老年人接种甲型流感疫苗前后在不同衰弱状态下基因表达变化

目的通过对转录组测序数据分析,探索老年人接种甲型流感疫苗前后在不同衰弱状态下基因表达变化。方法从GEO数据库中下载转录组测序数据,分别计算衰弱与非衰弱老年人在接种疫苗前和接种后3、7 d的差异表达基因,并使用GO功能富集分析和KEGG通路分析对差异基因进行功能注释;进一步根据差异基因的相关性,当设定关联系数阈值为0.85时,参数β=5,基于此创建基因共表达网络;分选出与临床表型呈显著性相关的基因模块,最终根据模块内部的相连性筛选出核心枢纽基因。结果衰弱和非衰弱老年人在接种疫苗前和接种后3、7 d,分别有2756、1558、1783个差异表达基因。依据差异基因表达的相关程度,共分选出12个基因共表达模块,其中绿色模块与年龄及衰弱状态表型呈显著相关;发现B3GAT1、PTGDR等17个基因位于共表达网络的核心区;生物注释功能结果进一步表明,模块内基因主要富集于适应性免疫应答、T细胞激活、NK细胞激活等生物学过程中。结论不同衰弱状态的老年人在接种甲型流感疫苗前后基因表达,免疫反应、T细胞激活等信号通路存在差异。

提高精准医学伦理和社会学继续教育效果的探索与实践

目的:提高面向医务人员的精准医学伦理和社会学继续教育效果。医学继续教育担负着传播医学新技术、新知识的重任,在精准医学研究和医疗实践中间架起了一座桥梁,为医务人员的成长和进步提供了重要的条件。精准医学作为一种革命性的新技术,需要进行法律、伦理和社会问题的全新考量,并通过医学继续教育向医务人员进行普及。方法:总结本领域继续教育的现状,结合国际进展和经验,改进教育措施,进行验证。在常见的医学继续教育活动中,涉及精准医学伦理和社会学问题部分的内容往往较为陈旧、角度单一、论据空泛、重点不够突出。很有必要在医学继续教育中关注本领域的进展,引导医务人员针对这些精准医学相关的伦理和社会学问题进行归纳、分析和讨论,以降低医学实践的法律、伦理和社会风险,保护医患权益。结论:围绕精准医学的继续教育的伦理和社会学问题,基于我们的实践,通过不断充实继续教育的重点内容,切换理论角度,大大提高了医务人员精准医学继续教育活动的效果,助力医务人员应对医学技术革新的重大挑战。

我国农村区域经济发展现状及其精准扶贫策略

改革开放以来,我国的区域经济得到了迅速的发展。但是,农村区域经济发展不平衡问题是我国长期以来一直存在的问题,严重阻碍了农村区域经济的协调发展,且成为中国经济发展的瓶颈。文章结合我国目前国情,采用文献研究法和比较分析法,分析了我国农村区域经济发展的现状及其影响因素,以精准扶贫为契机,加大农村体制改革与创新力度,从而推动农村区域经济协调发展。

丙戊酸钠抗癫痫疗效相关枢纽基因鉴定

目的采用加权基因共表达网络分析探索抗癫痫药物丙戊酸钠疗效相关的基因模块及核心枢纽基因。方法从GEO数据库下载表达谱数据,构建基因共表达网络;采用Pearson相关性检验筛选与抗癫痫药物丙戊酸钠疗效显著相关的基因模块,根据模块内的连接性筛选枢纽基因;利用GO功能富集分析和KEGG通路分析对模块进行功能注释。结果根据基因表达的相关性,共构建了12个基因共表达模块,其中分别选出与是否采取丙戊酸钠药物治疗表型明显相关(r=0.57,P<0.0001)和与丙戊酸钠治疗是否有效表型显著相关(r=-0.53,P<0.0001)的两个基因模块;发现包含S1PR5、SARM1等基因以及MAGED1、FBXO31等基因分别在两个模块中处于核心地位;通过生物注释功能发现,两个模块中的基因主要富集在免疫调控、MAPK通路等生物学过程中。结论丙戊酸钠用药引起癫痫患者体内免疫和代谢通路变化,其疗效是否显著可能与MAGED1、FBXO31等基因功能相关。

