基于生物信息学途径食管鳞癌lncRNA预后风险模型的构建

【目的】基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库食管鳞癌lncRNA差异表达,构建食管鳞癌预后风险模型。【方法】从TCGA肿瘤数据库下载食管鳞癌基因表达数据及临床信息,使用R 4.0.3软件提取差异表达lncRNA,进一步使用COX回归分析筛选模型lncRNA,并构建预后风险模型Riskscore;按照风险评分中位值将食管鳞癌患者分为低风险组和高风险组,进一步比较高低风险组生存预后;分析比较风险模型及其他临床特征对食管鳞癌生存预后的预测性能;分析风险评分与其他临床特征相关性;采用主成分分析(PCA)及基因富集分析(GSEA)探索高低风险组基因分布差异。【结果】得到差异表达lncRNA174个,食管鳞癌组织表达上调126个,表达下调48个。COX回归分析显示AL033384.1,AC108449.2可作为食管鳞癌的独立预后因素,风险模型公式为Riskscore=1.303×AL033384.1-1.525×AC108449.2,且低风险组总体生存率高于高风险组(P<0.001),主成分分析显示模型lncRNA能较好区分高低风险组,是高低风险组分布的主要影响因素。高低风险组存在细胞通路差异,高风险组主要富集在表皮细胞的角质化和细胞内的高代谢等过程。该风险模型1、2和3年预测性能分别为0.750、0.768和0.796,优于其他临床特征如TNM分期的预测性能。【结论】基于TCGA数据库筛选得到的AL033384.1,AC108449.2建立的预后风险模型对预测食管鳞癌患者的预后具有一定的临床价值,低风险组患者总体生存率更长,预后更好。

基于NGS技术及PD-1/PD-L1检测对同时性多原发肺癌的诊断价值初探

目的基于二代基因测序(NGS)技术及程序性死亡受体-1/程序性死亡受体配体-1(PD-1/PD-L1)检测对同时性多原发肺癌(sMPLC)组织的基因分子特征进行分析及分子诊断进行探索。方法收集2018年7月至2019年11月于中山大学附属第一医院胸外科确诊为同时性多原发肺癌患者组织标本及临床资料,通过NGS及免疫组化Elivision法检测sMPLC中PD-1和PD-L1蛋白的表达,分析其基因突变情况及PD-1/PD-L1蛋白表达情况。结果PD-1在sMPLC组织中阳性表达率为92.9%(13/14),PD-L1在sMPLC组织中阳性表达率为85.7%(12/14)。同一患者不同病灶之间表达不一致率为71.5%。在sMPLC肿瘤细胞中PD-1蛋白表达量与在细胞间质中的淋巴细胞中PD-1蛋白表达量差异有统计学意义(P=0.01),突变频率最高的基因为表皮生长因子受体(EGFR)基因,频率83.3%(10/12)。以21外显子EGFR L858R频率最高(7/10),sMPLC驱动基因突变均合并有伴随突变,同一患者的不同病灶之间有存在相同的伴随突变均为单核苷酸位点突变(SNV),未发现拷贝数变异(CNA)和基因重排或基因融合的共同伴随突变。sMPLC病灶中肿瘤突变负荷(TMB)值差异有统计学意义(P=0.02),且PD-L1在sMPLC组织中的表达量与TMB值呈正相关(r=0.609,P=0.036)。结论基于大panel的NGS测序及PD-1和PD-L1的检测,对于同时性多原发肺癌的诊断及后续的靶向及免疫治疗的评估有着一定的临床参考意义。