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2022年苏州市住院肺炎病例呼吸道多病原流行病学特征分析
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作者 袁轩 雅雪蓉 +4 位作者 沈强 袁满 谭亚运 陈立凌 董泽丰 《江苏预防医学》 CAS 2024年第1期127-128,共2页
目的了解苏州市住院肺炎病例呼吸道多病原感染流行病学特征,为制定防控措施提供依据。方法收集2022年苏州市哨点医院送检的住院肺炎病例标本,采用超多重荧光定量PCR试剂盒和单纯疱疹病毒试剂盒检测流感病毒等共21种常见呼吸道病原体。结... 目的了解苏州市住院肺炎病例呼吸道多病原感染流行病学特征,为制定防控措施提供依据。方法收集2022年苏州市哨点医院送检的住院肺炎病例标本,采用超多重荧光定量PCR试剂盒和单纯疱疹病毒试剂盒检测流感病毒等共21种常见呼吸道病原体。结果435份住院肺炎标本中,呼吸道病原核酸阳性检出率为35.86%,检出率前5位为肺炎链球菌(7.82%)、鼻病毒(7.13%)、单纯疱疹病毒(5.75%)、人偏肺病毒(3.45%)、肺炎支原体(3.45%)。男、女性标本阳性检出率分别为35.91%和35.80%,差异无统计学意义(χ^(2)=0.00,P>0.05)。春、夏、秋、冬四季阳性检出率分别为21.70%、40.71%、31.86%、49.51%,差异有统计学意义(χ^(2)=19.53,P<0.05)。混合感染率为9.89%,阳性样本中以肺炎链球菌(41.86%)、鼻病毒(34.88%)、单纯疱疹病毒(23.26%)混合其他病原体感染较为常见。结论2022年苏州市住院肺炎病例病原体主要为肺炎链球菌、鼻病毒、单纯疱疹病毒、人偏肺病毒和肺炎支原体,肺炎链球菌、鼻病毒和单纯疱疹病毒病毒混合其他病原体感染较为常见。 展开更多
关键词 住院肺炎 呼吸道感染 多病原 监测
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病原体多重PCR检测技术研究进展
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作者 高扬 董泽丰 +1 位作者 雅雪蓉 沈强 《江苏预防医学》 CAS 2024年第2期243-247,共5页
引起某一症候群传染病病原体种类繁多,且可能存在复合感染,快速、准确地诊断病原体,既可有效预防疾病传播,也可以很好地指导临床用药。多重PCR(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)技术,可在一个反应体系中同时检测多个病原体,... 引起某一症候群传染病病原体种类繁多,且可能存在复合感染,快速、准确地诊断病原体,既可有效预防疾病传播,也可以很好地指导临床用药。多重PCR(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)技术,可在一个反应体系中同时检测多个病原体,满足突发公共卫生事件中迅速查明病因需要。根据MPCR产物检测信号的时机不同,MPCR技术可分为PCR反应实时检测、终点检测、反应后检测3种类型。本文主要针对这3种类型的MPCR技术研究进展进行综述,并探讨此类技术的发展方向。 展开更多
关键词 病原体 传染病 多重PCR 核酸分子诊断
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新冠病毒Omicron XBB.1.5和XBB.1.9及其亚分支变异株流行情况及相关认知进展 被引量:5
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作者 屠博文 王楠 +11 位作者 董泽丰 许果 付建光 陈嘉欣 陈曦 李鑫娜 王达 冯欢欢 何芳 于翔翔 吴海鸥 朱立国 《江苏预防医学》 CAS 2023年第2期119-122,共4页
通过定期对全球和我国新冠病毒重要变异株开展系统文献查阅、主要数据库查询和风险研判,跟踪最新变异株流行态势和进化特征,能为制定本土防控政策提供依据。分析显示,近期Omicron XBB.1.5与XBB.1.9.1在全球流行中占据优势,XBB.1.9.2的... 通过定期对全球和我国新冠病毒重要变异株开展系统文献查阅、主要数据库查询和风险研判,跟踪最新变异株流行态势和进化特征,能为制定本土防控政策提供依据。分析显示,近期Omicron XBB.1.5与XBB.1.9.1在全球流行中占据优势,XBB.1.9.2的上传序列数占XBB.1.9谱系的89.4%,我国本土变异株以BA.5.2.48、BF.7.14与BA.5.2.49为主。XBB.1.5的传播力高于其他变异株,XBB.1.9的预期传播潜力高于XBB.1.5突变株;XBB.1.5等变异株的致病性与其他Omicron株相似,具有与XBB.1相当的免疫逃逸能力,是迄今为止免疫逃逸最强的Omicron变异株之一。接种3针次疫苗后的BA.5免疫突破人群仍有较大风险再感染XBB.1.5。XBB.1.5、XBB.1.9及其亚变异株的流行态势和免疫学关键证据是未来一段时间内需要重点关注的问题。 展开更多
