择相关的关键基因——EEF2、DDX5、PLK2、IGF 2R、LHCGR、HSD 3B1、CYP 19A1和StAR,为进一步探究鸽卵泡发育和选择的分子调控机制提供了理论依据。
关键词
鸽
产蛋间隔
卵泡发育
转录组
Keywords
pigeon
laying interval
follicular development
transcriptome
分类号
S836.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
不同日龄白羽王鸽胸肌中lncRNA和mRNA功能分析
2
作者
张弛
刘超
王一曼
苗冬枝
陈静
王莹
杨海明
王志跃
机构
扬州大学动物科学与技术学院
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1827-1836,共10页
基金
国家自然科学基金面上项目(32372875)。
文摘
【目的】分析不同日龄乳鸽胸肌发育的差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA,确定影响乳鸽生长发育的关键候选基因,探究乳鸽生长发育的分子机制,为促进乳鸽生长发育的研究提供理论基础。【方法】乳鸽于1(D1)、7(D7)、14(D14)和25(D25)日龄分别称重,随后在D7和D25时进行屠宰,利用RNA-Seq技术对所选日龄白羽王鸽胸肌的lncRNA进行测序并预测其靶基因,构建lncRNA-mRNA互作网络,对筛选的差异表达lncRNA进行GO功能和KEGG通路富集分析,并利用实时荧光定量PCR验证测序结果的可靠性。【结果】乳鸽于7~14日龄日增重最快,25日龄乳鸽体重到达上市日龄。从构建的6个文库中共获得56421个lncRNAs和30208个mRNAs,其中2335个lncRNAs差异表达,靶向1553个mRNAs。lncRNA-mRNA调控网络显示,lncRNA与mRNA间存在相互调控。GO与KEGG分析结果显示,差异基因与GTpase活性等相关,差异lncRNAs及其靶基因主要富集在MAPK信号通路、骨骼肌组织发育、TGF-β信号通路、Notch信号通路等信号通路,关键lncRNAs可能通过这些信号通路调控乳鸽胸肌发育。其中LTCONS_00012834、LTCONS_00032767、LTCONS_00045211和LTCONS_00002003分别靶向XIRP 1、PITX 3、BMPR 1 B、MYLK 4基因,发挥关键作用。实时荧光定量结果与高通量测序结果趋势一致,说明测序数据的可靠性。【结论】本研究共获得了2335个差异表达lncRNAs和1553个mRNAs,4个差异表达lncRNAs:LTCONS_00032767、LTCONS_00012834、LTCONS_00002003、LTCONS_00045211分别靶向与骨骼肌发育相关基因PITX 3、XIRP 1、MYLK 4和BMPR 1 B,且这些基因受到多个lncRNA的调控。结果为阐明乳鸽胸肌生长发育的分子机制以及白羽王鸽的分子选育提供了理论基础。
关键词
白羽王鸽
胸肌
长链非编码RNA
MRNA
Keywords
White King pigeons
pectoralis muscle
lncRNA
mRNA
分类号
S836 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
光照时间对蓝孔雀产蛋性能和生殖激素浓度的影响
3
作者
苗冬枝
张弛
郭振玉
王莹
杨海明
顾拥建
袁裕忠
机构
扬州大学动物科学与技术学院
江苏沿江地区农业科学研究所
南通凤之灵农业发展有限公司
出处
《中国家禽》
北大核心
2023年第4期76-80,共5页
基金
江苏省科技计划现代农业--重点及面上项目(BE2020389)。
文摘
为了探究光照时间对蓝孔雀产蛋性能及相关生殖激素浓度的影响,试验选择健康、产蛋正常的蓝孔雀42只,随机分为2组,分别采用自然光照(对照组,平均14h光照)和16h人工光照(试验组),每组3个重复,每个重复7只(雄孔雀1只,雌孔雀6只),记录产蛋量,测定孵化率、受精率、蛋形指数和蛋重,利用ELISA法检测雌孔雀血清促黄体素(LH)、促卵泡素(FSH)和雌二醇(E2)浓度。结果表明:光照时间影响蓝孔雀产蛋量,与对照组相比,16h光照可显著提高蓝孔雀产蛋量(P<0.05)和健雏率(P<0.01);不同光照时间对蓝孔雀蛋的受精率、蛋形指数和蛋重无显著影响(P>0.05);16h光照显著提高雌孔雀血清LH、E2浓度(P<0.05)和FSH浓度(P<0.01)。综上所述,16h光照时间能够显著提高蓝孔雀产蛋量,极显著提高健雏率,对雌孔雀生殖激素水平有较大影响。
关键词
蓝孔雀
光照时间
产蛋性能
生殖激素
Keywords
blue peacock
illumination time
laying performance
reproductive hormones
分类号
S839.4 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
产蛋间隔前期鸽卵泡转录组比较分析揭示卵泡发育相关基因
陈静
吴薛蓓
苗冬枝
张弛
郭振玉
王莹
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
不同日龄白羽王鸽胸肌中lncRNA和mRNA功能分析
张弛
刘超
王一曼
苗冬枝
陈静
王莹
杨海明
王志跃
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
3
光照时间对蓝孔雀产蛋性能和生殖激素浓度的影响
苗冬枝
张弛
郭振玉
王莹
杨海明
顾拥建
袁裕忠
《中国家禽》
北大核心
2023
0
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职称材料
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