自身免疫性脑脊髓炎小鼠中枢神经系统小胶质/巨噬细胞的作用机制研究

目的通过单细胞测序技术分析实验性自身免疫性脑脊髓炎(experimentalautoimmune encephalomyelitis,EAE)小鼠中枢神经系统免疫微环境的组成,探讨小胶质/巨噬细胞的不同亚群在多发性硬化(multiplesclerosis,MS)发生发展中的作用。方法 下载基因表达数据库(geneexpressionomnibus,GEO)中的scRNA-seq数据集(GSE130119),利用R语言分析EAE组与正常对照组小鼠存在差异的小胶质/巨噬细胞亚群及差异基因,通过基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析等论证组间存在显著差异的细胞亚群在MS疾病进程中的作用机制。结果 与对照组相比,EAE组小鼠的小胶质/巨噬细胞亚群比例发生了不同程度的改变;GO和KEGG富集分析结果显示,EAE组小鼠小胶质/巨噬细胞表现出显著的与免疫反应和氧化应激相关功能以及缺氧相关特征。结论 中枢神经系统小胶质/巨噬细胞可能通过免疫反应、氧化应激反应的功能及缺氧相关特征参与MS的发生发展。

基于加权基因共表达网络分析阿尔茨海默病相关的核心基因

目的采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探索阿尔茨海默病(AD)相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释。方法从GEO数据库下载转录组测序数据,根据基因的相关性,当关联系数阈值设定为0.85时,参数β=8,以此构建基因共表达网络;采用Pearson相关性检验计算模块基因与临床表型相关性,筛选出与AD显著相关的基因模块,根据模块内的连接性筛选枢纽基因;利用GO功能富集分析和KEGG通路分析对模块进行功能注释。进一步建立β-淀粉样蛋白(Aβ1-42)诱导SH-SY5Y细胞损伤模型,在模型组和对照组中检测枢纽基因的表达水平。结果根据基因表达的相关性,共构建了10个基因共表达模块,其中brown和turquoise模块与AD组显著相关(brown:r=0.66,P<0.001;turquoise:r=-0.68,P<0.001);结果显示48个基因在共表达网络中处于核心地位;通过生物注释功能发现,两模块中的基因主要富集在DNA损伤修复通路和代谢相关通路等生物学过程中。基因的差异表达分析显示,DNASE1、TEKT2、MTSS1L等基因在AD组中高表达,ACP2、LANCL2、GMPR2等基因在AD组中低表达;体外实验进一步验证了在Aβ1-42诱导的SH-SY5Y细胞损伤过程中DNASE1、TEKT2、MTSS1L表达上调(P<0.01),ACP2、LANCL2、GMPR2表达下调(P<0.01)。结论brown和turquoise模块与AD高度相关,并从模块中筛选出MTSS1L、GMPR2、ACP2、ACTG1、LANCL2等枢纽基因,可能通过调节DNA损伤和修复参与AD发病机制。

基于生物信息学技术筛选哮喘严重程度相关核心基因

目的研究筛选与哮喘严重程度相关的核心基因。方法从GEO数据库中下载哮喘患者及健康对照的支气管活检组织测序基因表达谱(GSE147878)数据集,使用GEO2R在线分析工具筛选与哮喘相关的显著差异表达基因,应用R语言中的WGCNA包分析得出与哮喘严重程度密切相关的共表达基因模块,提取相应基因模块中的基因,进行KEGG信号通路富集分析,同时导入STRING数据库进行蛋白质相互作用网络分析,最后用Cytoscape软件中的Cytohubba插件筛选出核心基因。结果应用多种生物信息学技术筛选出10个可能与哮喘严重程度相关的核心基因:EP300、AKT1、AR、YY1、CEBPA、CREB1、NR3C1、BRD4、POLR2A、CHD8。结论应用多种生物信息学技术筛选获得了与哮喘严重程度评估相关的核心基因,为哮喘的发生发展机制研究提供新的参考。