关键词 新冠病毒 变异 传播力 致病力 免疫逃逸
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Omicron变异株XBB.1.16流行情况和病原学特征
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作者 王楠 董泽丰 +13 位作者 屠博文 陈曦 陈嘉欣 王达 李鑫娜 许果 冯欢欢 何芳 于翔翔 吴海鸥 严炳清 马广源 朱立国 付建光 《江苏预防医学》 CAS 2023年第3期245-247,共3页
奥密克戎变异株XBB.1.16于2023年1月9日在印度首次被发现,其病毒表面刺突(Spike,S)蛋白的E180V、T478R、F486P突变增加了病毒的传播力、致病性和免疫逃逸能力,使得在美国、印度等国家的新冠病例数激增。2023年4月17日,世界卫生组织指定X... 奥密克戎变异株XBB.1.16于2023年1月9日在印度首次被发现,其病毒表面刺突(Spike,S)蛋白的E180V、T478R、F486P突变增加了病毒的传播力、致病性和免疫逃逸能力,使得在美国、印度等国家的新冠病例数激增。2023年4月17日,世界卫生组织指定XBB.1.16为感兴趣的变异株(variant of interest,VOI),但未观察到疾病严重程度的增加或额外的公共健康风险,其全球评估风险较低。本文通过文献阅读和数据库检索分析,对XBB.1.16流行情况和病原学特征进行总结,为新冠病毒防控策略的制定及疫苗、药物的研究提供科学参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 奥密克戎 XBB.1.16 变异株 流行特征 病原学特征 免疫逃逸 风险研判
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苏州市食源性单核细胞增生李斯特菌的全基因组测序分析
5
作者 王小龙 汤全英 +4 位作者 邹文燕 崔家瑞 董泽丰 张梦寒 朱莉勤 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2023年第8期255-261,共7页
目的 应用高通量测序技术分析苏州市食源性单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes, Lm)的毒力基因携带情况、分子分型、遗传进化谱系及遗传进化关系等分子特征。方法 对2016—2020年分离自食品的42株Lm进行全基因组测序,运用CLC ... 目的 应用高通量测序技术分析苏州市食源性单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes, Lm)的毒力基因携带情况、分子分型、遗传进化谱系及遗传进化关系等分子特征。方法 对2016—2020年分离自食品的42株Lm进行全基因组测序,运用CLC Genomics Workbench 21.0.4软件进行组装及毒力基因和耐药基因分析;通过与BIGSdb-Lm数据库比对获得谱系、克隆群(clone complexes,CC)、血清群、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing,cgMLST);利用柏熠微生物分析平台v4.0构建最大似然树。结果 42株Lm共包含两个谱系,谱系Ⅰ和谱系Ⅱ,以谱系Ⅱ为主(83.3%)。血清群分为Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc,以Ⅱa为主(57.1%)。42株Lm分为11个CC型, 11个序列型(sequence type, ST型),优势型别是CC9、CC8和CC121,占比61.9%。菌株携带毒力基因数量均在30个以上,涉及LIPI-1、LIPI-2、LIPI-3 3个毒力岛。LIPI-1中actA检出率为76.2%, prfA、plcA、hly、mpl、plcB检出率均为100.0%。LIPI-2中inlF的检出率为81.0%, inlB检出率为97.6%, inlA、inlC、inlJ、inlK、inlP等5种基因检出率均为100.0%。只有1株菌携带LIPI-3。菌株携带耐药基因有FosX、mprF、lin、norB、tetM、dfrG等6个基因,携带3种以上毒力基因的菌株数量达到78.6%。结论 苏州市食源性Lm的分子型别较为多样且具有优势型别,普遍携带较多毒力基因和多个耐药基因,应加强监测。 展开更多
关键词 单核细胞增生李斯特菌 食源性 全基因组测序
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2011—2013年成都地区发热呼吸道症候群住院患儿鼻病毒流行病学特征 被引量:18
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作者 董泽丰 郑田利 +1 位作者 范雪佳 裴晓方 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期177-181,共5页
