志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析

目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性。结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能。重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性。结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同。某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成。

超级火山喷发及其环境效应

超级火山喷发可以在极短时间内剧烈改变区域地形地貌,引起全球性气候巨变,是人类赖以生存的地球宜居环境的严重威胁。因此,剖析地质历史上的超级火山喷发事件及其环境效应,将有助于我们预测和应对未来可能的超级火山喷发及其造成的自然灾难。本文从超级火山和超级喷发的定义入手,重点介绍超级火山喷发的固相和气相产物、如何鉴别地质历史上的超级火山喷发、以及超级火山喷发可能带来的环境和社会影响。由于最近一次超级火山喷发发生在2.6万年前的新西兰,人类文明并没有经历过超级火山喷发,科学家们主要通过二十世纪以来有记录的小型火山喷发、冰芯和年轮记录、火山-环境-气候模型等来推测、反演和模拟超级火山喷发对气候和环境的影响。已有的研究表明,超级火山喷发产生的碎屑熔岩流和岩浆房塌陷产生的破火山口给周边地区环境造成直接的摧毁;进入平流层的火山气体经过物理化学变化形成气溶胶,有效的反射和吸收太阳辐射,从而导致长达数年的区域甚至全球性的剧烈降温和降水减少。尽管科学家们已经做了很多数值模拟和推演,但超级火山喷发的影响仍然是难以估计的。特别是超级火山喷发发生的季节和地点会带来不同的火山-海洋-大气-植被耦合效应,导致不同规模的气候和环境变化,未来应当加强这方面的研究。

西安市2010年至2016年恙虫病流行特征分析

目的分析西安市2010年至2016年恙虫病流行特征,为恙虫病的预防和控制提供参考依据。方法收集中国疾病预防控制信息系统中西安市2010年至2016年恙虫病的报告资料,进行描述性统计分析。结果 2010年至2016年西安市累计报告恙虫病病例309例,年平均发病率0. 51/10万,发病高峰期为每年10月至11月,占发病总数的97. 1%,;病例集中在户县、长安区、周至县三个地区,占总发病数的94. 2%(291/309),发病率最高的为户县(4. 95/10万),其次为长安区(1. 31/10万)和周至县(0. 32/10万); 40岁以上人群为为主要发病人群,占发病总数的85. 4%;职业分布以农民为主,占病例总数的91. 9%。结论西安市恙虫病流行表现为明显的季节性、区域性和特殊人群高发,建议在秋冬季在重点区域针对人群采取预防性干预措施,降低恙虫病的发生和流行。

吉林省自由屯金铜矿床地质特征及成因浅析

自由屯金铜矿床位于吉黑造山带、吉中活动陆缘南部,属于新发现和正在勘查的矿床。通过成矿地质背景、矿床地质特征研究,确定该矿床为中低温岩浆热液型矿床,为进一步找矿提供理论依据。

2019—2021年西安市手足口病的病原学特征分析

目的分析2019—2021年西安市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原构成及其流行病学特征, 为防控HFMD提供科学依据。方法收集临床诊断为HFMD的肛拭子或粪便标本, RT-PCR法检测肠道病毒(enterovirus, EV), 鉴别出肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16, CVA16)、柯萨奇病毒A组6型(CVA6)、柯萨奇病毒A组10型(CVA10)。使用Excel 2007和SPSS18.0软件进行数据收集和统计学分析, 对HFMD进行描述性流行病学分析和病原学特征分析。下载CVA6各基因型代表株的VP1区序列, 用MEGA X软件构建基因进化树, 分析其基因特征。结果共收集到1 531例HFMD病例, EV的阳性率为89.16%(1 365/1 531), EV71、CVA16、CVA6、CVA10和其他EV的检出率分别为1.31%(20/1 531)、32.46%(497/1 531)、38.47%(589/1 531)、5.09%(78/1 531)和11.23%(172/1 531)。HFMD的病原构成在不同临床分型(χ^(2)=46.14, P<0.01)、不同职业(χ^(2)=34.65, P<0.01)、不同年份(χ^(2)=462.86, P<0.01)差异有统计学意义。HFMD患者中, CVA16感染者的年龄比CVA6和CVA10感染者的年龄大(F=6.00, P<0.01)。2019年西安市HFMD的主要病原是CVA16, 2020年和2021年HFMD的主要病原是CVA6。EV阳性病例春夏季主高峰(5—7月)的优势病原为CVA16, 秋季次高峰(9—11月)的优势病原为CVA6。西安市8个区县的优势病原为CVA6, 6个区县的优势病原为CVA16, 1个区县CVA16和CVA6共同流行。基因进化分析表明西安市CVA6为D3a亚型, 分为2个进化分支。结论 2019—2021年西安市HFMD的主要病原是CVA6和CVA16, CVA6的基因型为D3a亚型, 病原构成呈现出明显的人群、时间和地区分布差异。

