Kabuki综合征临床表型和KMT2D、KDM6A基因突变分析

分析不同基因导致的Kabuki综合征患儿的临床表型和变异情况。方法 对在本院收治就诊的发育迟缓患者进行全外显子高通量测序并进行变异分析。结果 女性患儿均表现为特殊面容、智力发育障碍有异常脑电图和髋关节脱位的表现,经全外显子测序并经一代验证后检出为KMT2D基因NM_003482.4新发无义杂合突变:c.8488C>T(p.Arg2830Ter)。结论 通过Kabuki综合征的研究分析可以提高对该疾病的认识。

中国人群MYO15A基因同义突变引起剪接异常导致的非综合征型耳聋分析

目的对一个遗传性非综合征型耳聋家系的临床特征进行分析并鉴定其致聋基因突变,同时在大规模耳聋人群队列中对鉴定出的致病性突变致中国人群耳聋的特征进行分析。方法完善家系成员的问卷调查、听力学检查、体格检查等临床检查,同时采集血液样本,通过耳聋相关基因的大规模平行测序(MPS)和生物信息学分析进行致病基因鉴定。总结及分析鉴定出的致病性突变在中国耳聋基因研究战略联盟(CDGC)耳聋数据库中的检出情况。结果在一个早发性极重度感音神经性耳聋家系中鉴定出MYO15A基因NM_016239.4:c.8182C>G(p.Arg2728Gly)/c.9861C>T(p.Gly3287=)复合杂合突变,为该家系耳聋患者的致聋原因。其中MYO15A基因c.9861C>T(p.Gly3287=)同义突变通过改变剪接导致基因功能缺陷,其在中国广西壮族人群中次要等位基因频率为0.2%(3/1438),在其他人群及公共数据库中均未检出。结论研究确定了MYO15A基因c.9861C>T(p.Gly3287=)在中国非综合征型耳聋患者中的致病性,该突变在中国广西壮族自治区富集明显。通过研究强调了在致病基因鉴定时,高频与同义突变并非过滤的绝对指标,尤其是在某些地区富集格外明显的突变,应格外注意。

由KMT2D新发移码变异引起的胚胎停育

探讨1例由KMT2D基因移码变异所致的Kabuki综合征1型产前基因型与表型的对应关系。方法 采用全外显子测序对胎停产前组织进行检测,并应用Sanger测序对可疑变异位点进行验证。将样本和对照经过RNA测序之后,进行了基因差异表达分析和通路富集分析等。结果 家系全外显子测序发现流产物KMT2D(NM_003482.3)基因发生新发移码变异,变异位点为c.7710delC(p.P2570fs),父母均未检出该变异。该变异在既往文献和数据库中未见报道。 Sanger测序进一步证实了该变异,此外CNV-seq未检测到致病或可能致病性拷贝数变异。通过与既往报道的Kabuki综合征1型产前临床表型进行比较,发现胚胎停育、流产、死胎等产前表型未有相关报道。结论 本研究的病例首次尝试报道了KMT2D和胚胎停育之间的联系。本例流产物检出的新变异扩展了KMT2D基因变异谱,也丰富了 Kabuki综合征1型产前临床表型谱,为不良孕产史夫妇的遗传咨询提供了依据。

基于DNA分子的现代人起源研究35年回顾与展望

1983年,有学者首次发表现代人线粒体DNA进化树,认为现代人可能起源自亚洲。1987年,又有学者按照分子钟假说得到线粒体在10-20万年前出自非洲的推论。随后,以分子钟为前提的Y染色体和常染色体DNA研究也支持了出非洲的结论,该结论逐渐成为分子进化领域的主流理论。2010年,对尼安德特人常染色体基因组的研究指出其对现代人有遗传贡献,这颠覆了人们先前关于现代人只来源自非洲,其他大洲的当地古人被完全取代的认知。目前,单地区起源说已经被修正为同化说。尽管学界对非洲人遗传多样性最高这一现象有共识,但是对该现象的不同解读却可以得出两种迥然不同的结果,现代人出亚洲说和出非洲说。大量研究证实基因组的大部分序列是有功能的,并处在遗传变异水平的饱和态,这质疑了中性理论以及由它推导的现代人出非洲说的合理性,而中性理论的提出恰恰是用来解释并非普遍存在的分子钟的。近年来已经有研究者从新理论的角度解读遗传多样性的饱和态和线性态,人们对现代人起源的认识将会进一步加深完善。

