马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发

为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群体马口鱼中共检测到106个等位基因,观测杂合度为0.125~0.813,期望杂合度为0.359~0.862,多态信息含量(PIC)为0.339~0.830,其中12对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据。

中华鳖性别分子鉴定方法开发与验证

为开发中华鳖(Pelodiscus sinensis)性别分子鉴定方法,分析比对了雌性中华鳖基因组中SBNO 1基因2个拷贝的序列信息,筛选出1处内含子长度差异,设计引物进行雌雄个体PCR扩增检测和测序验证;并进一步以48只雌雄中华鳖基因组为样本进行准确率检验。结果显示,雌性中华鳖扩增产物为2031 bp和1624 bp双带,雄性中华鳖扩增产物为2031 bp单一带。结合解剖学性别鉴定记录,48只雌雄中华鳖性别分子鉴定的判别准确率为100%。本研究提供了一种微创、简便快捷的中华鳖性别分子鉴定方法,为中华鳖单性养殖和性控育种奠定了基础。

末次冰消期以来黄河首曲流域气候变化与地表过程相互关系

黄河首曲是世界高海拔地区生物多样性丰富和生态变化敏感的地区,其环境演变过程如何响应区域气候变化具有重要的科学意义。针对该区末次冰消期以来气候环境重建结果的分歧,以目前已发表的多载体记录为基础,独立集成区域气候变化的框架性过程和地表环境演变历史,进而探讨两者的相互关系。结果表明:(1)该区在13~6 ka气温和湿度持续增加,10~6 ka为气候最优期,6 ka以后气温和湿度逐渐下降,气候变冷变干。(2)18~11 ka地表过程以河湖相过程为主,风沙活动非常弱;11~8 ka河湖沉积过程减弱,风沙活动增强;8~3 ka古土壤大规模发育;3 ka以来广泛发育草甸土。(3)区域地表环境变化过程与气候变化之间存在非同步变化,6 ka以前气候变化对区域地表过程呈正向驱动,6 ka以后对区域地表过程呈负向驱动。基于现代和晚全新世草甸土壤粒度的比较,发现草甸土壤的发育是气候变冷变干背景下风成物质不断加积的产物,进一步暗示区域土壤发育与气候变化间的复杂关系。