基于基因组突变数据分析肝癌预后分子标志物

目的探讨肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)及关键信号通路的基因变异与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者预后的相关性。方法从TCGA数据库及cBioPortal数据库schulze2015队列分别获取376例和243例HCC患者全外显子测序数据,从ICGC数据库获取JP队列 394例及FR 队列250例HCC患者全基因组测序数据。采用生存分析研究TMB、关键信号通路的基因变异与HCC患者预后的关系。结果 TCGA队列、JP队列、schulze2015队列和FR队列中,对数转换后的TMB与年龄均呈正相关(P<0.001);在schulze2015队列中,对数转换后的TMB与肿瘤大小呈正相关(r=0.204,P=0.002)。在TCGA队列中,与低TMB组比较,高TMB 组HCC患者的OS(P<0.001)及DFS(P=0.088)均明显降低,高TMB组HCC患者的死亡风险是低TMB组的2.156倍(P<0.001)。JP队列和FR队列均未发现TMB与OS及DFS有统计学意义。TCGA队列、JP队列和FR队列中,细胞周期调控通路基因变异的HCC患者中位DFS和中位OS均低于无变异的患者(P<0.05),而复发风险和死亡风险均高于无变异患者(P<0.05)。结论肿瘤突变负荷高和细胞周期调控通路的基因变异的HCC患者预后较差。