1个脆性X综合征家系的FMR1基因CGG重复及甲基化状态分析

目的应用PCR微流控芯片毛细管电泳联合MS-MLPA技术对1个脆性X综合征家系进行CGG重复序列和甲基化状态分析,探讨FMR1基因甲基化程度和临床表型的关系。方法应用PCR微流控芯片毛细管电泳法对该家系22个成员进行FMR1基因CGG重复数检测,采用甲基化特异性多重连接依赖探针扩增(MS-MLPA)技术检测FMR1基因启动子区域CpG岛的甲基化情况,并用Southern印迹杂交技术对全突变患者进行验证。结果22个家系成员中检出前突变携带者8例,全突变女性携带者1例,脆性X综合征男性患者4例。MS-MLPA分析发现女性正常型和前突变携带者的甲基化比值分别为0.25~0.48(中位数0.33)和0.33~0.46(中位数0.38),两组间差异无统计学意义(t=0.095,P>0.05),1例女性全突变携带者甲基化比值为0.52,高于正常型和前突变携带者,4例男性全突变患者甲基化比值均>0.64,中度智力障碍组和重度智力障碍组之间甲基化比值差异无统计学意义(t=0.58,P>0.05)。结论CGG重复数检测和甲基化分析可为脆性X综合征家系成员提供准确全面的分子诊断;男性患者临床表型和甲基化程度相关。

Klinefelter综合征在18318例羊水染色体产前诊断中的检出情况及临床特点

目的了解Klinefelter综合征在羊水染色体产前诊断中的检出情况及其临床特点。方法收集18318例行羊水染色体核型分析孕妇的检测结果及其产前筛查、产前诊断的结果,并追踪其妊娠结局。结果在18318例羊水产前诊断样本中检出Klinefelter综合征34例(检出率为1.86‰),其中47,XXY 30例、嵌合体型3例、48,XXYY 1例。34例Klinefelter综合征中,28例选择引产,6例继续妊娠;仅2例产前超声存在异常;15例接受无创产前检测(NIPT),均提示性染色体异常;25例采用分子诊断学多重连接探针扩增技术(MLPA)或基因组拷贝数变异测序的方法验证,其中24例与染色体核型分析一致。结论Klinefelter综合征在产前诊断中检出率不高,以典型的47,XXY为最常见的核型。部分Klinefelter综合征患者在胎儿期表现正常,而在出生后才表现异常的临床表征。NIPT或可作为Klinefelter综合征的产前筛查的有效手段,而染色体核型分析结合MLPA等分子诊断学技术可更准确地检出Klinefelter综合征。

早孕期流产胚胎组织MLPA检测结果及与年龄和孕周的关系分析

目的应用多重连接依赖式探针扩增技术(MLPA)检测流产胚胎染色体非整倍体畸变,并结合孕妇年龄、孕周等帮助流产患者分析流产的遗传学病因,为遗传咨询提供依据。方法收集早孕期流产孕妇的绒毛组织样本,提取基因组DNA,应用MLPA(P036、P070)两个试剂盒探针进行染色体非整倍体畸变检测,结合孕妇年龄、孕周指标等进行统计分析。结果本次研究共收集774例样本,检测成功率为98.97%(766/774),异常检出率52.09%(399/774),其中染色体非整倍体畸变50.26%,核型为47,XN,+16最多见,其次为47,XN,+22和45,XO,同时可检测出染色体单体、染色体双三体、嵌合体、染色体部分缺失/重复等多种染色体异常。孕妇在小于20岁和大于35岁年龄段中流产率较高(P<0.05)。孕周小于12周流产胚胎中染色体异常检出率明显高于≥12周的染色体异常检出率(P<0.05)。结论染色体畸变是早期流产最常见的遗传学病因,染色体畸变类型较多,非整倍体最常见,孕妇在低年龄段和高龄段,妊娠早期染色体畸变率较高。

