一株牛源溶酪巨型球菌致病性及全基因组特征分析

目的本研究旨在研究1株牛源溶酪巨型球菌(Macrococcus caseolyticus,M.caseolyticus)的致病性和全基因组特征,挖掘该菌株的毒力和耐药相关基因。方法在新疆石河子市某牛场中采集1例病死牛肺脏,从牛肺脏灌洗液中分离鉴定了1株牛源溶酪巨型球菌,在此基础上进行了药敏试验、动物感染试验;并通过Illumina的二代测序技术对该菌株进行全基因组框架图构建,构建多个管家基因同源进化树,对编码基因、重复序列、非编码RNA等进行预测,并在GO、KEGG、COG、NR和CAZy数据库对基因组的基本功能特征进行注释,结合NR数据库的注释和PHI、CARD数据库注释,明确其基因组中毒力因子、耐药性等相关基因。结果从牛肺中成功分离到一株M.caseolyticus,通过感染兔子试验证实该菌株具有较强的致病性,病理切片结果显示兔子肺泡数量减少,大量炎性细胞渗出,肺泡囊增大,肺泡囊中充满渗出物,红细胞渗出,细支气管管壁塌陷。该菌经平均核苷酸相似度分类和系统发育树确定为溶酪巨型球菌,全基因组大小为2209314 bp,CG%含量为37.22%,平均长度为855 bp,编码2304个基因;其中tRNA有58个、rRNA有8个、sRNA有1个;含有3条CRISPRs序列。在GO数据库中有1028个基因得到注释,分别注释到分子功能、细胞组分和生物过程3大类;在KEGG数据库中共有1420个编码基因得到注释;在COG数据库中,共注释有23种功能的1961个基因;同时,在全基因组测序结果中发现51个毒力因子和对氨基糖苷类、β-内酰胺类和多肽类等抗生素的多种耐药基因,药物敏感性试验中菌株对测试的12类抗生素仅对磺胺类(复方新诺明)、林可霉素类(林可霉素)、青霉素类(氨苄西林)耐药。结论本研究从病死牛肺脏中分离得到1株牛源溶酪巨型球菌并命名为SHZXbov7,该菌具有较强的致病性,含有多种毒力因子和耐药基因,菌株SHZXbov7的基因组测序和注释将丰富溶酪巨型球菌的基因数据库,为溶酪巨型球菌相关疾病的防控提供参考。

金银花源miR2911靶向PEDV基因区域分析

金银花源miR2911是一种丰度较高、性质稳定的抗病毒分子,在抗流感病毒感染和SARS-CoV-2感染中发挥着关键作用。然而,有关miR2911靶向PEDV基因区域的研究却鲜有报道。因此,本研究旨在分析miR2911靶向PEDV的基因区域,进一步分析miR2911靶点在不同流行毒株中的保守性。利用miRanda软件成功预测miR2911在PEDV基因组中存在多个靶点,靶向PEDV基因区域保守性很高。为后续深入研究miR2911在抗猪源病毒感染的机理提供了数据支撑。