2016年西安市疱疹性咽峡炎的流行特征和病原学分析

目的分析西安市疱疹性咽峡炎的流行特征和病原感染情况,为防控疱疹性咽峡炎提供科学依据。方法收集西安市哨点医院上报的疱疹性咽峡炎病例,采用荧光定量PCR(Real-Time PCR)和巢式PCR扩增、测序对标本进行肠道病毒的检测和分型,用Excel和SPSS 18.0软件进行统计学分析。结果2016年西安市哨点医院共报告疱疹性咽峡炎病例421例,男女性别比为1.54∶1,患儿年龄范围为3个月~13岁,其中3岁以下婴幼儿占所有患者的90.50%,4~10月份病例占总发病数的87.17%,6月份报告病例数最多(23.75%,100/421)。152份标本中检出肠道病毒阳性108例,阳性率为71.05%,共检测出8种肠道病毒,包括肠道病毒71型(Enterovirus A71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组4型、5型、6型、10型、12型、16型(Coxsackievirus A,CV-A)和柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B,CV-B),其中CV-A10和CV-A6的构成比分别为23.15%(25/108)和6.48%(7/108)。结论2016年西安市疱疹性咽颊炎6月份病例最多,3岁以下男性儿童为主,明确病原中以CV-A6和CV-A10多见。

志贺菌CRISPR的检测及其与耐药的关系

【目的】检测志贺菌成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR),并分析其与志贺菌耐药的关系。【方法】根据CRISPR DB数据库公布的志贺菌确定的CRISPR结构序列CRISPR-S2、CRISPR-S4和可能的CRISPR结构序列CRISPR-S1、CRISPR-S3设计四对引物,对60株志贺菌进行PCR扩增。采用CRISPR Finder分析CRISPR,采用改良K-B药敏纸片法检测志贺菌耐药情况,并分析CRISPR-S4与耐药的关系。【结果】确定的CRISPR结构的总阳性率为95%,四个CRISPR位点组成12种CRISPR谱型(A-L),除K型外均含确定的CRISPR结构,新发现1种重复序列和12种间隔序列。60株志贺菌的多重耐药率为53.33%。CRISPR-S4阳性菌株与阴性菌株之间,耐药的分布差异无统计学意义,但多重耐药菌株和耐TE菌株CRISPR-S4的重复序列多为R4.1,其3'末端缺失碱基AC;多重耐药菌株CRISPR-S4的间隔序列多为Sp5.1、Sp6.1和Sp7。【结论】CRISPR在志贺菌中广泛分布。CRISPR重复序列的变异和间隔序列的多样性可能与志贺菌耐药有关。

2018年西安地区重症手足口病病原学及临床特点

目的了解2018年西安地区重症手足口病(HFMD)病原学及临床特征,为其临床诊断与治疗提供依据.方法选择西安市儿童医院2018年1月至12月收治的重症HFMD患儿为研究对象,收集临床资料,采集其肛拭子,采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)法对患儿标本进行病毒检测.结果2018年西安市儿童医院共收治重症HFMD 95例,其中重型92例,危重型3例.病原学检测肠道病毒核酸阳性87例,血清学分型肠道病毒71型(EV71)30例(占31.6%),柯萨奇病毒A组6型(CA6)39例(占41.0%),柯萨奇病毒A组16型(CA16)3例(占3.2%),柯萨奇病毒A组10型(CA10)阳性2例(占2.1%),其他肠道病毒13例(占13.7%).95例重症HFMD患儿中,男女比例为1.1∶1.0;5-7月份为HFMD发病高峰期,3岁以下为重症HFMD主要发病年龄;临床表现中以精神差、呕吐、烦躁、嗜睡、易惊、抽搐为主要表现;CA6重症患儿易出现抽搐,皮疹形态以大疱样皮疹为主,恢复期可出现脱甲,EV71感染患儿皮疹表现为小、厚、硬、少;经积极治疗后仅1例EV71感染患儿因严重脑功能障碍、频繁抽搐、神经源性肺水肿家长放弃治疗后最终死亡,另1例出院时留有偏瘫、语言功能障碍,余重症患儿均临床治愈出院.结论2018年西安地区重症HFMD病原以CA6为主,皮疹以大疱表现为主,恢复期可出现脱甲.危重症及死亡病例仍为EV71引起.