目的:监测分析2011—2013年成都地区发热呼吸道症候群住院患儿鼻病毒(HRV)检出情况、病原型别及流行特征,为本地区HRV感染防控提供基础数据。方法:应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对2011年1月—2013年12月从1 117例患儿鼻咽抽吸物标... 目的:监测分析2011—2013年成都地区发热呼吸道症候群住院患儿鼻病毒(HRV)检出情况、病原型别及流行特征,为本地区HRV感染防控提供基础数据。方法:应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对2011年1月—2013年12月从1 117例患儿鼻咽抽吸物标本提取的病毒核酸进行HRV-5′NCR筛检,随机挑取30例筛检阳性标本扩增HRV-VP4/VP2基因并测序,通过序列的比对分析鉴定病毒型别及变异状况。结果:1 117份鼻咽抽吸物标本中HRV-5′NCR核酸检出率为24.62%(275/1 117)。测序获得的30条HRVVP4/VP2中,HRV-A型15例,HRV-B型4例,HRV-C型11例。检出高峰在11月,1岁以内儿童检出率最高;不同临床诊断疾病中,伴有喘息性疾病的患儿中HRV检出率最高。结论:HRV是成都地区呼吸症候群住院患儿病毒性感染的常见病原,HRV感染在成都地区全年均可发生,不同季节和年龄组检出率不同,呈现多个基因型共同流行且以A型为主的特点。 展开更多
关键词 鼻病毒 VP4/VP2基因 发热呼吸道症候群 逆转录聚合酶链反应 基因型
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2016—2018年苏州市重症肺炎病例流感病毒感染监测分析 被引量:5
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作者 董泽丰 夏瑜 +4 位作者 沈强 雅雪蓉 刘成 韩卫宁 张均 《江苏预防医学》 CAS 2019年第2期191-192,共2页
目的了解苏州市重症肺炎患者流感病毒感染情况,为治疗和预防提供科学依据。方法对疑似流感/禽流感感染的重症肺炎患者进行采样,采用实时荧光-逆转录聚合酶链反应(real-time RT-PCR)方法进行流感病毒通用和分型的核酸检测。结果 2016年1... 目的了解苏州市重症肺炎患者流感病毒感染情况,为治疗和预防提供科学依据。方法对疑似流感/禽流感感染的重症肺炎患者进行采样,采用实时荧光-逆转录聚合酶链反应(real-time RT-PCR)方法进行流感病毒通用和分型的核酸检测。结果 2016年1月—2018年8月,共收集重症肺炎呼吸道标本1665份,病例主要为51~90岁老年人。重症肺炎流感病毒核酸检测阳性率为24.62%,其中H7N9禽流感病毒68份,H1N1(pdm09)有177份,季节性H3N2有92份,B型流感病毒73份。2016年流感病毒阳性检出率为27.56%,主要病原亚型为H7N9和H1N1(pdm09);2017年流感病毒阳性检出率为17.42%,主要病原亚型为H3N2,2018年流感病毒阳性检出率为29.88%,主要病原亚型为H1N1(pdm09)和B型。结论季节性流感仍然是引起苏州市重症肺炎的重要病原体,且不能忽视禽流感,建议将其他细菌列入重症肺炎的监测。 展开更多
关键词 重症肺炎 流感病毒 病原监测 流行病学特征
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苏州市人感染H7N9禽流感聚集性疫情调查分析 被引量:4
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作者 董泽丰 夏瑜 +2 位作者 王笛 沈强 雅雪蓉 《检验医学与临床》 CAS 2018年第21期3254-3256,共3页
目的调查分析苏州市两起家庭聚集性人感染H7N9禽流感疫情流行病学及病原学特征,为该地区人感染H7N9病毒疫情防控提供科学依据。方法采集聚集性疫情中H7N9病例及其密切接触者咽拭子标本,同时收集流行病学及临床资料,应用实时荧光-聚合酶... 目的调查分析苏州市两起家庭聚集性人感染H7N9禽流感疫情流行病学及病原学特征,为该地区人感染H7N9病毒疫情防控提供科学依据。方法采集聚集性疫情中H7N9病例及其密切接触者咽拭子标本,同时收集流行病学及临床资料,应用实时荧光-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测流感病毒及H7N9亚型的特异性基因,对H7N9阳性标本进行病毒分离并测序,比对分析H7N9病毒血凝素基因变异状况。结果第一起聚集性疫情中2例H7N9病例被成功救治。而第二起聚集性疫情中的1例H7N9死亡,另1例存活。两起疫情中的其他密切接触者无发病报告。H7N9病毒的受体结合位点没有发生变异。引起这两起人感染H7N9禽流感聚集性疫情的病毒血凝素切割位点的氨基酸序列为PEIPKGR↓GLF。耐药位点E120G、R153K、H276Y及R294K未发生改变。结论 H7N9病毒在有血缘关系的近亲属之间可能更容易传播,对于H7N9患者应加强院感防控,防止密切接触者感染。目前,H7N9病毒仅具有有限的人传人能力,尚不能在人际间持续传播,第二起聚集性疫情中的H7N9病毒血凝素基因序列高度同源且仍对奥司他韦等神经氨酸酶抑制剂敏感。 展开更多
