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基于生物信息学分析核糖体蛋白S7与乳腺癌预后和免疫浸润的关系
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作者 方倩倩 沈国双 +5 位作者 解琪琪 赵福星 任登峰 刘震 王淼舟 赵久达 《中国高原医学与生物学杂志》 CAS 2023年第2期132-144,共13页
目的基于生物信息学分析核糖体蛋白S7(RPS7)与乳腺癌预后和免疫浸润的关系。方法从TCGA数据库获取乳腺癌表达谱数据及相关临床数据,然后使用TCGA、UALCAN、HPA、STRING、TIMER数据库和Kaplan-Meier法分析RPS7与乳腺癌预后和免疫浸润的... 目的基于生物信息学分析核糖体蛋白S7(RPS7)与乳腺癌预后和免疫浸润的关系。方法从TCGA数据库获取乳腺癌表达谱数据及相关临床数据,然后使用TCGA、UALCAN、HPA、STRING、TIMER数据库和Kaplan-Meier法分析RPS7与乳腺癌预后和免疫浸润的关系。结果RPS7在乳腺癌中低表达,并与年龄和雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)状态、孕激素受体(Progesterone Receptor,PR)状态及PAM50显著相关。RPS7高表达的患者与预后不良显著相关。通过功能富集分析表明,RPS7的生物学功能主要富集在角质化作用方面,分子功能主要富集于肽链内切酶抑制剂活性方面。经KEGG分析发现,RPS7可能影响神经组织的交互作用和蛋白质的消化吸收途径。此外,RPS7表达与B细胞、树突状细胞、调节性T细胞、CD8+T细胞和T细胞的免疫浸润水平呈显著正相关。结论RPS7可能为一种新的与乳腺癌预后和免疫浸润相关的生物标志物。 展开更多
关键词 RPS7 乳腺癌 生物标记物 预后 免疫浸润 生物信息学
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宝石能谱CT在骨骼系统中的应用进展 被引量:11
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作者 解琪琪 史卫东 +6 位作者 李文洲 邓亚军 任恩惠 马靖琳 谢建琴 康学文 汪静 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2019年第10期1173-1176,共4页
宝石能谱CT是由传统CT转型而成的新型CT,球管可进行高、低能量X线瞬时切换,弥补了常规CT的缺点,有助于进一步区分不同组织成分。近年来能谱CT成像在骨质疏松程度的诊断,关节置换术后检查,痛风结石诊断与鉴别,骨髓瘤与骨转移瘤、骨岛的鉴... 宝石能谱CT是由传统CT转型而成的新型CT,球管可进行高、低能量X线瞬时切换,弥补了常规CT的缺点,有助于进一步区分不同组织成分。近年来能谱CT成像在骨质疏松程度的诊断,关节置换术后检查,痛风结石诊断与鉴别,骨髓瘤与骨转移瘤、骨岛的鉴别,骨损伤程度的诊断以及肌腱病变的诊断等方面的应用研究均取得了一定进展。虽然能谱CT成像对于骨密度的诊断尚无定论,有待进一步探究,但是从多方面综合评价,能谱CT成像对骨骼系统疾病的评估有巨大价值。本文将从以上几个方面对能谱CT在骨骼系统疾病中的应用进展进行综述。 展开更多
关键词 骨骼系统 能谱CT 骨密度 综述
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SNI大鼠模型诱发的早期病理性疼痛相关基因芯片数据的生物信息学分析 被引量:3
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作者 解琪琪 李文洲 +5 位作者 史卫东 邓亚军 任恩惠 马靖琳 康学文 汪静 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第5期384-389,共6页
为了探讨坐骨神经分支选择性结扎(spared nerve injury, SNI)诱发的神经病理性疼痛早期的基因表达和生物学过程的改变,为神经病理性疼痛分子机制的进一步研究提供生物信息学依据,从GEO数据库下载已有文献构建的SNI早期大鼠模型的基因芯... 为了探讨坐骨神经分支选择性结扎(spared nerve injury, SNI)诱发的神经病理性疼痛早期的基因表达和生物学过程的改变,为神经病理性疼痛分子机制的进一步研究提供生物信息学依据,从GEO数据库下载已有文献构建的SNI早期大鼠模型的基因芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因,并利用DAVID进行基因本体论(Gene Ontology, GO)及通路富集分析,然后通过STRING数据库分析蛋白质互作网络的中心节点蛋白质。应用生物信息学方法对SNI芯片数据重新进行挖掘,从基因水平探讨SNI模型大鼠诱发的早期神经病理性疼痛发生发展的分子机制,可为SNI诱发早期神经病理性疼痛的发生及维持期的分子机制研究提供参考和依据。分析结果显示细胞外基质和离子通道活性的改变对SNI诱发大鼠早期神经病理性疼痛的发生发展起着关键性的作用,表明细胞外基质受体交互通路和MAPK通路与SNI诱发大鼠早期神经病理性疼痛密切相关,相关的分子机制值得进一步深入研究。 展开更多