志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列系统结构特征的生物信息学分析

利用生物信息学方法探索志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)系统结构的特征。本文通过BLAST、序列比对、RNA二级结构预测等方法对志贺菌CRISPR进行研究。结果显示:志贺菌的4个群中均发现有CRISPR结构,其侧翼上、下游序列可分为相同组群,在leader序列中存在具有回文性质、相对保守的motif;侧翼序列与重复序列具有相同的分组,重复序列有一定的保守性,可以形成以"茎"为主和以"环"为主两类不同的RNA二级结构;间隔序列与质粒或噬菌体有一定的同源性。本研究表明重复序列与侧翼序列间存在相关性,重复序列可能作为一种识别机制来介导外源元素与Cas蛋白间的相互作用。

志贺菌成簇规律间隔短回文重复序列相关蛋白基因cas1和cas2研究

目的：研究成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPR）相关蛋白基因cas1和cas2在志贺菌中的分布，并分析cas1和cas2基因突变与细菌耐药的关系。方法采用PCR扩增196株志贺菌cas1和cas2基因。对3株志贺菌（Z23、2003135、2008113）的cas2、cas1（a）和cas1（b）基因进行测序，分析其突变与耐药之间的关系。结果196株志贺菌均检出CRISPR相关蛋白基因cas1和cas2。测序结果显示，cas2的一致性为96.44%，cas1（a）的一致性为97.61%，cas1（b）的一致性为96.97%。菌株2003135的cas1（b）基因有2个突变位点：3177129位点（C→G）及3177126位点（G→C），Z23、2008113对应位置没有突变。药敏结果显示菌株2003135的耐抗生素种类和耐抗生素数目均大于菌株Z23、2008113。结论志贺菌中CRISPR基因广泛存在。cas1（b）基因突变菌株与未突变株比较，耐药性增强。cas1（b）基因突变可能是引起耐药程度不同的原因之一。

新型冠状病毒肺炎住院和出院后不同标本中病毒核酸的检测

目的分析COVID-19确诊病例住院期间和出院后不同类型标本中病毒核酸的检出情况。方法调查定点医院收治的COVID-19确诊病例,住院期间采集其鼻咽拭子、粪便、尿液和血液标本,出院后进行随访,采集其鼻咽拭子和粪便标本,采用实时荧光RT-PCR方法进行核酸检测。结果共调查25例COVID-19确诊病例,在住院期间采集其鼻咽拭子、粪便、尿液和血液标本各25份,共100份标本,经检测鼻咽拭子均为病毒核酸阳性,住院期间9例患者粪便中检出核酸阳性,阳性率为36.00%(9/25),尿液和血液未检出病毒核酸。25例患者出院后进行随访,在第7天和第14天采集其鼻咽拭子和粪便标本各25份,第7天2例患者检出鼻咽拭子核酸阳性,复阳率为8.00%(2/25),粪便中未检出病毒核酸,出院后第14天鼻咽拭子和粪便中均未检出病毒核酸。结论COVID-19确诊病例住院治疗期间粪便中可检出病毒核酸,出院后部分患者鼻咽拭子病毒核酸复阳。

西安市2013-2018年手足口病聚集性疫情流行特征分析

目的对西安市手足口病聚集性疫情进行流行病学和病原学分析,为防控工作提供科学依据。方法采用描述性流行病学方法,分析西安市2013—2018年手足口病聚集性疫情流行特征。结果西安市2013—2018年共报告手足口病聚集性疫情4221起,涉及病例12301例。聚集性疫情每年主要发生在4—7月。雁塔区、长安区和未央区的累计疫情数位居全市前3位。疫情发生场所以托幼机构为主。疫情的肠道病毒阳性检出率为55.37%(1620/2926),其中以柯萨奇病毒A组16型为主。疫情发生报告间隔与疫情持续时间、发病人数呈正相关(r分别为0.727和0.502,P<0.05)。结论西安市手足口病聚集性疫情主要发生在托幼机构,春夏季高发,应加强高发区县的疫情监测、报告管理、病例标本采集检测工作,以有效控制聚集性疫情。

