NGS自动化平台在HLA基因分型的建立及应用

目的建立基于二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术对人类白细胞抗原(human leucocyte antigen,HLA)基因进行分型的自动化操作平台,并评估其在HLA常规检测中的应用。方法根据试剂盒操作说明编写相应的计算机程序,利用Hamilton Microlab STARlet全自动液体处理工作站联合96通道小型液体工作站、荧光化学发光分析仪等仪器,实现NGS技术对HLA基因分型过程中文库制备步骤的自动化操作。结果手工法和自动化平台获取的文库片段两者读长基本一致,浓度及质量均符合要求,测序结果一致;而自动化平台操作时间明显少于手工操作。结论建立的NGS自动化操作平台检测HLA基因分型方法可行,值得推广使用。

AllType NGS11位点测序试剂在HLA-DPB1基因分型中的模棱两可结果分析

目的 统计分析AllType NGS 11位点测序试剂在Ion Torrent S5和Illumina Miseq 2种二代测序平台对HLA-DPB1基因进行分型检测时的模棱两可结果情况。方法 采用One Lambda公司AllType NGS 11位点测序试剂盒检测434个患者或供者标本的HLA-DPB1基因,其中在Ion Torrent S5测序平台上检测了336个标本,在Illumina Miseq测序平台上检测了98个标本;并同步对434份标本采用PCR-SSO流式磁珠法复核HLA-DPB1基因。对HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因,采用Sanger测序法检测区分。使用TypeStream Visual专业软件指定NGS法的HLA-DPB1基因分型结果,直接计数法统计分析模棱两可组合比例。结果 NGS法以HLA-DPB1命名*后第3区域数字作为高分辨结果进行统计,434个标本中共有357个标本出现模棱两可结果,占82.3%(357/434);其中Ion Torrent S5测序平台336个标本有275个标本存在模棱两可结果,占81.8%(275/336),表现出45种类型;Illumina Miseq测序平台98个标本有82个标本存在模棱两可结果,占83.7%(82/98),表现出27种类型。所有标本HLA-DPB1基因经PCR-SSO法复核,未发现NGS法漏检HLA-DPB1等位基因情况。Sanger测序法检测区分41个标本,共43个HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可的等位基因,发现HLA-DPB1*13∶01∶01等位基因为25个,占58.1%(25/43);HLA-DPB1*107∶01等位基因为18个,占41.9%(18/43)。结论 应用AllType NGS 11位点测序试剂仍有较高比例的HLA-DPB1基因模棱两可组合结果。利用Sanger测序法分析HLA-DPB1基因1号外显子可区分解决部分HLA-DPB1*13∶01∶01/107∶01模棱两可等位基因。

HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位基因重组的分析

目的:探讨2个家系人类白细胞抗原(HLA)座位的重组情况。方法:采集家系成员的外周血,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)和二代测序技术检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1座位,通过家系遗传分析确定个体HLA单体型。结果:家系1中单体型HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:02~DQB1*03:01~DPB1*05:01:01G与HLA-A*03:01~C*04:01~B*35:03~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G在HLA-B和HLA-DRB1座位间进行了交换,形成HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G。家系2中单体型HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*13:01:01G与HLA-A*11:01~C*07:02~B*38:02~DRB1*15:02~DQB1*05:01~DPB1*05:01:01G在HLA-DQB1和HLA-DPB1座位间进行了交换,形成HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*05:01:01G。结论:2个中国汉族人群家系分别发生了HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位间的基因重组。

化瘀通脉汤联合奥拉西坦对缺血性脑卒中患者血流动力学及神经功能的影响

目的 为分析化瘀通脉汤联合奥拉西坦治疗缺血性脑卒中的疗效,并探究其对血流动力学及神经功能的影响。方法 选取2019年12月至2022年12月荥阳市中医院收治的93例缺血性脑卒中患者为研究对象,随机分为对照组(奥拉西坦治疗)46例、研究组(化瘀通脉汤联合奥拉西坦治疗)47例。比较两组疗效,安全性及治疗前后美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分,中医证候积分,脑血流动力学[大脑动脉平均血流速度(Vm)、搏动指数(PI)、血流阻力指数(RI)、脑血管特征性阻抗(ZCV)],神经功能[中枢神经特异性蛋白(S100-β)、神经元特异性烯醇化酶(NSE)、谷氨酸(Glu)],炎性因子[单核细胞趋化蛋白(MCP-1)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、可溶性细胞间黏附分子-1(sICAM-1)]。结果 研究组总有效率高于对照组(P<0.05)。治疗后,研究组NIHSS评分、中医证候积分、PI、RI、ZCV低于对照组,Vm高于对照组(P<0.05);研究组血清S100-β、NSE、Glu、MCP-1、MMP-9、sICAM-1水平低于对照组(P<0.05)。两组不良反应发生率比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论?化瘀通脉汤联合奥拉西坦治疗缺血性脑卒中的疗效确切,可改善临床症状,促进血流动力学、神经功能恢复,并可抑制炎性反应,且安全性好。