关键词 H7N9病毒 血凝素基因 变异 实时荧光-聚合酶链反应 耐药
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热分解齐化原子吸收法直接检测疑似汞中毒病例尿汞含量 被引量:1
9
作者 许红睿 董泽丰 +1 位作者 李建 李凌 《江苏预防医学》 CAS 2017年第2期218-219,共2页
目的建立以直接测汞仪采用热分解齐化原子吸收法测定尿汞含量的方法,并检测疑似汞中毒病例尿汞含量。方法利用DMA80型固液相自动测汞仪对尿样直接进行检测。结果在质量浓度0.02~0.10mg/L范围内,汞含量和吸光度呈良好线性,相关系数r=0.99... 目的建立以直接测汞仪采用热分解齐化原子吸收法测定尿汞含量的方法,并检测疑似汞中毒病例尿汞含量。方法利用DMA80型固液相自动测汞仪对尿样直接进行检测。结果在质量浓度0.02~0.10mg/L范围内,汞含量和吸光度呈良好线性,相关系数r=0.999 8。加标回收率为99.6%~101.8%,标准偏差为2.9%。2015年累计检测113份尿样,尿汞合格率88.50%。尿汞质量浓度为0.04~252.80μg/L,经校正含量为0.000~0.37mg/g肌酐。结论采用直接测汞仪检测尿汞含量,样品不需进行预处理和化学法还原,操作简便、快捷,无废物处置,结果可靠,可在临床实验室进行推广。 展开更多
关键词 尿汞含量 直接测汞仪 汞中毒
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2021-2022年苏州市乙型流感病毒的基因特征分析 被引量:1
10
作者 董泽丰 杨瑞敏 +6 位作者 刘洋 王笛 徐智慧 袁轩 沈强 庞媛媛 夏瑜 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2023年第2期178-183,共6页
目的了解苏州市2021年7月至2022年1月流感流行期间乙型流感病毒(influenza B virus,FluB)的基因组和遗传进化特征。方法采用实时荧光-逆转录聚合酶链反应(Real-time fluorescence reverse transcription polymerase chain reaction,Real... 目的了解苏州市2021年7月至2022年1月流感流行期间乙型流感病毒(influenza B virus,FluB)的基因组和遗传进化特征。方法采用实时荧光-逆转录聚合酶链反应(Real-time fluorescence reverse transcription polymerase chain reaction,Real-time RT-PCR)法对标本进行流感病毒(influenza virus,Flu)分型检测。对检出的FluB毒株,经全基因组捕获和文库构建,利用Miseq高通量测序平台对样本进行测序。采用MEGA X软件以邻接法(Neighbor-Joining method,NJ)构建FluB血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrix protein,MP)基因系统发育树;采用NetNGlyc 1.0 server软件预测HA和NA蛋白潜在N-糖基化位点。结果在送检的1500份咽拭子样本中,280份检出FluB,对其中53株样本完成了FluB全基因组序列测定。序列分析显示,FluB毒株8个基因节段(PB1、PB2、PA、HA、NP、NA、MP、NS)核苷酸序列相似性分别为99.3%~100%、98.1%~100%、98.8%~100%、98.0%~100%、99.2%~100%、98.4%~100%、98.2%~100%、99.0%~100%。除2021年7月4份样本的FluB为V1A.3进化分支外,其余样本均为V1A.3a.2进化分支。与疫苗株B/Washington/02/2019相比,2021年10月份以后样本的FluB HA蛋白氨基酸序列存在9~11个差异位点,共享9个突变位点(H122Q、A127T、R133G、P144L、N150K、G184E、N197D、K203R、R279K);未发现奥司他韦等NA抑制剂相关耐药突变。FluB HA和NA蛋白分别具有11个和4个潜在糖基化位点。结论2021年7月至2022年1月期间,苏州市流行的FluB以V1A.3a.2毒株为优势流行株,HA和NA蛋白氨基酸序列发生多位点突变。 展开更多
关键词 乙型流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 突变 糖基化
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苏州市一起聚集性人感染柯萨奇病毒A组4型基因特征
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作者 董泽丰 徐智慧 +4 位作者 王笛 吴学飞 雅雪蓉 夏瑜 沈强 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期363-367,共5页
