基于TCGA数据库分析肿瘤突变负荷在肌层浸润性膀胱癌预后评估中的价值

目的:探讨肿瘤突变负荷(TMB)在肌层浸润性膀胱癌(MIBC)预后评估中的价值。方法:从TCGA数据库下载MIBC测序数据,结合临床数据分析TMB在MIBC中的临床意义,从TMB分组中识别出差异表达的免疫相关基因进行预后分析;另外采用非负矩阵分解CIBERSORT算法确定免疫细胞与TMB亚型之间的相关性。结果:纳入的375例MIBC患者样品中单核苷酸多态性(SNP)和C>T是最常见的错义突变;TP53、TTN、KMT2D、MUC16、ARID1A基因的突变率较高;与低TMB组MIBC患者相比,高TMB组的患者预后较好(P<0.01);以KIR2DL4、IL1RL1、SSTR5构建的COX回归模型中低风险组MIBC患者较高风险组预后更佳,曲线下面积(ROC)为0.71;与正常膀胱组织相比,高TMB组的CD8+T细胞、活化的CD4+T细胞、嗜酸性粒细胞表达较高,而在低TMB组中记忆B细胞及未活化的肥大细胞表达比例较高(P<0.05)。结论:TMB较高的MIBC患者可能在免疫治疗中获得较好的预后,TMB具有预测肿瘤免疫治疗疗效的潜在应用价值;还发现了不同组分的免疫细胞在TMB分组的MIBC肿瘤微环境中存在表达差异。

膀胱癌预后免疫相关风险模型的构建分析

目的:通过构建免疫相关风险模型用于评估膀胱癌(bladder cancer,BC)预后,探讨免疫相关基因(immune-related genes,IRGs)在BC临床应用价值。方法:基于TCGA、ImmPort、Cistrom等数据库分别下载BC转录组测序数据(RNA-seq)、IRGs和转录因子(transcription factors,TFs)数据,对差异表达的IRGs行COX回归分析,计算个体免疫-风险评分(RiskScore值)并行Kaplan-Meier生存分析,差异表达的IRGs与TFs进行网络调控分析,结合RiskScore值分析22种免疫浸润细胞在BC的差异表达。结果:共有22个IRGs与BC患者的临床预后显著相关,行KEGG分析显示细胞因子-细胞因子受体相互作用是IRGs最常见作用途径;以MMP9、PAEP、ADIPOQ、AHNAK、OAS1、RAC3、IL34、PDGFD、SH3BP2为基础构建的免疫-风险模型,行Kaplan-Meier生存分析提示低风险组生存预后明显好于高风险组(P<0.001);差异表达的16个TFs及7个IRGs纳入性网络调控分析,ENDRA、IGF1、RAC3作为调控网络的核心;基于IRGs的RiskScore值反映了多种免疫细胞浸润相关情况。结论:我们所构建的免疫-风险模型可用于预测BC患者生存预后,进一步研究发现BC中多种免疫细胞浸润情况,这可能有助于扩大免疫治疗的应用范围。

临床医学专业学位研究生教育与教学

住院医师规范化培训是培养出一批具有高水准、高技术、高素养的复合应用型医学人才的重要途径,通过住院医师规范化培训,更好地探索临床实践与医学专业学位研究生教育相结合的方式方法,对提高临床医学专业学位研究生教育质量具有重要意义。