核转运蛋白α2和细胞分裂周期蛋白25同源蛋白C在肝细胞癌组织中的表达及相关性

目的研究核转运蛋白α2(KPNA2)和细胞分裂周期蛋白25同源蛋白C(CDC25C)在肝细胞癌组织中的表达及相关性。方法回顾性收集山西省人民医院2012年9月至2015年10月手术切除的肝细胞癌石蜡包埋组织标本100例,另选取20例癌旁组织石蜡包埋标本。采用免疫组织化学染色检测肝细胞癌和癌旁组织中KPNA2和CDC25C的表达情况,采用Pearson相关性方法分析KPNA2和CDC25C表达的相关性,采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果肝细胞癌组织中KPNA2、CDC25C高表达率均高于癌旁组织(均P<0.05)。Pearson相关性分析结果显示,KPNA2与CDC25C的表达呈正相关(r=0.317,P=0.002)。将患者分为KPNA2高表达组(53例)和低表达组(47例),CDC25C高表达组(65例)和低表达组(35例)。KPNA2高表达组和CDC25C高表达组甲胎蛋白>400μg/L、肿瘤直径>5 cm比例均高于相应的低表达组,差异均有统计学意义(均P<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,KPNA2高表达组和CDC25C高表达组总生存率均低于相应的低表达组(Log-rankχ^(2)=3.887、10.339,P=0.049、0.001)。结论肝细胞癌组织中KPNA2、CDC25C表达增加,且二者表达呈正相关。KPNA2、CDC25C高表达患者总生存率较低。

整体护理对肝胆术后发生胆瘘患者的临床护理作用及对患者满意度的影响

研究肝脏外科手术中出现胆瘘病人的整体护理效果及其对病人的满意度.方法 本项目拟选取医院收治的80名肝胆外科术后出现胆瘘的病人,在计算机系统的随机化下,将40名病人作为对照组并实施常规护理,而40名病人作为研究组则接受全面护理,并对两组病人的引流时间、住院时间、负面情绪评分和护理满意度进行比较。结果 术后平均住院时间和引流时间,研究组均较对照组明显缩短(P<0.05);两组患者治疗前后的负性情感得分比较,均无显著性(P>0.05);护理后研究组患者的负性情感得分明显低于对照组组(P<0.05);研究组的护理满意度为97.50%(39/40),明显高于对照组(32/40)(P<0.05)。结论 对肝胆术后胆瘘患者实施整体护理,可有效促进术后恢复速度,调节患者负性情绪程度,同时加强对护理服务满意度,临床价值显著。

脑血栓患者的发病危险因素分析及脑血栓与血清PKC、SOST、血液流变学指标的相关性分析

目的分析脑血栓患者的发病危险因素及脑血栓与血清蛋白激酶C(PKC)、骨硬化蛋白(SOST)、血液流变学指标的相关性。方法回顾性选择2021年1月至2023年7月唐山市人民医院收治的96例脑血栓患者纳入观察组,另选同期收治的96例非脑血栓者纳入对照组。比较两组一般资料(性别、年龄、体重指数、吸烟、饮酒、高血压、糖尿病、高脂血症、冠心病等)、血清PKC、SOST表达水平及血液流变学指标[血浆黏度(PV)、红细胞压积(HCT)、红细胞聚集指数(RAI)、纤维蛋白原(FIB)];采用多因素Logistic回归分析对脑血栓患者的发病危险因素进行分析;根据美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分将脑血栓患者分为轻度组、中度组和重度组,分析血清PKC、SOST表达水平及血液流变学指标在不同严重程度的脑血栓患者间的差异性;采用Pearson相关性分析对血清PKC、SOST表达水平及血液流变学指标与NIHSS评分、改良RANKIN量表(mRS)评分的关系进行分析。结果两组性别构成比、年龄、吸烟患者比例、糖尿病患者比例、冠心病患者比例比较,差异均无统计学意义(P>0.05);观察组的体重指数、饮酒患者比例、高血压患者比例、高脂血症患者比例、血清PKC、SOST水平及PV、HCT、RAI、FIB水平分别为(25.04±1.47)kg/m^(2)、20.83%、54.17%、34.38%、(196.52±45.37)μg/L、(4.65±1.07)ng/mL、(6.75±0.72)mPa·s、(44.82±4.56)%、(5.86±0.71)%、(4.62±0.85)g/L,均高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。经多因素Logistic回归分析,高血压、高脂血症、血清PKC、SOST、RAI、FIB均是脑血栓患者发病的独立危险因素(P<0.05)。轻度组、中度组和重度组的血清PKC、SOST表达水平及PV、HCT、RAI、FIB水平比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。经Pearson相关性分析,脑血栓患者血清PKC、SOST表达水平及PV、HCT、RAI、FIB水平均与NIHSS评分、mRS评分呈正相关(P<0.05)。结论脑血栓患者的发病受高血压、高脂血症、血清PKC、SOST、RAI、FIB水平影响,其中血清PKC、SOST及血液流变学指标与其病情严重程度及预后有关。