目的 对苏州市一起人呼吸道感染不明病原的聚集性疫情病例咽拭子样本进行初步病原分子鉴定,为疫情处置提供技术支撑。方法 采集该起疫情病例咽拭子标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time reverse transcription polymerase cha... 目的 对苏州市一起人呼吸道感染不明病原的聚集性疫情病例咽拭子样本进行初步病原分子鉴定,为疫情处置提供技术支撑。方法 采集该起疫情病例咽拭子标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time reverse transcription polymerase chain reaction, Real-time RT-PCR)方法检测可引起聚集性呼吸道感染疫情的常见病原(甲/乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、鼻病毒、偏肺病毒和腺病毒)核酸,同时采用FilmArray全自动医用PCR分析系统进行多病原筛查。对病例咽拭子标本进行高通量测序,并用特异性引物探针检测柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4, CV-A4)进行验证。结果 该起疫情采样送检的18份咽拭子样本经Real-time RT-PCR方法检测,其中14份样本柯萨奇A4型病毒检测阳性。Real-time RT-PCR和高通量基因测序方法在病例咽拭子标本中均检出柯萨奇A4型病毒特异性基因片段。序列分析表明苏州该起疫情病毒株全基因组序列与NCBI数据库的MN964082病毒核酸一致性最高,为98.11%;VP1蛋白氨基酸序列与原型株AY421762一致性为98.03%,发现6个位点突变(T23V、A34T、S102A、A200T、I262V和Y285H)。结论 CV-A4可引起聚集性呼吸道感染疫情,对学龄儿童等免疫力较弱的人群应加强健康监测以便疫情早期处置。 展开更多
关键词 实时荧光定量逆转录聚合酶链反应 突变 基因测序 柯萨奇病毒A组4型
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江苏省首例人感染H9N2禽流感的发现及病毒血凝素基因特征分析 被引量:5
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作者 董泽丰 刘成 +3 位作者 雅雪蓉 王笛 沈强 夏瑜 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2021年第3期276-279,共4页
目的了解江苏省首例人感染H9N2亚型禽流感病例的流行病学特点和相应H9N2禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因特征。方法逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法检测不明原因急重症呼吸道... 目的了解江苏省首例人感染H9N2亚型禽流感病例的流行病学特点和相应H9N2禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因特征。方法逆转录聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法检测不明原因急重症呼吸道感染病例咽拭子标本甲/乙型及各亚型流感病毒核酸。Sanger法对H9N2阳性标本进行病毒HA基因测序,与禽流感病毒数据库中的参考序列进行比对分析。构建HA基因系统进化树。结果苏州市疾病预防控制中心于2019年3月报告了江苏省首例人感染H9N2亚型禽流感病毒实验室确诊病例。HA基因序列分析表明苏州A/Suzhou/S683/2019(H9N2)病毒株为欧亚谱系Y280-like亚系分支,与A/chicken/Shanghai/S1171/2018(H9N2)核酸序列同源性最高,为99.23%。HA蛋白裂解位点氨基酸序列为PSRSSR↓GLF,并且受体结合位点关键氨基酸中发生了Q226L突变。与F98疫苗株相比,该禽流感病毒HA潜在糖基化位点位置发生了一定程度的改变。结论苏州H9N2禽流感病毒仍为低致病性,但可能获得了适应人类宿主的部分能力。 展开更多
关键词 禽流感 H9N2病毒 血凝素 突变 糖基化位点
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2011—2019年苏州市登革热流行特征分析 被引量:9
13
作者 崔朋伟 包林 +2 位作者 董泽丰 陈立凌 张钧 《预防医学》 2021年第3期274-276,共3页