肾部分切除术对Ⅰ期局限性肾透明细胞癌患者预后的影响研究

背景目前,T1a期局限性肾透明细胞癌(ccRCC)患者首选肾部分切除术(PN),而对于T1b期局限性患者是否首选PN方案尚存在争议。目的分析PN对Ⅰ期局限性ccRCC患者总体生存率(OS)和肿瘤特异生存率(CSS)的影响。方法2020年4—5月申请获得监测、流行病学和最终结果(SEER)数据库使用权限并从数据库下载1975—2016年经病理诊断为Ⅰ期局限性ccRCC患者的临床病理资料(诊断年份、年龄、性别、人种、婚姻、肿瘤患侧性、病理分级、T分期、手术方式),根据手术方式不同将患者分为PN组与根治性肾切除术(RN)组。采用Cox比例风险回归模型分析Ⅰ期局限性ccRCC患者CSS的独立预后因素;采用多因素Logistic回归分析探讨患者手术方式的影响因素;采用倾向性评分匹配法校正样本,Kaplan-Meier曲线和多因素Cox比例风险回归模型分析匹配前后两种手术方式对患者OS和CSS的影响。结果单因素Cox比例风险回归模型结果显示,年龄、婚姻、病理分级、T分期、手术方式均是Ⅰ期局限性ccRCC患者CSS的预后因素(P<0.05);多因素Cox比例风险回归模型结果显示,年龄、婚姻、病理分级、T分期、手术方式均是Ⅰ期局限性ccRCC患者CSS的独立预后因素(P<0.05)。在总体生存人群及肿瘤特异性生存人群中,两组T1b期局限性ccRCC患者诊断年份、年龄、肿瘤患侧性、病理分级比较,差异均有统计学意义(P<0.05);多因素Logistic回归分析结果显示,诊断年份、年龄、肿瘤患侧性、病理分级是T1b期局限性ccRCC患者手术方式的影响因素(P<0.05)。与RN相比,匹配前后的Kaplan-Meier曲线发现,PN对患者OS有益(P<0.05),而对CSS无明显影响(P>0.05);PSM调整后的多因素Cox比例风险回归模型分析发现PN是患者OS独立保护因素(HR=0.695,P=0.009),对CSS无明显影响(HR=0.804,P=0.301)。结论基于患者的远期生存角度,在手术可行的情况下,建议Ⅰ期局限性ccRCC患者优先考虑PN治疗。

生物信息学方法鉴定与肾透明细胞癌预后相关的关键基因

目的采用生物信息学方法鉴定与肾透明细胞癌(KIRC)预后相关的关键基因,并进一步分析其临床意义。方法通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因表达汇编(GEO)中KIRC的基因表达谱数据,提取与正常肾组织差异表达的关键基因,结合TCGA数据库中的生存时间进行预后分析。结果在TCGA和GEO数据库中共分析得到112个重叠基因,鉴定出10个KIRC关键基因(RAB25、ESRP1、EPCAM、VEGFA、MAL2、GRHL2、AP1M2、GPC3、CP、OCLN),OCLN高表达患者的总生存期(OS)长于OCLN低表达患者,而GPC3、RAB25及GRHL2低表达患者的OS分别长于GPC3、RAB25及GRHL2高表达的患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05);OLCN及MAL2高表达患者的无病生存期(DFS)分别长于OLCN及MAL2低表达患者,GPC3及CP低表达患者的DFS分别长于GPC3及CP高表达患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。结论本研究采用生物信息学方法鉴定出了与KIRC预后相关的关键基因,其中OCLN、RAB25、GRHL2及GPC3与KIRC患者的OS有关,而OLCN、GPC3、CP及MAL2与KIRC患者的DFS有关,这可能成为未来恶性肿瘤治疗的新靶点。

可变剪接对肾透明细胞癌患者预后的预测价值

目的利用生物信息学方法研究可变剪接对肾透明细胞癌(RCCC)患者预后的预测价值。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载RCCC患者可变剪接事件相关RNA-seq数据及其临床信息,通过单因素Cox回归分析筛选与生存显著相关的可变剪接事件。将选择的可变剪接事件进行LASSO回归分析,并构建Cox预测模型。结果 497例RCCC患者癌组织的21 615个基因中共有46 415个可变剪接事件发生,单因素Cox回归分析结果显示,在5 483个基因中发现12 156个与RCCC患者生存显著相关的可变剪接事件(均P <0.05)。LASSO回归分析结果显示,可变受体位点(AA)事件中与RCCC患者生存预后相关性最高的基因为6个,可变供体位点(AD)、可变启动子(AP)、可变终止子(AT)、外显子跳跃(ES)事件中均为5个,外显子互斥(ME)事件中为10个,内含子保留(RI)事件中为4个,整体可变剪接事件中为6个。将7种可变剪接事件及整体可变剪接事件分别构建Cox预测模型,Kaplan-Meier生存曲线分析显示各预测模型中高风险组生存率均低于低风险组(均P <0.001)。受试者工作特征曲线结果显示,AA、AD、AP、AT、ES、ME、RI和整体可变剪接预测模型的曲线下面积分别为0.759、0.753、0.743、0.763、0.789、0.762、0.674和0.796。结论可变剪接事件构建的预测模型能有效地预测RCCC患者的生存情况,为临床治疗决策提供帮助。

预后营养指数对泌尿系统肿瘤患者预后评估价值的研究进展

近年来,随着循证医学、精准医学的发展,准确预测肿瘤患者的预后,为患者提供精准、个体化的治疗,被研究者和临床工作者广泛关注。预后营养指数(PNI)是一种用于评估肿瘤患者营养状态和免疫状况的指标,是系统性炎症反应的有效指标之一,已被证实与淋巴结转移、肿瘤浸润深度、肿瘤分期和生存预后有关。本文就PNI对泌尿系统肿瘤(膀胱癌、肾细胞癌及前列腺癌)预后评估价值的研究进展作一综述。