惠农信息乡村传播中的村民信息困境及解决策略研究——以湘西保靖Y村为例

【目的】健全惠农信息乡村传播机制,使惠农信息真正实现“惠农”“利农”,为相关研究提供现实借鉴,促进乡村产业振兴和经济振兴。【方法】课题组以湘西土家族苗族自治州保靖县Y村为例,通过文献分析法、问卷调查法和实地访谈法分析了湘西Y村惠农信息的传播现状,提出了惠农信息乡村传播中的村民信息困境。【结果】从信源、信道、信宿三个方面看,受信息需求分化与供给统一矛盾、传播模式和方式不合理、村民信息素养差异大和村干部自由裁量权大这些因素的影响,存在村民对惠农信息关注度低、惠农信息传播不到位、惠农信息不对称的困境。【结论】基于上述困境,课题组提出了优化惠农信息传播方式和拓宽传播渠道、提升村民信息素养、规范惠农信息传播内容、健全信息监督反馈机制等解决策略,以期进一步提高惠农信息的乡村传播效果,促进乡村全面振兴。

指向核心素养培养的高中物理跨学科教学设计——以“楞次定律”为例

依据《普通高中物理课程标准(2017年版2020年修订)》,基于高中物理跨学科教学的主要困难,以“楞次定律”为例提出指向核心素养培养的跨学科教学设计策略。指向核心素养培养的高中物理跨学科教学,以促进学生核心素养发展为目标,以实验为载体,以分析解决问题为主要教学内容,为高中物理教师的跨学科教学提供参考和借鉴。

网联废弃物语音识别智能分类系统

随着集约型社会建设不断推进,资源的循环利用越来越受到重视,因此垃圾的分类回收也越来越重要。为适应垃圾分类的需求、提高垃圾分类的效率,设计了语音识别的网联废弃物智能分类系统。基于STM32主处理器构成的智能终端管理系统,通过对垃圾投放者发出的语音信息实现垃圾种类的识别,并开启相应的垃圾箱门,实现垃圾的分类收集。智能终端管理系统将采集到垃圾站点的信息通过无线网络发送到远程服务器,远程服务器将接收到的垃圾站点的信息进行存储和实时显示,实现对区域范围内垃圾站运行状态的远程实时监控和网络化管理。通过与城市环卫等管理部门信息共享、相互协调,使垃圾分类、收集和转运实现智能化管理。

能谱CT单能量成像和去金属伪影算法在先天性漏斗胸儿童胸腔镜下微创漏斗胸矫正术后的应用

目的 评价单能量成像技术和去金属伪影算法(MARs)在提升先天性漏斗胸儿童胸腔镜下微创漏斗胸矫正术的CT图像质量的能力。方法 选取2022年1月-2023年8月于徐州市儿童医院接受胸腔镜下微创漏斗胸矫正术的先天性漏斗胸患儿114例,收集其植入金属钢板后胸部CT平扫图像进行回顾性分析。测量120 kVp-like、110 keV和110 keV+MARs、50 keV和50 keV+MARs图像中金属钢板一端伪影暗区、临近伪影暗区的胸壁肌肉、背部竖脊肌的CT值和SD值,分别记为CT_(1)、CT_(2)、CT_(3)和SD_(1)、SD_(2)、SD_(3),并计算|ΔCT|和伪影指数(AI),比较每组之间的图像质量差异。结果 120 kVp-like图像的CT_(2)、CT_(3)、SD_(2)、SD_(3)、|ΔCT|及AI值均高于110 keV图像,低于50 keV图像,差异有统计学意义(P<0.05)。120 kVp-like图像的CT1值低于110 keV图像,高于50 keV图像,差异有统计学意义(P<0.05)。50 keV和110 keV图像的CT_(2)、CT_(3)、SD_(2)、SD_(3)、|ΔCT|及AI值分别高于50 keV+MARs和110 keV+MARs图像;50 keV图像的CT1低于50 keV+MARs图像;110 keV图像的CT1低于110 keV+MARs图像;110 keV和110 keV+MARs图像的CT3和|ΔCT|比较,差异无统计学意义(P>0.05),其余差异均有统计学意义(P<0.05)。两位医师主观读片评分一致性良好。结论 能谱CT高能单能量图像(110 keV)可有效抑制金属伪影,在此基础上联合MARs算法能进一步提升图像质量。