目的分析2011—2019年苏州市登革热流行特征,为防控登革热疫情提供依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统传染病监测系统收集2011—2019年苏州市登革热报告资料,采用描述流行病学方法分析登革热病例的时间分布、地区分布、人群分布、... 目的分析2011—2019年苏州市登革热流行特征,为防控登革热疫情提供依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统传染病监测系统收集2011—2019年苏州市登革热报告资料,采用描述流行病学方法分析登革热病例的时间分布、地区分布、人群分布、输入来源、病原学特征和发病就诊情况。结果2011—2019年苏州市累计报告登革热病例53例,无死亡病例,报告发病率呈上升趋势(P<0.05),年均报告发病率为0.0556/10万。男女性别比为2.53∶1,年龄以21~<51岁为主,44例占83.02%。职业以家务及待业者为主,23例占43.40%。报告病例集中在6—11月,44例占83.02%。均为输入病例,境外输入52例,占98.11%;其中东南亚和南亚地区输入50例,占94.34%。登革病毒血清型以1型和2型为主,各6例。首次就诊以三级医疗机构为主,34例占64.15%。病例发病到初诊、初诊到确诊、发病到确诊的时间间隔中位数分别为1.0 d、5.0 d和7.0 d。病毒血症期确诊14例,占26.42%。结论2011—2019年苏州市登革热报告发病率呈上升趋势;报告集中于6—11月;均为输入病例,输入来源以东南亚和南亚地区为主;登革病毒1型和2型为优势型别。 展开更多
关键词 登革热 流行特征 输入病例
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成都地区2009—2013年儿童人博卡病毒感染分析 被引量:2
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作者 郑田利 董泽丰 +4 位作者 周玲旭 程悦 凌莉 许欣 裴晓方 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期42-44,共3页
目的了解四川成都地区急性呼吸道感染住院患儿人博卡病毒(HBoV)的感染情况,分析其流行特征。方法采集2009年10月q013年10月年成都市某妇女儿童医院因呼吸道感染而住院的患儿鼻咽抽提物,提取核酸,用巢式PCR方法检测人博卡病毒;同... 目的了解四川成都地区急性呼吸道感染住院患儿人博卡病毒(HBoV)的感染情况,分析其流行特征。方法采集2009年10月q013年10月年成都市某妇女儿童医院因呼吸道感染而住院的患儿鼻咽抽提物,提取核酸,用巢式PCR方法检测人博卡病毒;同时对流感病毒等其他7种呼吸道病毒进行检测,了解混合感染情况;用统计学软件对检测结果及病例信息进行分析。结果在1842份标本中,HBoV检出率为6.84%(126/1842),与其他呼吸道病毒混合感染率为58.73%(74/126);患儿以下呼吸道感染为主,1—2岁检出率最高,为7.83%(108/1379);HBoV感染未见明显的季节性分布特点。结论HBoV为成都地区儿童发热呼吸道症候群的主要病原之一,〉2岁儿童检出率最高,且与其他病毒有较高的混合感染率。 展开更多
关键词 人博卡病毒 急性呼吸道感染 流行特征
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2017-2018年江苏省苏州市手足口病病原学及重症监测分析 被引量:6
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作者 夏瑜 徐俊 +6 位作者 董泽丰 沈强 刘成 杭慧 雅雪蓉 王临池 张钧 《医学动物防制》 2020年第7期652-654,共3页
目的对苏州市2017-2018年手足口病相关病毒进行病原学监测分析,为苏州市预防和控制手足口病提供科学依据。方法以苏州市各区为单位,每月采集至少5份轻症病例标本,重症病例均采样,采用实时荧光-PCR方法进行病毒核酸检测,并对结果信息进... 目的对苏州市2017-2018年手足口病相关病毒进行病原学监测分析,为苏州市预防和控制手足口病提供科学依据。方法以苏州市各区为单位,每月采集至少5份轻症病例标本,重症病例均采样,采用实时荧光-PCR方法进行病毒核酸检测,并对结果信息进行描述分析。结果苏州市2017-2018年共采集手足口病病例标本1 377份,检测结果为阳性的1 085份(总阳性率78.79%),各年阳性率分别为79.38%和82.48%,差异无统计学意义(χ^2=2.11,P=0.15)。EV 71和CA16是苏州市2017年手足口病主要病原,CA6是2018年手足口病主要病原;2017年重症病例主要与EV 71感染有关,EV 71占重症病例总数的67.05%,2018年重症病例的主要病原为EV 71和CA6,其病例分别占重症病例总数的22.72%和20.45%;手足口病的优势病原体由2017年的EV 71和CA16转变为2018年的CA6,CA16和其他肠道病原为辅,重症病例2018年比2017年显著减少。结论手足口病重症病例明显减少可能与手足口病EV 71疫苗的普及有关。建议加强疫苗宣传,加强手足口病监测,控制手足口病的传播,进一步减少重症病例。 展开更多
关键词 手足口病 监测 柯萨奇病毒A16型 肠道病毒71型 柯萨奇病毒A6型
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2013-2017年苏州市H7N9禽流感病毒流行特征及耐药突变监测分析 被引量:4