志贺菌中成簇规律间隔短回文重复序列的分子分布特征

目的探索志贺菌中成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPR）的分布。方法共选择志贺菌分离株52株，其中河南41株，江西6株，北京5株。利用PCR扩增志贺菌的4个CRISPR位点（S1、S2、S3、s4），产物送测序，分析CRISPR的重复序列和间隔序列。结果志贺菌的4个CRISPR位点阳性率分别为33．69％（S1）、50．00％（S2）、82．69％（S3）和73．08％（S4）；S1和S3包括2种亚型，S2有3种亚型，S4包括4种亚型。2004年前分离的河南分离株中检出s1位点，2004年后分离的菌株中均未检出该位点；S2、S3和S4在两组的分布没有差异。结论志贺菌各CRISPR位点含有不同亚型，河南分离株S1的分布与细菌分离时间有关，而S2、S3及S4和分离时间无关。

新型冠状病毒肺炎确诊病例不同病程的新型冠状病毒核酸检测分析

目的分析新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)确诊病例不同病程的核酸检测结果。方法选择COVID-19确诊病例,采集患者不同病程的鼻咽拭子标本,在患者治愈出院后进行随访,实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸。结果2020年1月23日至2月20日西安市累计报告120例COVID-19本土确诊病例,初检病毒核酸阳性率为70.83%(85/120)。COVID-19包括连续性核酸阳性和间歇性核酸阳性,患者在潜伏期即可检出核酸阳性,检出核酸阳性的最长发病时间是第26天。COVID-19确诊病例在发病初期病毒核酸阳性率较高,发病第6天的阳性率最高,为84.21%,核酸阳性率随时间推移逐渐降低,患者出院后第7天随访到105人,复阳率为2.86%(3/105)。结论COVID-19确诊病例在发病初期核酸阳性率较高,在潜伏期和发病后较长时间内可检出核酸阳性。

重症手足口病患儿及其陪护家属肠道病毒感染情况调查

目的了解重症手足口病(HFMD)住院患儿肠道病毒的感染情况及其陪护家属的隐性感染情况,为肠道病毒感染的防控提供科学依据。方法采集西安市某儿童医院重症HFMD住院患儿及其陪护家属的肛拭子或咽拭子,采用RT-PCR法对肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CoxAl 6)和其他肠道病毒进行检测,SPSS 17.0进行统计学分析。结果 133例重症HFMD患儿肠道病毒的阳性率为90.98%,其中EV71、CA16和其他肠道病毒感染的构成比分别为47.92%、4.96%和47.12%。133例陪护家属肠道病毒的阳性率为18.05%,EV71和其他肠道病毒感染的构成比分别为33.33%和66.67%。HFMD患儿EV71阳性、其他肠道病毒阳性的陪护家属肠道病毒阳性率分别为12.07%和28.07%,差异有统计学意义(χ~2=4.60,P=0.03),陪护家属与患儿感染的肠道病毒血清型的一致性为79.17%。结论 HFMD住院患儿陪护家属肠道病毒的隐性感染比例较高,应重点对其采取有效的防控措施。

2019年西安市甲型H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的了解西安市甲型流感病毒H3N2亚型血凝素基因特征及抗原变异情况。方法对2019年西安市分离到的流感毒株7株进行HA基因扩增及序列测定,同时获取WHO推荐的疫苗株HA基因序列,利用MEGA 6.0、BioEdit 7.2.5和NetNGlyc 1.0 Server在线分析软件对HA基因序列进行进化分析和抗原变异分析。结果 2019年3月西安市2株H3N2分离株的HA基因与2018—2019年疫苗株核苷酸序列同源性为98.7%~98.8%,与疫苗株相比共发生了13处氨基酸位点变异,其中位于E区的E78G变异发生在抗原决定簇,且未发生糖基化位点改变,10—11月5株H3N2分离株的HA基因与2019—2020年疫苗株核苷酸序列同源性为96.5%~96.8%,与疫苗株相比共发生了24个氨基酸位点变化,其中有6个发生在受体结合位点和抗原决定簇,分别为N137K、A144T、K160S、N187K、E78G、S153F,同时出现糖基化位点的增加或消失现象。结论 2019年上半年西安市H3N2流行株与WHO推荐2018—2019年疫苗株相比变异较少,下半年H3N2流行株与WHO推荐的2019—2020疫苗株匹配度程度降低,发生了抗原漂移现象,应加强流感病毒的分子变异监测。