探讨CT联合HFUS对小儿肠套叠的诊断研究

目的探讨CT联合高频超声(HFUS)对小儿肠套叠的诊断价值,并分析复位的影响因素。方法选取2019年1月~2022年9月在我院诊治的疑似肠套叠患儿110例,其中81例经临床确诊为肠套叠,29例经临床确诊为闭孔疝、急性阑尾等非肠套叠,均行CT、HFUS检查,分析CT联合HFUS对小儿肠套叠的诊断价值,对肠套叠患儿进行空气灌肠复位,按照复位成功与否分为成功组74例和失败组7例,分析复位失败的影响因素。结果受试者工作特征(ROC)曲线分析显示,CT、HFUS、CT联合HFUS诊断小儿肠套叠的曲线下面积(AUC)分别为0.746、0.788、0.941。CT诊断肠套叠的敏感度、特异度、准确性分别为80.25%、68.97%、77.27%,HFUS的分别为85.19%、72.41%、81.82%,明显低于CT联合HFUS的95.06%、93.10%、94.55%(P<0.05)。经单因素分析,年龄、发病至入院时间、腹胀、血便量、X射线下包块是小儿肠套叠复位失败的影响因素(P<0.05);经二元Logistic回归分析,年龄<1岁、血便量大量、X射线下包块分叶状是小儿肠套叠复位失败的危险因素(P<0.05)。结论CT联合HFUS对小儿肠套叠具有较高的诊断价值;小儿肠套叠复位失败和年龄小、血便量多、X射线下包块分叶状有关。

能谱CT与常规CT在漏斗胸矫形钢板植入体模后的辐射剂量与图像质量研究

目的比较在不同模式下对植入漏斗胸矫形钢板的体模扫描的辐射剂量和图像质量。方法采用Revolution CT在常规扫描和能谱扫描模式下分别使用固定mA模式和自动mA模式对植入钢板后的仿真体模进行扫描,记录每次扫描后的辐射剂量进行对比研究,选取常规扫描辐射剂量最低组和常规扫描辐射剂量低于且最接近能谱扫描组图像做主观和客观分析;结果100Kvp+NI12组辐射剂量最低,120Kvp+NI12组辐射剂量低于且最接近GSI,客观评价及主观评分:能谱扫描(100keV+MARs,120keV+MARs,140keV+MARs)图像质量均优于常规扫描。结论能谱扫描模式下的图像质量较常规扫描高,日常工作中采用GSI模式下采用200mA作为扫描条件可以做到图像与剂量的平衡。

表达猪流行性腹泻病毒COE基因的重组乳酸菌的构建与鉴定

用疑似患猪流行性腹泻病(PED)的病猪肠病料,根据猪流行性腹泻病毒(PEDV)S糖蛋白基因设计引物进行RT-PCR扩增,获得531 bp的PEDV部分保护性抗原基因,将其克隆入pMD18-T载体后测序,核苷酸序列与PEDV CV777株相应序列的同源性为99.4%。根据测序结果和表达载体特点,设计一对引物,扩增PEDV部分保护性抗原基因(COE基因)501 bp片段。将COE基因与乳酸乳球菌表面表达载体pNZ8149进行连接,电击转化入食品级乳酸乳球菌NZ3900细胞。重组菌以1 ng/mL乳链菌肽(Nisin)诱导,通过SDS-PAGE和Western blot分析,PEDV部分S蛋白成功表达,并具有反应原性。间接免疫荧光试验表明,重组菌表达蛋白定位于菌体细胞表面。