关键词 SNI大鼠模型 神经病理性疼痛 差异表达基因 生物信息学
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糖尿病对去势大鼠骨生物力学的影响 被引量:1
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作者 解琪琪 李文洲 +6 位作者 邓亚军 史卫东 任恩惠 马靖琳 潘云燕 康学文 汪静 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2018年第9期1099-1103,共5页
目的:探讨Ⅰ型糖尿病对去势大鼠骨组织的骨密度及生物力学参数的影响。方法:选取SPF级雌性3月龄SD大鼠40只,采用随机数字表法分成4组:假手术组(Sham组)、单纯去势组(A组)、糖尿病组(B组)、糖尿病合并去势组(C组),每组10只,A组进行双侧... 目的:探讨Ⅰ型糖尿病对去势大鼠骨组织的骨密度及生物力学参数的影响。方法:选取SPF级雌性3月龄SD大鼠40只,采用随机数字表法分成4组:假手术组(Sham组)、单纯去势组(A组)、糖尿病组(B组)、糖尿病合并去势组(C组),每组10只,A组进行双侧卵巢切除法制作骨质疏松大鼠模型,B组采用链脲佐菌素腹腔注射法制作糖尿病大鼠模型,C组进行手术摘除卵巢7 d后腹腔注射链脲佐菌素制作糖尿病合并去势大鼠模型,成模后继续饲养3个月,处死大鼠,收集腰椎及股骨依次行双能X线检查、生物力学检测。结果:A、B、C组较Sham组骨密度下降明显,差异具有统计学意义(P<0.05),其中C组各感兴趣部位下降最为明显,B组其次,A组下降相对不显著。A组下降部位以腰椎(全段、L_6、L_4、L_3)、整体股骨及其远心端和近心端较为明显,B组下降部位则是以腰椎(全段、L_3、L_2、L_1)及股骨的远心端和近心端明显,而C组各感兴趣区下降均显著,以腰椎(全段、L_1、L_2、L_3、L_4)及股骨远心端和近心端明显,L6则相对下降不显著。A、B、C组较Sham组在股骨三点弯曲实验、腰椎压缩实验所得生物力学等指标显著下降,且趋势与骨密度变化趋势一致,C组下降最为显著。结论:I型糖尿病加剧去势大鼠骨密度及生物力学指标的下降,但骨丢失敏感部位与单纯去势大鼠部位却不尽相同,去势大鼠以腰椎(全段、L_6)及股骨远心端、近心端为骨丢失的最敏感区域,单纯I型糖尿病大鼠则则以腰椎(全段、L_3、L_2、L_1)及股骨的远心端和近心端为骨丢失敏感区域,而I型糖尿病合并去势大鼠是腰椎(L_1、L_2、L_3、L_4、全段)及股骨远心端和近心端为骨丢失敏感区域。 展开更多
关键词 I型糖尿病 去势大鼠 骨质疏松 骨密度 生物力学
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经皮椎体成形术结合补肾壮骨汤治疗骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的Meta分析 被引量:25
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作者 史卫东 邓亚军 +4 位作者 解琪琪 李文洲 谢建琴 康学文 汪静 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期351-357,361,共8页
目的系统评价经皮椎体成形术(PVP)结合补肾壮骨汤与单纯经皮椎体成形术(PVP)治疗骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的疗效与安全性,为骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的治疗提供更好的科学依据。方法计算机检索Pubmed、Embase、Cochrane图书馆、CNKI... 目的系统评价经皮椎体成形术(PVP)结合补肾壮骨汤与单纯经皮椎体成形术(PVP)治疗骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的疗效与安全性,为骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的治疗提供更好的科学依据。