大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的加权一步法全基因组关联分析

旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法,充分利用群体的表型、系谱和基因型信息,探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据,其中基因型数据个体共1259头。通过方差分析和加权一步法全基因组关联分析,确定性状显著相关的数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)。并进行基因注释、GO(gene ontology)功能和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。计算结果表明,大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的遗传力分别为0.4506±0.0173、0.4968±0.0174和0.4758±0.0172。利用加权一步法全基因组关联分析,定位到与眼肌面积显著相关的候选QTL区域10个,与估计瘦肉率显著相关的候选QTL区域8个,与背膘厚显著相关的候选QTL区域12个。后续基因注释、GO功能和KEGG通路富集分析显示,与眼肌面积相关的候选基因36个,共富集到7个条目;与估计瘦肉率相关的候选基因29个,共富集到2个条目;与背膘厚相关的候选基因41个,共富集到11个条目。分析这些条目中所包含的基因,结果显示其中部分候选基因与生长发育、肌肉脂肪和骨骼发育有关。如ADAL基因影响脂肪细胞分化等活动;FGF 9基因被报道参与骨骼发育等过程。本研究通过加权一步法关联分析定位到与大白猪生长性状相关的重要候选基因,结果扩展了大白猪生长性状的相关研究,并为今后该品种生长性状的基因组遗传改良提供重要分子标记。