西安市EV71疫苗接种前健康人群IgG抗体水平调查

目的调查西安市2016年健康人群血清中EV71的IgG抗体水平,掌握EV71疫苗接种前人群的易感性、免疫水平的变化规律和EV71感染情况。方法采用分层随机抽样,按照地理位置分为城区和郊县两层,抽取西安市2个区县7个年龄组的健康人群,收集人口社会学资料,采集健康人群血液标本,酶联免疫吸附实验(ELISA)检测血清中EV71 IgG的抗体水平,采用χ^(2)检验比较阳性率。结果 485名健康人群中,EV71 IgG抗体阳性265例,EV71疫苗接种前西安市健康人群EV71 IgG抗体阳性率为54.64%。不同年龄段人群EV71 IgG抗体阳性率在38.00%(<0.5岁)到64.06%(≥25岁)之间(P<0.01)。244名男性中123名EV71 IgG抗体阳性,阳性率为50.41%,241名女性中142名EV71 IgG抗体阳性,阳性率为58.92%,差异无统计学意义(P>0.05)。294例城区人群176例EV71 IgG抗体阳性,阳性率为59.86%,191例郊县人群89例EV71 IgG抗体阳性,阳性率为46.60%,差异有统计学意义(P<0.01)。结论健康人群EV71 IgG水平与年龄和地区有关,5岁以下儿童EV71 IgG抗体阳性率较低,是EV71的易感人群,应加强儿童EV71疫苗的接种。

2016—2020年西安市手足口病中柯萨奇病毒A组6型感染的流行特征

目的了解2016—2020年西安市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)中柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6,CV-A6)的流行病学特征,为HFMD防控提供科学依据。方法Real-time RT-PCR方法检测肠道病毒(enterovirus,EV),从传染病报告信息管理系统中获取病例的个案资料,采用描述性流行病学方法分析CV-A6感染HFMD的流行特征,Excel 2007和SPSS 18.0软件进行统计学分析。结果2016—2020年在4034例HFMD病例中,肠道病毒A组71型(enterovirus group A type 71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus group A type 16,CV-A16)和其他EV的检出率分别为17.85%(720/4034)、23.92%(965/4034)和47.79%(1928/4034)。随机抽取2571例HFMD病例,其中其他EV阳性1268例,CV-A6在HFMD病例中的检出率为34.73%(893/2571),CV-A6在其他EV阳性病例中的构成比为70.43%(893/1268)。CV-A6感染HFMD的男女性别比为1.47∶1,≤5岁患儿占到所有病例的95.18%,发病高峰集中在4~6月份。CV-A6感染HFMD与EV-A71和CV-A16感染HFMD相比较,在临床分型上差异有统计学意义(χ^(2)=139.55,P<0.001),在年龄(F=2.74,P=0.065)和性别比(χ^(2)=2.43,P=0.297)上差异没有统计学意义。结论2016—2020年西安市HFMD的优势病原是其他EV,其中CV-A6在其他EV阳性病例中的检出率最高,应开展HFMD多种病原检测,加强CV-A6感染HFMD的防控。

成簇规律间隔短回文重复序列及其与细菌耐药的研究进展

成簇规律间隔短回文重复序列（cRISPR）与细菌横向基因转移密切相关，能够识别和处理噬菌体、质粒等外源遗传物质，并防御基因水平转移。CRISPR发现于大肠埃希菌基因组中，接着在其他原核生物中也发现了类似结构，2002年Jansen等将此类基因序列命名为CRISPR。

145例新型冠状病毒肺炎病例流行特征分析

目的对西安市新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎,COVID-19)疫情流行特征进行分析,为更好地防控疫情提供参考。方法采用描述性流行病学方法对疫情应急处置期间病例的现场流行病学调查资料进行分析。结果截至7月25日全市共报告COVID-19病例145例,含确诊病例120例,无症状感染者25例;湖北输入病例42例,其他省市输入病例8例,本地继发病例84例,感染来源不明确者11例;27起聚集性疫情涉及病例116例;死亡3例。输入病例和本地继发病例分别于1月23日-29日和1月26日-2月4日出现发病高峰,分别为27例和44例;未央区、莲湖区、新城区和雁塔区报告病例数居全市前四位,共占54.48%(79/145);45~54岁者占全部病例22.76%(33/145)。病例从发病到首诊,发病到隔离,首诊到隔离,发病到确诊,首诊到确诊和隔离到确诊的时间依次为1.33(0.17,3.67)d,3.04(0.59,5.18)d,0.04(0.02,2.00)d,5.50(2.56,9.50)d,3.17(1.56,5.84)d和1.63(1.32,3.35)d。结论聚集性发病是西安市COVID-19疫情最重要的流行特征。应急响应后西安市医疗系统接诊后的处置和诊断迅速有力,全市今后的防控重心是防止境外病例输入。