差异表达基因筛选方法的比较

目的比较基因芯片数据分析中常用的用于筛选差异表达基因的几种方法,探讨各方法的筛选效果。方法使用Bonferroni修正法等8种保守的方法以及两样本t检验、Wilcoxon非参数法、SAM共11种方法对模拟的芯片数据进行处理,以FDR(False discovery rate)和筛检的差异表达基因个数为指标考察其筛选效果。结果SAM的FDR仅次于8种保守的方法,但筛检的差异表达基因个数较多,适合基因芯片初筛差异表达基因的目的。结论SAM适合基因芯片初筛差异表达基因的目的。

乳腺癌基因芯片数据分析

目的 以乳腺癌病人的表达谱芯片数据为基础 ,探寻乳腺癌复发的相关基因。方法 对标化芯片数据进行缺失值处理后 ,分别用单因素COX回归模型和综合了聚类及多因素COX回归的综合法来筛选兴趣基因 ,然后通过兴趣基因对病人做样品聚类 ,以灵敏度、特异度、约登指数和Kaplan Meier法评价分类效果 ,最后结合文献和蛋白质数据库探寻乳腺癌复发的相关基因。结果 综合法筛出的 30个P <0 .0 1的基因对乳腺癌病人复发状况的预测效果最佳 ;单因素COX回归筛出的 1 0 2个P <0 .0 1的基因的预测效果较差 ;单因素COX回归筛出的 1 5个P <0 .0 0 1的基因预测效果最差。结论 综合法筛选得到的 30个基因可用来评价病人的预后状况 ,为进一步的生物学研究提供待选基因。

鸭乙型肝炎病毒核心抗原DNA疫苗的构建及其诱导的体液免疫应答

为研究鸭乙型肝炎病毒核心抗原(DHBcAg)真核表达质粒的免疫原性,分析DHBcAgDNA疫苗诱导的体液免疫应答,首先借助生物信息学方法对鸭乙型肝炎病毒(DHBV)Core基因编码的氨基酸序列进行亲疏水性分析,分别构建DHBcAg全基因(E-DHBc263)及去除疏水性序列的DHBcAg片段(E-DHBc180)的真核表达质粒,间接免疫荧光检测结果显示可在COS7细胞内表达。进一步构建原核表达质粒p-DHBc263和p-DHBc180,仅p-DHBc180可表达蛋白,纯化后作为酶联免疫吸附试验(ELISA)包被抗原,用于DHBcAb的检测。分别用E-DHBc263和E-DHBc180免疫小鼠,采用间接ELISA检测DHBcAb。结果显示,E-DHBc180可诱导免疫小鼠产生DHBcAb免疫应答,加强免疫后效价可达1∶100～1∶400。结果提示,E-DHBc180可作为DHBcAgDNA疫苗,在DHBV感染鸭模型中评价其效果。

GDx VCC在原发性开角型青光眼中的诊断价值

目的评价GDx VCC在原发性开角型青光眼(POAG)中的诊断价值。方法对127名正常人(眼压、视野和视乳头形态均正常)和133例POAG患者[眼压＞21mm Hg(1mm Hg=0．133 kPa)、有典型的视乳头形态改变和(或)典型的青光眼性视野变化]进行GDx检查,记录TSNIT(颞侧一半、上方、鼻侧、下方、颞侧另一半)平均值、上方平均值、下方平均值、TSNIT标准差和神经纤维层厚度指示值(NFI)。计算并比较各指标的受试者工作特性曲线下面积(AUC),并作检验。然后计算诊断价值最高的指标的灵敏度、特异度和阳性似然比,此外分别计算早、中和晚期POAG的AUC。结果TSNIT平均值、上方平均值、下方平均值、TSNIT标准差和NFI的AUC分别为0．94、0．94、0．93、0．92和0．97。与其他指标相比,NFI的AUC最大(P值均＜0．05)。当NFI临界点值为30时,其灵敏度和特异度分别为91．0%和95．3%,阳性似然比为19．3。仅就NFI而言,早、中和晚期POAG的AUC分别为0．94、0．99和0．99。当NFI临界点值为30时,早、中和晚期POAG的灵敏度分别为82．2%、94．0%和97．4%,特异度为95．3%。结论GDx VCC各项指标均能较好地区别正常人与POAG患者, NFI是诊断价值最高的指标。

