线粒体Cyt b基因在鲑科品种鉴定中的可靠性分析

为探究Cyt b基因在鲑科鱼类品种鉴定中的可靠性,本研究从GenBank数据库中下载9种鲑科鱼类品种的Cyt b基因序列共997条。以Cyt b全基因和文献报道的两组Cyt b基因短片段(359和200 bp)为研究对象,对其序列变异和分子系统进化树进行分析,并筛选鲑科鱼类品种的微型DNA条形码。结果表明,仅当选用200 bp片段时,银鲑的最大种内遗传距离大于最小种间遗传距离,不存在条形码间隙(barcode gap)。同时,根据分子系统进化树分析,同一品种在基于不同Cyt b基因片段的邻接树中均聚为单系,且每一个分支的结点置信度均大于70%。因此,Cyt b可以作为条形码基因用于鲑科鱼类品种鉴定。本研究筛选获得的微型DNA条形码对鲑科鱼类品种具有良好的特异性。

基于自淬灭探针的LAMP可视化快速检测方法

该研究拟筛选与自淬灭探针互补的寡核苷酸序列,利用双链DNA的荧光超淬灭机制,构建可视化反应体系,从而实现基于自淬灭探针的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)可视化快速检测。结果表明:添加与自淬灭探针完全互补的寡核苷酸序列,体系的背景荧光强度会出现显著下降(P<0.05)。当熔解温度(melting temperature,Tm)值高于室温时,缩短互补序列的长度(从3'端)不会影响其淬灭作用。基于互补序列的荧光超淬灭机制构建的LAMP可视化反应体系能够有效降低背景荧光,反应结束后表现出易于读取的可视化结果,并成功用于虹鳟鱼的快速检测。综上,合适的互补序列能够降低自淬灭探针的背景荧光,利用该互补序列和自淬灭探针建立低背景荧光的LAMP体系能够在可视化检测中表现出适用性。