干细胞与特发性肺纤维化领域研究热点的可视化分析

目的采用文献计量学的方法可视化分析干细胞在特发性肺纤维化(IPF)领域的相关文献,探讨该领域的研究热点和不足。方法在Web of Science核心集数据库检索2003—2022年收录的干细胞在IPF领域相关文献,通过VOSviewer 1.6.19和Citespace 6.2.R4软件对文献进行年发文量、国家/地区、机构、作者、期刊分布等方面的分析。同时还进行关键词共现分析和文献共被引分析。结果共纳入文献637篇,此领域年发文量呈稳步增长态势,发文量最多的国家/地区是美国,发文量最多的机构是匹兹堡大学,发文量最多的作者有3位,分别是Geiser Thomas、Han Xiaodong和Rojas Mauricio,核心共被引作者是Noble Paul W,发表文献最多的期刊是American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine。热点分析结果显示,2018年以来干细胞治疗IPF的研究热点主要集中在发病机制、间充质干细胞(MSCs)的治疗潜力以及新药研发等。结论干细胞在IPF领域的研究数量逐年增长;参与该领域研究的作者和机构众多,但高产作者和机构相对较少,因此需要加强不同作者、机构、地区及国家间的合作。热点分析结果显示干细胞治疗为IPF患者提供了一种很有前景的治疗方式,但临床应用中仍有一些问题亟须解决,例如确定干细胞的最佳来源、干细胞移植途径、干细胞移植次数和时间以及适当的干细胞移植间隔等以评估干细胞治疗IPF的可行性。

红鳍东方鲀不同家系群体的形态性状差异与相关性分析

为获得优良的红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系与形态性状,为其育种工作提供数据参考,采用聚类分析、单因素方差分析和相关分析3种多元统计方法,对3个6月龄红鳍东方鲀家系群体的14项形态性状进行比较研究。结果表明:全同胞家系(F)的体质量(BWH)、体高(BD)、体宽(BW)、尾柄高(CPD)均高于日本家系(J)和半同胞家系(H),且显著高于日本家系(P<0.05),全同胞家系6月龄的生长速度明显快于其他两个家系;日本家系与全同胞家系和半同胞家系的形态差异较大,进化树分析结果显示,半同胞家系与全同胞家系先聚为一支,然后再与日本家系聚为另外一支;单因素方差分析结果显示,3个家系间的形态性状中眼后头长(EH)、头长(HL)、体质量(BWH)、头长+躯干长(HL+TR)、眼间距(IS)存在显著性差异(P<0.05);相关性分析结果显示,体全长(TL)、体长(BL)、体高(BD)、体宽(BW)、头长+躯干长(HL+TR)、尾长(TA)和尾柄高(CPD)与体质量显著相关(P<0.05)。研究表明,综合3个家系间均差异显著且变异系数相对较大,以及与体质量显著相关的性状作为遗传育种主要筛选性状标准,可以考虑用全同胞家系作为红鳍东方鲀遗传育种的优良家系,选育性状主要参考体质量、体宽、体高、体长、头长和尾柄高,本研究结果可为红鳍东方鲀育种工作提供基础资料。

红鳍东方鲀生长激素释放激素(GHRH)基因多态性及其与生长性状的关联分析

为研究生长激素释放激素(growth hormone-releasing hormone,GHRH)基因对红鳍东方鲀Takifugu rubripes生长性状的影响,设计4对可覆盖GHRH基因全序列的PCR引物,采用直接测序法对序列进行分析比对以筛选多态位点。试验群体为随机挑选的219尾红鳍东方鲀,于该群体的6月龄及12月龄时测量其体质量、体长、体高等10个生长相关性状,随后将筛选出的多态位点与生长性状进行关联分析,并进行连锁不平衡及双倍型分析。结果表明:共筛选出7个SNPs位点,分别为C81T、G315C、C1083T、A1524G、G2107A、T2125C和G2256A,其中,C81T、G315C和A1524G 3个位点的多态性与大多数生长性状均存在显著关联性(P<0.05);G2256A与T2125C,G207A与C083T位点均处于连锁不平衡状态,但并非完全连锁;6月龄群体中,双倍型D4和D5的体质量平均值显著高于D3(P<0.05),12月龄群体中,双倍型D5的体质量平均值显著高于D3(P<0.05)。研究表明,C81T、G315C和A1524G 3个位点是对红鳍东方鲀生长有正向影响的优势位点,6月龄群体中,双倍型D4和D5为优势基因型,12月龄群体中,双倍型D5为优势基因型,在后续红鳍东方鲀选育过程中可以优先选择这些位点和基因型。

红鳍东方鲀B-FABP基因SNPs筛选及其与生长性状关联分析

【目的】对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)脑型脂肪酸结合蛋白(B-FABP)基因进行筛选,并分析其SNPs与生长性状的相关性。【方法】利用重测序技术对红鳍东方鲀群体进行SNPs筛选,在位于2号染色体的B-FABP基因上进行PCR扩增和测序分析,通过最小二乘分析SNPs与生长性状的关系。【结果】共发现3个SNPs位点,分别为C442T、G676A、A731C,其中C442T位于第二外显子上,G676A与A731C位点位于第三内含子上,并且C442T位点的突变导致氨基酸中苏氨酸(Thr)变为甲硫氨酸(Met);C442T位点CC基因型个体与TT基因型个体之间无显著差异(P>0.05);G676A位点GA基因型个体的体质量、体高、尾柄宽均显著高于AA基因型个体(P<0.05);A731C位点AA基因型个体的体质量、体长、体全长、尾柄长、体高等多数性状均显著高于CC基因型(P<0.05)。【结论】选取FABP基因作为红鳍东方鲀的生长候选基因进行研究,其中两个SNPs位点可以作为分子育种的候选位点。

红鳍东方鲀与杂交鲀(菊黄东方鲀♀×红鳍东方鲀♂)形态性状的比较

利用4种方法对红鳍东方鲀和杂交鲀(菊黄东方鲀♀×红鳍东方鲀♂)的形态性状进行了比较。单因素方差分析表明,红鳍东方鲀与杂交鲀在头长、吻长、体长、体宽、尾柄长和尾柄高6个性状上表现出极显著差异(P<0.01);红鳍东方鲀和杂交鲀在头长/吻长、体长/体宽和头长/体宽3个性状比值上表现出极显著差异(P<0.01);红鳍东方鲀和杂交鲀在尾柄长/尾柄高、体长/头长和体长/尾柄长3个性状比值上表现出显著差异(P<0.05);2个品种在体宽/尾柄高上不具有显著差异(P>0.05)。通过主成分分析得到3个主成分,贡献率分别为39.124%、25.135%和16.231%,累计贡献率为80.491%。判别分析通过性状和性状比值分别计算得出2组红鳍东方鲀与杂交鲀的判别公式,判别准确率分别为98.2%和96.4%。差异系数分析表明杂交鲀与红鳍东方鲀之间不存在分化。