微阵列芯片法在地中海贫血患者基因突变检测中应用的研究

目的:应用微阵列芯片技术对血液学表型分析阳性的患者干血斑进行地中海贫血基因检测,评价其在临床检测中的价值。方法:对410例患者的干血斑样本进行DNA提取,采用微阵列芯片技术对中国人常见的3种缺失型及3种非缺失型α-地中海贫血、19种β-地中海贫血点突变进行基因检测。结果:410例样本中,共检出阳性357例,总阳性率为87.07%。单纯α-地中海贫血基因缺失和点突变的样本有299例,占72.93%(299/410),其中177例为-SEA杂合缺失突变,占59.20%,60例为α^(CS)杂合突变,占20.07%;单纯β-地中海贫血基因突变的有29例,占7.07%(29/410),其中10例为βCD41-42杂合突变,占34.48%,9例为β^(CD17)杂合突变,占31.03%;αβ-复合地中海贫血共29例,占7.07%(29/410),其中7例为--SEA/αα复合β^(CD17)/β^(N),占24.14%,α^(CS)α/αα+βCD41-42/β^(N)和-α4.2/αα+β^(CD17)/β^(N)各3例,占10.34%。结论:广西柳州地区α、β地中海贫血基因主要突变类型分别为-SEA/αα、βCD41-42/β^(N),微阵列芯片技术可同时检测α和β地贫,具有高通量的优点。

180例不明原因智力障碍儿童的脆性X综合征检出情况

目的通过检测脆性X智力低下1(FMR1)基因突变情况,分析不明原因智力障碍儿童的脆性X综合征(FXS)检出情况。方法纳入180例不明原因智力障碍儿童,采用PCR微流控毛细管电泳技术对其及部分FMR1基因突变患儿家系成员进行FMR1基因突变分析,并采用Southern印迹杂交法进行验证。结果在180例智力障碍儿童中,共检出FMR1基因全突变型4例、中间型1例、正常型175例,FXS的检出率为2.22%(4/180);正常型最常见的CGG重复次数是28次和29次。4例全突变型病例中,家系1先证者CGG重复数为190/248/370次,母亲为25次和134次,妹妹为39次和148/218/554次,姨妈为29次和29次;家系2先证者CGG重复次数为859次;家系3先证者CGG重复次数为529次,母亲为31次和76次,姐姐为29次和130次;家系4先证者CGG重复次数为525次。4例FMR1基因全突变型病例样本经Southern印迹杂交法验证,结果都显示有>5.8 kb条带(全突变条带),两种方法基因分型结果完全一致。结论在不明原因智力障碍儿童中存在一定比例的FXS患儿。PCR微流控毛细管电泳技术高效、快速,适合用于智力障碍人群FXS大规模筛查,有助于避免该病患儿的出生。

Usher综合征Ⅰ型家系的MYO7A基因变异分析

目的分析一个Usher综合征I型家系的MYO7A基因变异情况,并分析其临床表型与基因型关系。方法对先证者及家系成员进行病史采集、全身体格检查。收集先证者及家系成员的外周血,提取基因组DNA,使用高通量测序技术对先证者、其弟弟及父母进行基因检测,应用Sanger测序对疑似致病变异进行家系验证。结果先证者临床诊断为极重度感音神经性耳聋和视网膜色素变性,其弟弟为耳聋患儿,无视网膜病变,父母及姐妹表型正常。高通量测序及Sanger测序结果显示,先证者携带MYO7A c.3631-1G>C和c.6049C>T(p.Q2017*)复合杂合变异,其弟弟携带相同的变异位点。先证者父亲、姐姐及妹妹均携带c.3631-1G>C杂合剪接变异,母亲携带c.6049C>T杂合无义变异。氨基酸功能影响预测提示,两种变异均为致病性变异。结论发现了一个新的MYO7A基因变异c.3631-1G>C,丰富了MYO7A基因变异谱,为Usher综合征的遗传咨询提供依据。