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作者 董泽丰 夏瑜 +2 位作者 王笛 沈强 雅雪蓉 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1185-1188,共4页
目的分析2013-2017年苏州市人感染H7N9亚型禽流感病毒疫情流行特征,获取神经氨酸酶基因数据进行耐药变异分析。方法应用实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time PCR)方法检测疑似病例咽拭子标本甲/乙型及H7N9亚型流感病毒核酸。H7N9阳性... 目的分析2013-2017年苏州市人感染H7N9亚型禽流感病毒疫情流行特征,获取神经氨酸酶基因数据进行耐药变异分析。方法应用实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time PCR)方法检测疑似病例咽拭子标本甲/乙型及H7N9亚型流感病毒核酸。H7N9阳性标本送中国疾病预防控制中心所属国家流感中心进行病毒分离和神经氨酸酶基因测序分析。结果 2013年4月~2017年5月间苏州市共报告82例人感染H7N9禽流感实验室确诊病例,苏州人感染H7N9病毒总体病死率为41. 46%(34/82)。患者中位年龄为58岁,男女性别比例约为2. 9∶1(61/21)。85. 37%(70/82)的确诊患者发病前有活禽暴露史。序列分析表明神经氨酸酶基因同源性为97. 7%~100. 0%。A/Suzhou/88/2016(H7N9)和A/Suzhou/54/2016(H7N9)分别发生H274Y及R292K耐药突变。A/Suzhou/63/2016(H7N9)等部分分离株NA蛋白出现42位潜在糖基化位点缺失。结论 H7N9病毒仍在不断进化,直接接触活禽或被病毒污染的环境是人感染H7N9病毒的主要途径;有必要密切监测可能出现的耐药突变及耐药毒株的扩散。 展开更多
关键词 禽流感 神经氨酸酶 耐药 H7N9病毒 糖基化
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呼吸道合胞病毒G蛋白基因序列分析 被引量:1
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作者 张梦妍 程悦 +4 位作者 陈凡 卢添林 董泽丰 裴晓方 许欣 《四川大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期254-257,共4页
目的了解2010年四川地区呼吸道合胞病毒(HRSV)G蛋白基因特征和优势型别。方法 RTPCR方法扩增18例呼吸道感染HRSV阳性患儿样本HRSVG蛋白基因,测序并分析G蛋白基因特征,构建系统进化树鉴定基因型,分析选择压力。结果所测G蛋白基因第二个... 目的了解2010年四川地区呼吸道合胞病毒(HRSV)G蛋白基因特征和优势型别。方法 RTPCR方法扩增18例呼吸道感染HRSV阳性患儿样本HRSVG蛋白基因,测序并分析G蛋白基因特征,构建系统进化树鉴定基因型,分析选择压力。结果所测G蛋白基因第二个高变区序列7例A亚型和11例B亚型核苷酸基因距离分别为0.022±0.005和0.073±0.010,碱基转换率大于颠换率,A和B亚型分别主要是GA+AG和UC+CU转换。系统进化分析A亚型全部为GA2基因型,B亚型为BA基因型和GB2基因型;A亚型G蛋白基因长度都为298aa,B亚型为295aa、312aa和315aa3种长度。A、B亚型的选择压力为净化选择占主导,第二个高变区A亚型有9个正选择位点,B亚型有1个正选择位点。结论 2010年四川18例HRSV以GA2、GB2和BA基因型为主要型别,G蛋白基因长度变化、碱基替换、选择压力是HRSV逃避免疫反应的原因。 展开更多
关键词 呼吸道合胞病毒 G蛋白 基因型 选择压力
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苏州市H5N6亚型高致病禽流感暴发疫情病毒基因特征分析 被引量:1
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作者 董泽丰 雅雪蓉 +2 位作者 王笛 沈强 夏瑜 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1415-1419,共5页
目的对苏州市H5N6亚型高致病禽流感暴发疫情病毒进行全基因测序,分析病毒基因变异情况。方法实时荧光-逆转录聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)方法检测病死禽... 目的对苏州市H5N6亚型高致病禽流感暴发疫情病毒进行全基因测序,分析病毒基因变异情况。方法实时荧光-逆转录聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)方法检测病死禽咽/肛拭子、疑似病例咽拭子标本甲/乙型及各亚型流感病毒核酸。Sanger法对H5N6病毒进行全基因测序并构建HA及NA系统发育树。结果苏州市2018-2019流行季了报告1例人感染H5N6禽流感实验室确诊病例,春节期间W区某地持续出现病死禽经实验室检测确诊为H5N6禽流感疫情。