基于建模的功能非编码RNA保守结构查询

许多研究已经证明了多种ncRNA的存在,并且有些非编码RNA可能在遗传系统中起着多种催化和调控作用。为了识别的ncRNA的结构—功能关系,运用一组距离约束的新方法对要预测的RNA二级结构进行建模。此外,还采用了一种过滤模式用以识别查询的二级结构的匹配模型。研究结果表明:基于距离约束的方法可以降低预测RNA二级结构的时间复杂度;而过滤模式可以过滤掉很多数据库中不相似的RNA模型。实验结果证明基于距离约束的方法在预测ncRNA结构中更具有应用价值。

基于Gene Ontology的MicroRNA功能聚类

MicroRNA(miRNA)的许多生物过程是通过影响靶基因的转录后表达.miRNA与靶标之间的互补程度和性质决定其基因调控作用.结构相似性可以作为一个强有力的方法推断分子功能的相似性.然而,结构比对的方法来度量miRNA之间的相似性通常不太准确,而且时间开销大.对这些表达差异的miRNA的靶标基因进行聚类,可以很好地理解miRNA的功能.提出一个新的GO(gene Ontology)语义相似性的方法来区分miRNA功能组.该方法采用项信息和边的权重来度量GO项的权重.此外,2个GO图的共同项和非共同项还被用来度量这2个图之间的相似度.对于2个miRNA,它们之间的相似性可以用它们靶标基因标注的GO项的相似性来计算.实验结果表明此方法不仅可以将相似功能的miRNA聚在一起,而且可以预测未知miRNA的功能.