CREBBP基因突变致Rubinstein-Taybi综合征1例

目的研究Rubinstein-Taybi综合征(RSTS)的临床表现及遗传学特征。方法回顾分析1例经基因检测最终确诊为RSTS患儿的临床资料并复习相关文献。结果患儿女,1月婴儿,具有头发浓密,额部、颈部毛细血管畸形、双眼异常(外观:弓拱形浓眉,眼距增宽,内眦赘皮,外下斜眼裂;眼部见视盘缺失,视神经囊状增粗)、拇指(趾)宽大畸形等疑似RSTS临床症状,经全外显子基因测序显示CREBBP(NM_004380)基因存在c.4735C>T杂合突变,为无义变异,该突变经ACMG评定为致病,且该突变尚未见报道。结论RSTS主要表现为特殊面部畸形、肢端宽大畸形等,易合并眼部视网膜功能障碍等并发症,且患肿瘤风险性增加等,CREBBP和EP300基因为常见致病基因,可借助外显子基因测序协助诊断。

遗传等距离现象:分子钟和中性理论的误读及其近半世纪后的重新解谜

1963年,Margoliash在比对不同物种细胞色素C序列后,发现了出乎意料的遗传等距离结果,这与几乎同时间Zuckerkandl和Pauling的血红蛋白发现是同一现实的不同反映.一个就事论事的分子钟假说因而被提出,并长期被某些学者认为是真实的自然现象,导致Kimura提出中性理论来解释分子钟.多年的研究发现了无数矛盾,分子钟仅有有限的局部存在.但被忽略的是,分子钟的瓦解自然使遗传等距离成为未解之谜.近年来,本实验室偶然重新发现了这一至今还几乎无人知晓、并未被充分重视的现象.通过整合现有理论的正确内容,并引入最大遗传变异极限这一原创概念,提出了一个更全面的遗传进化学说,重新解读了遗传等距离及其他主要进化现象.该假说将改写物种亲缘关系树及群体遗传学,并解决一些现有理论给不出线索的生物医学难题.

新生儿PURA综合征1例报告

目的探究PURA基因变异导致新生儿PURA综合征的临床特点及发病机制。方法回顾性分析1例足月新生儿PURA综合征的临床表现、诊疗经过和遗传学检测结果,并复习文献,通过采集患儿及父母的外周血提取DNA进行三人家系全外显子测序,并对三人进行了Sanger验证。结果该新生儿以肌张力降低、喂养困难、反复肺部感染、离氧困难为主要特征,随访6个月后,肌张力仍偏低。家系增强全外显子组遗传疾病检测报告:PURA基因存在1个杂合致病变异:PURA(NM_005859.5):c.700del(p.Asp234MetfsTer13),该新发移码突变经过ACMG评级之后认为是“致病性”。结论患儿因PURA基因突变导致PURA综合征,本研究为同类患儿的诊断和家庭的健康生育提供了临床依据。

抗核抗体对体外受精-胚胎移植结局的影响研究

目的探讨血清中抗核抗体对体外受精-胚胎移植结局的影响及抗核抗体的表达与体外受精-胚胎移植的结局的关系,为体外受精-胚胎移植结局的分析提供科学依据。方法采用多重微球流式免疫荧光技术对200例反复种植失败的患者,检测其血清中总抗核抗体及抗核抗体中抗SSA、抗SSB、抗Sm、抗RNP、抗Scl-70、抗Jo-1、抗CentromereB、抗Histone、抗ds DNA的IgG抗体检测的含量,检出抗核抗体阳性组41例,阴性组159例,比较两组体外受精-胚胎移植后的促排卵和胚胎发育情况。结果两组患者的窦卵泡数、基础内分泌、绒毛膜促性腺激素(HCG)日内分泌、HCG日内膜厚度、成熟卵、总胚胎数和受精率差异均无统计学意义,优胚数、优胚率及流产率两组比较差异有统计学意义。结论抗核抗体(ANA)阳性可能影响体外受精-胚胎移植后的结局,主要表现为患者的优胚数和优胚率会降低,流产率增高,检测其水平将有助于分析其病因并给予恰当的治疗。