基于转录组测序分析人大细胞肺癌NCI-H460细胞对类泛素化抑制剂MLN4924的潜在耐药机制

目的探讨人大细胞肺癌NCI-H460细胞对类泛素化抑制剂MLN4924潜在新型耐药机制。方法利用MLN4924处理NCI-H460细胞,筛选和建立耐药细胞株。对普通NCI-H460对照细胞、MLN4924处理8 h加药细胞株、48 h加药细胞株和建立成功的耐药株进行高通量转录组测序。根据测序结果筛选差异表达基因,并进行通路富集分析。多组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用Dunnett-t检验。结果共构建3个NCI-H460耐药细胞株。转录组测序分析显示,与对照比较,MLN4924处理8 h加药株、处理48 h加药株、三株耐药株分别筛选出5303、4186、3388、3675和3267个差异表达基因,包括ABCA9、ABCA13、CYR61和CYP39A1等基因。RT-qRCR实验进一步验证了在瞬时加药组和耐药株中ABCA9和CYR61基因高表达。GO富集分析结果显示,差异表达基因与细胞周期、细胞凋亡、细胞间信号转导和细胞黏附等细胞生物过程高度相关,还与细胞核和细胞膜等细胞组分密切相关。KEGG通路富集分析结果显示,耐药细胞中差异表达基因集中在MAPK信号通路、PI3K/Akt信号通路和cAMP信号通路等。结论在人大细胞肺癌NCI-H460细胞中,ABCA9、CYR61、ABCC8和CYP4F12等基因的表达变化可能会提高其对MLN4924的耐药能力。这种耐药能力可能与MAPK信号通路、PI3K/Akt信号通路和cAMP信号通路有关。

衰弱与非衰弱高龄老人外周血单个核细胞单细胞转录组特征差异分析

目的已有研究表明衰老和衰弱影响人体免疫细胞转录组异质性和变异性。本研究着重探寻不同衰弱状态下高龄老人外周血转录组特征差异。方法下载基因表达数据库(GEO)中的GSE157007数据集,分析衰弱与非衰弱高龄老人外周血单个核细胞分布、特征,对差异表达基因(DEGs)进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用CellChat包分析细胞间的相互作用和通讯情况。结果与非衰弱组相比,衰弱组中T细胞、单核细胞总比例降低,自然杀伤(NK)细胞比例升高,B细胞比例相当。组间各细胞亚群DEGs存在差异,通路富集分析发现DEGs主要富集于抗原呈递、肿瘤坏死因子信号通路和趋化因子信号等通路。进一步细胞通讯分析显示衰弱组细胞间相互作用数目和强度均少于非衰弱组,组间细胞间相互作用的模式和信号通路不同。结论不同衰弱状态的高龄老人外周血单细胞转录组特征存在差异。

小微企业融资担保创新及风险防控举措探究

目前社会经济的快速发展,我国金融体制也在不断完善。 小微企业是国民经济发展的关键构成,在拉动内需和提高出口、提供就业岗位等方面具有较大贡献,而不少小微企业的经营发展都会面临资金问题,需要通过融资贷款的方式来支持自身的发展所需,提高市场竞争能力。 但小微企业的融资贷款需要建立在完善的担保机制之上,其中存在的风险问题不可忽视。 为促进小微企业的稳定发展,融资担保创新是必然趋势,但融资担保创新也需要关注风险的防控,只有这样才能在提高融资担保效率的同时降低小微企业所面临的风险问题,形成良性的融资借贷模式。

免疫抑制剂的药物基因组学研究进展

患者对药物反应的个体差异,一般是由药物在体内的代谢酶、转运体和靶点编码基因的多态性引起的。因为免疫抑制剂的治疗窗口较窄,患者个体差异导致的不良反应和疗效不佳,都可能引起比较严重的后果,近年人们对于利用药物基因组学进行个体化治疗给予了很高的期待。大量研究已经揭示了多种基因多态性与免疫抑制剂的药代动力学和药效动力学(PK/PD)之间的关联。本文将围绕免疫抑制剂的PK/PD,选择部分具备临床参考意义的研究,简要综述与免疫抑制剂代谢、转运和活化过程相关的药物基因组学进展。

多物种A-to-I编辑事件的可视化注释数据库

目的构建涵盖多物种,并提供精确、可视化注释信息的A-to-I编辑事件的数据库。方法用多种方法收集9个项目中包含7个物种超过230万个RNA编辑位点,将数据整合并上传至MySQL数据库。利用Django、Bootstrap和Echarts等框架,在阿里云服务器搭建数据库平台。结果dbRED数据库(https://dbred.bioinfotech.org)整合了基因组和表观基因组注释,并能跨组织/细胞系/物种分析RNA编辑位点。此外,dbRED允许用户在交互式和可视化界面中浏览感兴趣的A-to-I RNA编辑位点的注释。结论dbRED数据库易于访问、数据量庞大、搜索便捷,将会成为在基因组和表观遗传学背景下,探索A-to-I改变的功能性结果的有用资源。