乳腺癌新辅助化疗疗效的基因表达谱分析

目的分析乳腺癌新辅助化疗前活检组织的基因表达谱数据,筛选与T/FAC(多西他赛、氟尿嘧啶、多柔比星和环磷酰胺)或T/FEC(多西他赛、氟尿嘧啶、表柔比星和环磷酰胺)新辅助化疗方案治疗有效性显著相关的基因。方法从国际上已发表的相关文献中检索并获取乳腺癌基因表达谱数据,按照统一的新辅助化疗方式进行数据筛选,最终保留4个符合要求的数据集,共844个样本。其中样本按照化疗效果分为病理完全缓解(p CR)和残留浸润性癌(RD)两类。分析两组样本差异表达的基因,探讨其表达水平的变化与化疗疗效的相关性。结果通过分析,我们分别在4个数据集中找出显著差异的基因(校正P<0.05),按照表达水平的高低,分为p CR组相比RD组高表达的基因和低表达的基因两组。最后,将4个数据的结果整合,得到在4个数据集中同时高表达或低表达的基因,分别为34和42个。基于交集的差异表达基因,对样本进行无监督聚类,发现p CR和RD两组倾向性地分别富集在两类(一致性检验,P<0.05)。结论分析得到的76个差异表达基因与乳腺癌新辅助化疗疗效有关,可能成为新的化疗疗效预测标志物。

基底样乳腺癌预后标志物的基因表达谱分析

目的分析基底样乳腺癌(BLBC)术后组织样本的基因表达谱数据,筛选与预后相关的基因。方法从国际基因表达谱数据库GEO和EGA中检索并获取乳腺癌基因表达谱数据,按照PAM50分型得到BLBC样本,保留记录有生存信息且BLBC样本数量>20个的数据集,最终保留了4个数据集,共447个BLBC样本。采用Lipták's weighted meta-z检验分析基因与生存时间的关系,并对预后相关基因进行功能注释。结果通过分析,所得238个基因与BLBC预后好有关,62个基因与BLBC预后差有关(|meta Z score|<3.09,P<0.01)。基因功能注释发现,预后好相关基因显著富集在免疫应答功能,而预后差相关基因没有显著富集的基因功能。结论分析得到的238个基因和62个基因分别与BLBC的预后好和预后差有关,可能成为BLBC新的预后标志物。