PDHA1基因新发变异致丙酮酸脱氢酶E1-α亚单位缺陷女性患儿遗传学分析

目的对1例临床拟诊丙酮酸脱氢酶E1-α亚单位缺乏症(PHD)患儿及家系成员进行临床及基因突变分析,为早期诊断及遗传咨询提供依据。方法对就诊于柳州市妇幼保健院的1例PHD患儿的临床特点及基因检测进行回顾分析。以“丙酮酸脱氢酶复合物”“丙酮酸脱氢酶复合物缺乏症”“PDHA1基因”“Pyruvate dehydrogenase complex”“Pyruvate dehydrogenase complex deficiency”“PDHA1”为关键词查阅在线人类孟德尔遗传数据库、PubMed数据库、中国知网及万方数据库从建库至2020年6月相关文献,对中国人PHD病例进行汇总分析。结果先证者女性,以运动发育落后为主要临床表现,实验室检查血乳酸5.62 mmol/L(参考值0.5~2.2 mmol/L),丙酮酸430μmol/L(参考值30~100μmol/L),血氨66μmol/L(参考值0~54μmol/L),头颅MRI检查提示双侧基底节区异常信号,伴脑萎缩、脑室增宽,符合Leigh综合征影像学改变。患儿PDHA1基因检出未报道变异位点c.508C>T(p.R170X),变异位点导致蛋白质合成提前终止,经致病性预测分析软件及ACMG变异分类为1类致病变异,父母双方未检测到相应的变异位点。共检索到中国人PHD病例15例,相关文献18篇,包括本次报道1例共16例,其中男性14例,女性2例。多数患者以神经肌肉系统疾病为首发症状,实验室检查提示乳酸、丙酮酸增高,影像学检查可见基底节区信号改变。中国人PDHA1基因检测共发现14种变异类型,以R378C和R126C突变为主。结论通过临床表现结合PDHA1基因诊断确诊1例丙酮酸脱氢酶E1-α亚单位缺乏症女性患儿,新变异位点的发现丰富了PDHA1基因突变谱。

四例异戊酸血症患儿的IVD基因变异分析

目的:对4例临床拟诊为异戊酸血症(isovaleric acidemia,IVA)的患儿进行IVD基因变异分析。方法:应用串联质谱技术对111986例新生儿以及7461例疑似遗传代谢病的住院患儿进行酰基肉碱筛查,对血异戊酰肉碱(C5)水平显著升高者进行尿有机酸分析及IVD基因变异检测。结果:共检出IVA患儿4例,包括2例经新生儿筛查发现的无症状患儿(0.018‰,2/111986)以及2例住院患儿(0.268‰,2/7461),后者表现为汗脚样气味、喂养困难、神志不清、嗜睡、昏迷、高血氨、高血糖、血细胞三系降低以及代谢性酸中毒等。4例患儿的酰基肉碱筛查提示C5、C5/乙酰基肉碱(C2)显著升高,尿有机酸分析提示尿异戊酰甘氨酸及3-羟基异戊酸升高。共检出8个IVD基因变异,共5种类型,分别为c.158G>A(p.Arg53His)、c.214G>A(p.Asp72Asn)、c.548C>T(p.Ala183Val)、c.757A>G(p.Thr253Ala)和c.1208A>G(p.Tyr403Cys),其中c.548C>T、c.757A>G既往未见报道。2095例正常新生儿的高通量测序未检出上述两种变异位点,根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南评级为可能致病。结论:本地区IVA的患病率偏高。对代谢异常的新生儿建议进行常规遗传代谢病筛查。上述发现丰富了IVD基因的变异谱。

