极光激酶A在宫颈鳞状细胞癌患者血清中的表达及其临床意义

目的:应用生物信息学技术分析和筛选影响宫颈癌(CC)预后的关键基因并探讨极光激酶A(AURKA)在宫颈鳞状细胞癌(CSCC)中的表达及其临床意义。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载并分析CC患者的mRNA表达谱及临床数据,利用生物信息学技术筛选出CC组织与正常宫颈组织间的差异表达基因(DEGs)。PPI网络和生存分析结果显示AURKA基因的表达和CC分期及患者预后相关。利用GEPIA2、HPA数据库分别验证AURKA mRNA及蛋白在正常宫颈组织和不同病理分期CC组织中的表达情况。采用Kaplan-Meier法分析CC患者的AURKA基因高、低表达(以中位数为截断值)与生存期是否相关。随后进一步通过实时荧光定量PCR(qPCR)和酶联免疫吸附试验(ELISA)技术分别检测在CSCC、宫颈上皮内瘤变(CIN)和女性健康体检者血清中AURKA mRNA及蛋白的表达。结果:GEPIA2数据库分析结果显示AURKA mRNA在CC组织中高表达(P<0.05),且AURKA mRNA在CC不同阶段的表达水平存在显著差异(P<0.05),随着肿瘤分期的进展AURKA mRNA的表达升高。HPA数据库分析结果显示,与正常宫颈组织相比,AURKA蛋白表达水平在CC组织中亦升高,差异具有统计学意义(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,AURKA基因高表达的CC患者生存时间更短。qPCR和ELISA实验显示,CSCC和CIN患者血清AURKA mRNA的相对表达水平明显高于健康体检者(P<0.05)。CSCC患者血清AURKA蛋白的表达水平明显高于CIN及健康体检者(P<0.05)。AURKA mRNA及蛋白在CC血清中均高表达。ROC曲线及χ^(2)检验分析结果显示AURKA mRNA的诊断价值较高,血清AURKA mRNA高表达组患者FIGO分期、淋巴结转移、肿瘤体积及肌层浸润深度均分别高于AURKA mRNA低表达组(P<0.05)。结论:CSCC患者血清中AURKA mRNA及蛋白的表达水平升高,两者联合检测对CSCC的诊断及预后监测具有潜在应用价值。

基于生物信息学筛选与分析胰腺癌的生物标志物半胱氨酸蛋白酶抑制剂S

目的:应用生物信息学方法分析筛选与胰腺癌(PAAD)发生发展相关的基因,探究半胱氨酸蛋白酶抑制剂S(CST4)在PAAD中的表达、预后价值及生物学功能。方法:选取GEO数据库胰腺癌芯片GSE15471和GSE16515为研究对象,并筛选出两个芯片数据集共同的差异表达基因(DEGs)作为关键基因。应用GEDS分析CST4 mRNA在TCGA和CCLE数据库的表达情况,并通过GEPIA2进一步分析CST4在消化系统肿瘤及正常组织中的差异表达。应用Kaplan-Meier Plotter分析CST4mRNA表达与TCGA数据库中PAAD患者五年总生存率及无复发生存率的关系。TIMER2数据库分析PAAD患者CST4 mRNA表达与多种免疫细胞浸润情况的相关性。通过STRING构建CST4蛋白互作网络并进行GO功能富集分析。结果:筛选两个GEO数据芯片的DEGs,韦恩图取交集后获得关键基因CST4。基于TCGA和GTEx数据库分析显示CST4在PAAD中的表达明显高于正常胰腺组织。CST4表达水平与患者的预后呈负相关,与肿瘤相关成纤维细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞免疫浸润情况呈正相关。PPI网络图显示CST1、CSTA、CSTB、CTSB、CTSL与CST4相互作用连接度较高,GO分析提示CST4基因的表达与细胞蛋白质分解代谢过程、内肽酶活性的调节、细胞凋亡通路等密切相关。结论:CST4在PAAD组织中表达升高且高表达组患者预后不良,CST4有望成为PAAD诊断及患者不良预后潜在的生物标志物。