序列分析表明苏州株血凝素(hemagglutinin,HA)及神经氨酸酶(neuramidinase,NA)基因同源性分别为98.01%~100.0%和98.16%~100.0%。A/chicken/Suzhou/WZ01/2019(H5N6)和A/chicken/Suzhou/WZ03/2019(H5N6)均发生了D198N及Q226H耐药突变。苏州H5N6病毒株属2.3.4.4 H5进化分支,HA蛋白切割位点氨基酸序列为RERRRKR↓GLF,为高致病禽流感病毒。结论H5N6高致病禽流感病毒为新型多源重配病毒且仍在不断进化,苏州株多个基因位点发生漂移;应密切监测耐药突变及耐药毒株的流行并及时采取科学有效处置措施防止对公众健康和养殖业造成重大损害。 展开更多
关键词 高致病禽流感 H5N6病毒 血凝素 耐药突变 糖基化
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2017-2020年苏州市手足口监测及重症病例病原分析 被引量:1
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作者 夏瑜 沈强 +3 位作者 董泽丰 杭惠 刘洋 王笛 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2022年第5期410-413,共4页
目的分析苏州市手足口病监测样本并对重症病例做病原分析,为城市的手足口病监测及儿童疫苗接种方案提供依据。方法2017年1月—2020年12月收集苏州市各区(县)手足口病首次就诊普通病例及所有重症和死亡病例标本,用实时荧光PCR法进行肠道... 目的分析苏州市手足口病监测样本并对重症病例做病原分析,为城市的手足口病监测及儿童疫苗接种方案提供依据。方法2017年1月—2020年12月收集苏州市各区(县)手足口病首次就诊普通病例及所有重症和死亡病例标本,用实时荧光PCR法进行肠道病毒(EVG)初筛,阳性样本进一步检测柯萨奇病毒A6型、A16型(CV-A6,CVA16)和肠道病毒71型(EV-71)。结果苏州市2017—2020共收集手足口病样本2563例,其中肠道病毒阳性1970例,总阳性检出率为76.86%,阳性率随季节规律性变化,各年度EVG、EV-A71、CV-A6、CV-A16在阳性标本中的占比差异较大;重症病例中,2017年173例,占4年总数的75.26%,以EV-A71型为主;2018年48例,占4年总数的20.87%,其中EV-A71型有13例;2019年共14例,占4年总数的12.17%;2020年无重症病例。结论苏州市手足口病病原体涉及肠道病毒的不同血清型,手足口病监测内容可增加肠道病毒血清型的筛查种类。社会面应加大手足口病预防及其疫苗接种的宣教力度,让幼儿及时接种疫苗。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒 柯萨奇病毒 肠道病毒71型
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苏州市2019新型冠状病毒全基因组序列特征的分析
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作者 董泽丰 雅雪蓉 +4 位作者 沈强 徐智慧 王笛 吴学飞 夏瑜 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 2021年第11期659-663,共5页
目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本,提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-... 目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本,提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-1为参考序列进行比对分析。采用MEGA 7.0软件构建病毒全基因组序列系统进化树。结果15条2019新型冠状病毒基因组序列分别按照中国分型法、Nextstrain分型法、Pangolin分型法和全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data,GISAID)分型法可分为7个型、6个型、8个型和5个亚型/谱系。与Wuhan-Hu-1参考株相比,基于核苷酸翻译的氨基酸序列突变位点中位数为3个,范围为0~12个。6条境外输入病毒株刺突蛋白均检出可导致传播力增强的D614G突变。输入病例的基因序列中未发现可导致病毒传播力明显增强的阿尔法变异株、贝塔变异株和伽马变异株。15条序列核苷酸突变位点中位数为8个,范围为3~23个。结论2019新型冠状病毒在不断变异,已衍生出多种进化谱系/基因型。苏州市境外输入病毒株均携带可致传染性增强的突变。 展开更多
关键词 感染 突变 2019新型冠状病毒 刺突蛋白 基因测序
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