水牛卵泡不同发育阶段差异表达基因分析

本研究旨在利用转录组测序技术探究摩拉水牛(Bubalus bubalis)发情期不同大小卵泡的基因表达谱,并进一步了解其对卵泡发育过程中相关激素的影响。通过对摩拉水牛进行Ovsynch法同期发情处理,B超检测卵泡大小并按照大、中、小3种类型(>8 mm、4~7 mm、0~3 mm)区分,活体采集卵泡液后提取RNA送单细胞转录组测序。将获得的数据进行组间两两比较,以|log2fold change|≥1且P<0.05为标准筛选差异转录本,并取各组差异表达转录本并集共1473个转录本做表达趋势筛选,其中587个转录本符合牛卵泡发育过程中的转录调控规律,通过GO和KEGG富集分析并筛选得到了33条通路,各通路主要与细胞间相互作用、类固醇生成和激素产生、细胞分化和发育、细胞运动、代谢调节、生理适应性等过程相关。通过对通路上的基因进行蛋白质互作网络分析,进一步获得了可能影响水牛卵泡发育过程中激素调节的关键基因,如BAMBI、FST、INHA、INHBA、INHBB、GATA6和GFAP。综上,该研究结果为进一步探究水牛卵泡发育过程中的关键基因及可能的分子调控机制提供了参考。

金黄仓鼠乳脂球与乳腺组织转录谱的比较分析

本研究以金黄仓鼠(Mesocricetus auratus)为实验动物,对乳脂球和乳腺进行转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq),研究其基因表达模式的差异和相关性,探讨应用可多次取样的乳脂球作为研究泌乳特征相关基因表达模式的可行性。采用Trizol法提取金黄仓鼠乳腺组织及乳脂球中的总RNA进行转录组测序,并对乳腺组织和乳脂球中的基因表达模式进行对比分析。结果显示,在金黄仓鼠mRNA中共鉴定出了21360个基因,其中12624(59%)个基因在乳脂球和乳腺组织共表达,包括7908个非差异表达基因(non-differentially expressed genes,NDEGs)和3992个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。NDEGs仅占基因总数的37%,说明乳腺组织和乳脂球中的基因表达模式存在较大差异。对NDEGs和DEGs分别进行GO和KEGG富集分析,结果显示NDEGs和DEGs均主要富集在脂质代谢等泌乳功能相关的信号通路。随机选取4个与泌乳性状相关的NDEGs和DEGs通过实时荧光定量PCR分析其表达量,结果显示其表达趋势与RNA-seq相符。综上所述,乳脂球和乳腺组织中的基因表达模式具有较大差异,乳脂球不适宜完全替代乳腺组织作为基因表达相关研究的材料,仅可应用于部分泌乳相关基因表达的研究。本研究为应用乳脂球代替乳腺组织研究哺乳动物泌乳性状相关基因的表达及调控机制提供了新的理解和数据参考。