1998—2003年中国妇女住院分娩费用分析

目的描述1998—2003年间我国妇女住院分娩费用的变化趋势及在地区与机构间的分布。方法利用第3次国家卫生服务调查资料,计算不同年份组、城市农村、不同分娩机构的顺产和剖宫产的费用,并用秩和检验进行组间比较。结果近年来我国住院分娩费用普遍上涨,顺产费用城乡分别从1998—1999年的1646元和597元上涨到2002—2003年的1884元和657元,剖宫产费用城乡分别从1998—1999年的3155元和2327元上涨到2002—2003年的3633元和2392元。城市住院分娩的平均费用明显高于农村,大城市分娩费用最高,四类农村最低。结论1998—2003年我国城乡的住院分娩费用无论顺产还是剖宫产都在上升,与其他服务费用相比,住院分娩费用的上升幅度是否合理,有待进一步研究。

血吸虫感染率调查中的质量控制检验

目的对血吸虫病调查中的送检粪样进行质量控制。方法对1送3检的独立性问题提出一个专门的检验方法以进行质量控制,以检验1送3检过程中3次检查是否独立,并用模拟数据和实际数据对该方法的适用性进行研究。结果模拟数据及实际数据分析均提示该检验方法可用于对1送3检过程中3次检查是否独立的质量控制。结论该方法可用于血吸虫病的质量控制并有推广价值。

基因芯片在细菌学研究中的应用

目前基因芯片技术广泛应用于生物学研究的各个领域,在细菌学研究中基因芯片技术突破了以往单个或数个基因研究的局限,在细菌功能基因组学、药物作用靶点、细菌-宿主细胞间相互作用以及细菌进化等方向发挥着重要作用,初步揭示了细菌生物功能多样性受到多个基因的调控,但相关的研究尚有待深入.

严重早产儿视网膜病变危险因素分析

目的分析严重早产儿视网膜病变(ROP)的危险因素,为合理制定ROP筛查标准提供参考依据。方法回顾性分析2002年12月至2004年4月期间我院眼科就诊的168例孕龄<37周的早产儿临床资料。记录其性别、胎数(BC)、孕龄(GA)、出生体重(BW)、氧疗时间以及双眼充分散瞳后双目间接检眼镜检查所见的视网膜血管发育情况。按ROP国际分类法(ICROP)记录检查结果,1、2、3期为轻度ROP,阈值病变、4期和5期为严重ROP。应用多元Logistic回归分析分析ROP与性别、BC、GA、BW、氧疗时间等因素之间的关系。结果168例早产儿336只眼中,严重ROP47例91只眼,分别占患儿例数和眼数的28.0%、27.1%。其中,阈值病变20只眼,占6.0%;4期病变11只眼,占3.3%。4期病变中,4A期2只眼,占0.6%;4B期9只眼,占2.7%。5期60只眼,占17.8%。各因素中,GA、BW和氧疗时间对严重ROP的发生有影响(P值分别为0.000、0.000和0.015,α=0.05),性别和BC与ROP无关(P值分别为0.640和0.084,α=0.05)。亚变量统计分析显示,当GA≤30周或BW≤1500g或氧疗时间>4d时早产儿患严重ROP的危险性显著增加。结论严重ROP的发生受GA、BW和氧疗时间的影响,而与性别和BC无关。GA≤30周或BW≤1500g或氧疗时间>4d的早产儿患严重ROP的危险性显著增加,建议重点对此类早产儿进行筛查。