樟叶越桔肌动蛋白Actin7基因克隆与组织表达

【目的】研究樟叶越桔肌动蛋白Actin7基因的组织表达特征。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上,应用PCR技术成功克隆VdActin7基因cDNA和DNA序列。进一步利用qRT-PCR技术检测并分析VdActin7基因在樟叶越桔幼嫩叶片、成熟叶片、花芽、花、绿色果实、红色果实、绿色果梗和红色果梗等组织中的表达情况。【结果】获得VdActin7基因DNA序列1657 bp, cDNA序列1387 bp。VdActin7基因含有3个内含子,分别为93 bp的intron1、89 bp的intron2和88 bp的intron3,完整开放阅读框长1134 bp,编码377个氨基酸,理论分子量为41.70 KD,等电点为5.31,无信号肽和跨膜结构,属于稳定亲水性蛋白。系统进化树分析发现,VdActin7蛋白与同为越橘属的兔眼越橘(Vaccinium ashei)Actin7亲缘关系最近。VdActin7基因密码子偏好性分析显示,总GC含量和同义密码子第三位核苷酸含量(GC3s)分别为48.2%和44.1%,有效密码子数(ENC)为49.28%,高频密码子共有31个。VdActin7与枣树(Ziziphus jujuba)ZjActin7基因相似,均对CUU偏好性最强,GUU次之,但VdActin对CUU的偏好性(3.43)明显强于ZjActin7(2.57)。qRT-PCR结果显示,VdActin7基因表达呈现明显的组织特异性,在嫩叶中高表达,在成熟叶和果梗中表达量较低,而在果实中检测不到表达量或不表达,暗示VdActin7基因可能在嫩叶的发育过程中发挥重要作用。【结论】本文首次报道了樟叶越桔Actin7基因序列及序列特征,并发现VdActin7基因具有组织表达特异性,为进一步研究VdActin7基因功能、表达调控及作用机制奠定了基础。

7个候选内参基因在樟叶越橘不同组织中的表达及稳定性分析

【目的】筛选樟叶越橘不同组织部位基因表达分析的最适内参基因。【方法】基于樟叶越橘三代转录组测序数据,筛选出PP2A-1、PP2A-2、EIF-4A-1、EIF-4A-2、60S-1、60S-2和ARP-1共7个候选内参基因;利用qRT-PCR技术对目标基因在樟叶越橘不同组织(嫩叶、成熟叶、花芽、花、绿色果实、红色果实、绿果果梗和红果果梗)的表达水平进行检测,应用geNorm、NormFinder和BestKeeper 3种方法分析评估基因表达的稳定性,通过RefFinder方法综合评价以筛选出樟叶越橘不同组织的最适内参基因;以樟叶越橘绿原酸合成途径中苯丙氨酸解氨酶基因(PAL)的组织表达情况验证内参基因稳定性评价结果的可靠性。【结果】樟叶越橘的不同组织中,60S-2基因表达的稳定性居于首位,其次是PP2A-2基因,ARP-1、60S-1和EIF-4A-2基因表达的稳定性居中,EIF-4A-1基因表达的稳定性最差。应用60S-2内参基因分析获得的樟叶越橘不同组织中PAL基因表达量与绿原酸含量的变化趋势一致,表明PAL基因参与了樟叶越橘体内绿原酸的合成。【结论】供试的7个候选基因中,能在樟叶越橘不同组织最稳定表达的内参基因是60S-2。研究结果为后续其他功能基因在该植物不同组织中的表达研究提供了最适内参基因选择参考。

麻疯树油体钙蛋白JcCale 26.8基因克隆及序列分析

[目的]克隆麻疯树(Jatrapha curcas)油体钙蛋白基因JcCale 26.8全长cDNA序列,探究麻疯树油体钙蛋白及其基因的结构与功能。[方法]应用RNA-seq测序和PCR技术,从麻疯树种子中克隆获得1个油体钙蛋白家族基因JcCale 26.8,并进行测序和序列分析。[结果]JcCale26.8基因序列含有6个外显子和5个内含子,内含子剪接位点符合真核生物基因的GT-AG法则。JcCale26.8基因mRNA序列的完整开放阅读框长717 bp,推测编码由238个氨基酸组成、相对分子量为26.8 kD的油体钙蛋白JcCale26.8。JcCale26.8蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲结构构成,并具有油体钙蛋白典型结构特征,与来自蓖麻、川桑和异色山黄麻等多个不同物种的Caleosin蛋白具有较高的同源相似性。[结论]该研究可为麻疯树油体钙蛋白基因的表达调控与功能研究奠定基础。