14例眼皮肤白化病Ⅱ型患者P基因变异分析

目的对14例临床拟诊眼皮肤白化病(oculocutaneous albinism,OCA)患者及核心家系TYR及P基因进行变异分析,为家系的遗传咨询及产前诊断提供依据.方法应用直接测序的方法对患者及家系成员进行TYR及P基因变异检测,寻找可能的致病变异位点,对新发现的变异采用SIFT及PolyPhen-2生物信息学软件进行蛋白功能预测.结果测序结果显示TYR基因筛查均未检出变异,P基因共检出了9种变异类型,26个变异位点,分别为c.803-3C>G(7/26)、c.1327G>A(p.Val443Ile)(5/26)、c.632C>T(p.Pr0211Leu)(4/26)、c.1832T>C(p.Leu611Pro)(3/26)、c.1349C>A(p.Thr450Lys)(2/26)、c.2363C>T(p.Ser788Leu)(2/26)、c.2228C>T(p.Pr0743Leu)(1/26)、c.1525A>G(p.Thr509Ala)(1/26)、c.1349C>T(p.Thr450Met)(1/26),其中2个家系只检出1个杂合位点.c.2363C>T(p.Ser788Leu)、c.1832T>C(p.Leu611Pro)、c.1525A>G(p.Thr509Ala)3个变异位点未见报道,蛋白功能预测均为有害变异.结论本地区眼皮肤白化病以Ⅱ型为主,P基因以c.803-3C>G和c.1327G>A(p.Va1443Ile)变异最为常见,新变异的发现丰富了P基因的变异谱.

新发9号染色体异常患儿的临床和细胞遗传学研究

分析9号染色体短臂缺失或重复患儿的临床表型及其与染色体核型的关系。患者,女,6个月,因运动发育迟缓就诊,染色体核型分析确定为9号染色体短臂异常,高通量测序分析发现存在9p24.3-9p23区域缺失和9p23-9p13.1区域重复,其父母染色体核型分析正常。核型分析结合高通量测序对于提高运动发育落后或多发先天畸形和智力落后患者的病因诊断效率具有重要意义。

一个婴儿神经轴索营养不良家系的基因变异分析

目的对1个临床拟诊婴儿神经轴索营养不良(infantile neuroaxonal dystrophy,INAD)家系的患儿及父母进行基因变异分析,明确其致病原因为遗传咨询及产前诊断提供依据。方法应用高通量测序方法对患儿相关致病基因进行初步筛查,再通过直接测序对患儿及父母可疑致病基因进行验证,寻找可能的致病突变位点,采用SIFT及PolyPhen-2生物信息学软件对变异位点进行致病性预测。结果高通量测序筛查显示患儿PLA2G6基因第5和第16外显子存在可疑致病突变;Sanger测序结果显示患儿PLA2G6基因第5外显子c.668C>A(p.Pro223Gln)和第16外显子c.2266C>T(p.Gln756Ter)复合杂合变异,父亲携带c.668C>A杂合变异,母亲携带c.2266C>T杂合变异。c.668C>A变异导致PLA2G6基因编码的第223位脯氨酸被谷氨酰胺替代,为已报道的致病变异;c.2266C>T变异导致编译第756位谷氨酰胺的密码子变为终止密码,使肽链合成提前终止,该变异尚未见文献报道,蛋白功能预测为有害变异;患儿的复合杂合变异分别来自父母。结论PLA2G6基因第5外显子c.668C>A(p.Pro223Gln)和第16外显子c.2266C>T(p.Gln756Ter)变异可能是患儿的致病原因,新变异的发现丰富了PLA2G6基因变异谱。

一个原发性肉碱缺乏症家系的基因突变分析及产前诊断

目的分析1例原发性肉碱缺乏症(primary carnitine deficiency,PCD)患儿及其父母SLC22A5基因的突变类型,为其家系成员提供遗传咨询及产前诊断。方法采集患儿和父母的外周血样,提取基因组DNA,用PCR及Sanger测序对SLC22A5基因10个外显子的编码区及剪接区进行检测。患儿母亲于孕中期抽取羊水,分离羊水细胞进行SLC22A5基因的突变分析。结果患儿,男,10天,新生儿疾病筛查血液酯酰肉碱谱分析示游离肉碱偏低,尿有机酸分析未见异常,患儿母亲血游离肉碱谱筛查未见异常,高度怀疑原发性肉碱缺乏症。Sanger测序发现患儿SLC22A5基因存在已知致病突变c.1195C>T(p.Arg399Try)和未报道的变异c.517delC(p.Leu173Cysfs*3),父母双方均为携带者。其母第3胎羊水细胞SLC22A5基因未检出上述变异。胎儿出生后血液酰基肉碱谱正常,发育正常。结论通过家系SLC22A5基因分析,成功对下一胎进行了产前诊断。新突变的发现丰富了SLC22A5基因的突变谱。