北部湾3种金线鱼属鱼类COI基因序列的比较分析

运用直接测序法对产自北部湾的日本金线鱼(Nemipterus japonicus)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)3种金线鱼属鱼类的线粒体DNA细胞色素氧化酶I(COI)基因序列进行了测序分析,并探讨了3种金线鱼之间的亲缘关系。在所分析的48条COI同源序列片段(696 bp)中共检测到29个单倍型和104个核苷酸多态位点。单倍型分析结果显示,日本金线鱼和红棘金线鱼之间有明显的基因交流。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,日本金线鱼与红棘金线鱼之间亲缘关系较近,无明显遗传分化。利用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的系统发育树显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂聚为一支,而苏门答腊金线鱼单独聚为一支。研究结果表明,日本金线鱼与红棘金线鱼的亲缘关系较近,二者可能为同种,而苏门答腊金线鱼则与日本金线鱼、红棘金线鱼亲缘关系较远。本研究为证实红棘金线鱼和苏门答腊金线鱼是2个不同的种提供了分子生物学的证据。

7月东亚高空西风急流变化对我国雨带的影响

分析了7月东亚高空西风急流北跳和急流中心西移时我国雨带的变化特征,发现急流北跳与长江中下游梅雨结束有很好的对应关系;急流中心西移则与长江中下游梅雨结束无对应关系,但急流中心西移相对于急流北跳发生的早晚对雨带北移过程有重要影响:在急流中心西移晚于急流北跳发生年份,雨带北移依次为长江中下游地区—淮河流域—黄淮地区逐渐北推,其他年份雨带则从长江流域直接北跳至黄淮地区。进一步分析表明:(1)急流北跳和急流中心西移引起中纬度大气环流发生显著变化,从而引起西太平洋水汽输送发生显著变化,孟加拉湾水汽输送无变化。(2)急流北跳和急流中心西移时大气环流调整不同,导致来自西太平洋的水汽输送变化不同,进而对雨带北移产生不同的影响。急流中心西移相对于急流北跳发生时间早晚不同,大气环流调整过程和水汽输送调整过程也不同,使得雨带北推进程不同。

南海金线鱼属Nemipterus鱼类COⅠ和Cytb基因片段的比较分析

基于线粒体细胞色素b(Cyt b)和细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,运用PCR直接测序法,对采自南海的金线鱼(Nemipterus virgatus)、日本金线鱼(N.japonicus)、深水金线鱼(N.bathybius)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)及GenBank中的六齿金线鱼(N.hexodon)、裴氏金线鱼(N.peronii)及红金线鱼(N.furcosus)的序列进行了分析,并比较分析了它们间的序列差异。Cyt b基因序列片段(425 bp)和COⅠ基因序列片段(507 bp)的分析均显示日本金线鱼和红棘金线鱼之间序列差异和遗传距离均最小,COⅠ基因片段中为分别0.25%和0.003,Cyt b基因片段中为0和0,两者亲缘关系非常近;几种金线鱼之间尚未达到属的水平,裴氏金线鱼仍属于金线鱼属;两目的片段的NJ系统树均显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂在一起聚为一支,而日本金线鱼和苏门答腊金线鱼属于不同的发育分支;红棘金线鱼和日本金线鱼是最新分化种,金线鱼则是最早分化种;几种金线鱼类的分化时间大约在中更新世时期。比较属间的系统发育关系,旨在为金线鱼属鱼类分类提供依据,进而对鱼类资源的评估与保护措施提供基础参考。

初夏至盛夏东亚副热带西风急流变化与江淮出梅的关系

利用1961—2005年逐候资料对东亚副热带西风急流初夏至盛夏变化与江淮出梅的关系进行了分析。结果表明,多年平均7月初夏至盛夏急流中心由西太平洋地区西跳至青藏高原的同时我国东部地区急流北跳至37.5°N以北,比梅雨结束早1候;急流北跳使得我国东部高空强辐散中心北移至华北地区,江淮地区上空辐散显著减弱,上升运动减弱,从而使得江淮梅雨结束,雨带北移;而急流中心的西跳仅使得我国东部地区高空辐散中心减弱,降水减弱,有利于雨带北移。我国东部急流北跳与江淮地区梅雨结束时间显著正相关,在北跳偏早(晚)年份梅雨结束早(晚),长江中下游地区降水偏少(多),而急流中心西跳早晚对我国华北北部地区和淮河附近地区降水有较大影响。可见,我国东部急流北跳与梅雨结束关系密切,可作为梅雨结束的先期信号。

一种GPS三频非差周跳探测相位组合的优选方法研究

基于多频伪距/载波组合周跳探测原理,研究了三频相位组合周跳检验量的优化选取模型,以组合周跳方差最小为标准,组合相位的波长为约束条件,选取得到了一种适用于GPS的线性无关的相位组合作为周跳检验量。利用GPS三频实测数据,对组合检验量探测周跳的性能进行了测试。结果表明,该相位组合法可以有效地探测出各频率发生的周跳。