临床医学专业学位研究生培养新模式的思考

2015年起,国家卫计委(现更名为国家卫健委)结合国内医学教育现状及未来发展方向,在全国推行"四证合一"临床医学专业学位研究生培养这一新模式。然而近3年的实践过程中,显露出教学与管理上的问题。该文结合了桂林医学院专业学位研究生培养的现状,分析目前存在的问题,尤其是临床与科研能力均衡培养方面,提出了几点建议。

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与PTGIS基因有关的蛋白,并通过STRING绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS基因的表达显著低于膀胱正常组织(P<0.05)。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好(P<0.05)。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。

肌层浸润性膀胱癌TILs表达及其临床意义TCGA数据库分析

目的肿瘤浸润淋巴细胞(tumor infiltrating lymphocytes,TILs)在乳腺癌、黑色素瘤等肿瘤中高表达常常具有较好的生存预后,但TILs在肌层浸润性膀胱癌(muscle-invasive bladder cancer,MIBC)的表达及其对MIBC患者预后影响尚不清楚。本研究通过癌症和肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的大规模基因组测序所得结果分析TILs在MIBC组织中的表达及其临床意义。方法通过TCGA V15.0数据库筛选并下载412例膀胱癌患者数据资料(自2006年建库起至2019-02-20),经过R语言中相关的程序包及CIBERSORT软件分析TIls在膀胱肿瘤组织及癌旁组织的表达,并结合临床数据分析TILs的不同表达量在MIBC的预后作用。结果整体分析可得CD8T细胞与活化的记忆CD4T正相关性最强,但与未活化的CD4T负相关(r值分别为0.57和-0.55);未活化肥大细胞(P=0.002)、原始B细胞(P=0.006)、记忆B细胞(P=0.036)在正常组织中含量较高,而巨噬细胞M0(P=0.006)、巨噬细胞M1(P=0.009)、未活化自然杀伤NK细胞(P=0.033)在肿瘤组织中含量较高,411例膀胱癌患者(剔除未报道生存状态1例)中有≥3年吸烟史(χ^2=27.4,P<0.001)和组织学分级高级别(χ^2=7.14,P=008)死亡率高,放射治疗未能使膀胱癌患者明显获益(χ^2=4.76,P=0.03);在404例MIBC患者中,癌组织中高含量的CD8T细胞(P=0.016)及活化记忆CD4T细胞(P=0.023)比低含量者生存时间更长,未活化的CD4T细胞(P=0.021)及巨噬细胞M0低含量(P=0.024)比高含量者预后更佳;CD8T细胞在男性中含量更高(P=0.007);巨噬细胞M0在临床分期越高其含量越高(P=0.032)。结论数据分析表明,TILs的不同细胞含量在膀胱癌中差异表达,这些差异性可能是膀胱癌患者预后和治疗反应的重要决定因素;另外,对肿瘤细胞免疫反应的详细分析有助于提高临床预测和确定免疫治疗的候选药物。

转移性肾癌患者的预后影响因素分析

[目的]旨在基于SEER数据库,筛选转移性肾癌患者的独立预后危险因素,建立一个可靠的预测模型来预测转移性肾癌患者的总体生存率(Overall survival,OS),从而帮助临床诊断和治疗。[方法]从SEER数据库中确定了2912例转移性肾癌患者。随机选择纳入患者中70%(n=2040)作为建模组,其余30%患者(n=872)作为验证组。由建模组构建预测模型,并使用验证组进行验证。经过单因素与多因素Cox回归,筛选出独立预后危险因素,并全部纳入用于构建列线图预测模型,并通过计算C指数(C-index)、绘制校准曲线及受试者工作曲线下面积(AUC),检验模型的准确性。[结果]根据多因素分析结果,诊断年时龄、肿瘤分期、病理分级、组织学类型、手术、肝转移、脑转移和肾转移与转移性肾癌患者的总体生存率(OS)相关。转移性肾癌患者的8个独立危险因素被纳入列线图预测模型。预测模型C指数0.709显著高于第7版AJCC分期系统C指数0.614。校准曲线显示,模型预测生存率与实际生存率之间的一致性,进一步验证了模型的区分能力及校准能力。[结论]该模型预测患者的总体生存率的C指数(C-index=0.751)大于第7版AJCC分期系统的C指数(C-index=0.697),该列线图预测模型能够较准确预测转移性肾癌患者预后状态,并较传统TNM分期系统有所改善,能够更好地指导临床决策。