方法计算机检索Pubmed、Embase、Cochrane图书馆、CNKI、中国生物医学文献数据库(CBM)、万方医学网等数据库,人工检索Spine等期刊,收集比较经皮椎体成形术(PVP)结合补肾壮骨汤与单纯经皮椎体成形术(PVP)治疗骨质疏松性胸腰椎压缩骨折的临床随机对照试验,并评价纳入研究的方法学质量。使用Review Manager 5.3软件对数据进行Meta分析,观察指标包括术后椎体高度恢复情况、治疗有效率、Cobb角、骨密度(BMD)、VAS评分、Oswestry功能障碍指数(ODI)及新发骨折率。结果最终纳入9项随机对照试验(randomized controlled trial,RCT),共745例患者,其中PVP结合补肾壮骨汤组381例,单纯PVP组364例。Meta分析结果示,与单纯PVP组相比,PVP结合补肾壮骨汤组治疗有效率高[OR=5.11,95%CI(2.51~10.40),P<0.00001],骨密度(BMD)提高程度大[MD=0.09,95%CI(0.01~0.16),P=0.04],VAS评分低[MD=-1.03,95%CI(-1.51~-0.55),P<0.0001],Oswestry功能障碍指数(ODI)低[MD=-4.90,95%CI(-6.93~-2.86),P<0.00001],新发骨折率低[OR=0.10,95%CI(0.02~0.55),P=0.008],而两者在Cobb角改善[MD=-0.46,95%CI(-2.39~1.48),P=0.64]方面,差异无统计学意义。结论与单纯PVP相比,PVP结合补肾壮骨汤能明显提高骨密度及治疗有效率,有效降低VAS评分、Oswestry功能障碍指数及新发骨折率,进而显著提升患者的生活质量。 展开更多
关键词 骨质疏松 胸腰椎骨折 椎体成形术 补肾壮骨汤 META分析
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骨骼内分泌功能研究进展 被引量:7
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作者 李文洲 解琪琪 +5 位作者 史卫东 邓亚军 马玉靖 谢建琴 康学文 汪静 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第6期483-490,共8页
既往研究认为骨骼的主要功能包括:机械支持、保护重要器官、提供造血微环境、参与钙磷代谢。近年越来越多的证据表明,骨骼不仅是接受神经和体液调节的"惰性器官",而且是具有生物活性的"内分泌器官"。骨骼分泌的生... 既往研究认为骨骼的主要功能包括:机械支持、保护重要器官、提供造血微环境、参与钙磷代谢。近年越来越多的证据表明,骨骼不仅是接受神经和体液调节的"惰性器官",而且是具有生物活性的"内分泌器官"。骨骼分泌的生物活性物质,如骨调节蛋白、生长因子、脂肪因子、细胞因子、活性多肽和激素等,能通过自分泌、旁分泌的方式调节骨的代谢,也能以远距分泌的方式作用于胰腺、肝脏、肾脏、骨骼肌、大脑、睾丸等靶器官或组织,发挥相应的生物学作用。 展开更多
关键词 骨骼 内分泌 生长因子 骨调节蛋白 激素
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前路与后路减压治疗胸腰段骨折合并脊髓损伤疗效的Meta分析 被引量:13
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作者 任恩惠 邓亚军 +5 位作者 解琪琪 李文洲 史卫东 马靖琳 汪静 康学文 《中国骨伤》 CAS CSCD 2019年第3期269-277,共9页
目的:系统评价前路减压(anterior decompression)与后路减压(posterior decompression)治疗胸腰段骨折合并脊髓损伤的疗效与安全性,为胸腰段骨折合并脊髓损伤的疗效提供更好的科学依据。方法:检索并收集前路减压与后路减压治疗胸腰段骨... 目的:系统评价前路减压(anterior decompression)与后路减压(posterior decompression)治疗胸腰段骨折合并脊髓损伤的疗效与安全性,为胸腰段骨折合并脊髓损伤的疗效提供更好的科学依据。方法:检索并收集前路减压与后路减压治疗胸腰段骨折合并脊髓损伤的比较性研究。通过计算机检索下列数据库:Pubmed、Embase、Cochrane图书馆、CNKI、CBM、万方医学网。人工检索期刊Spine、European Spine Journal、The Journal of Bone and Joint Surgery。2名脊柱外科专业人员按照既定的纳入与排除标准,独立筛选文献,并对各纳入的研究进行质量评价。使用Review Manager5.3软件对数据进行Meta分析,观察指标包括手术时间、术中出血量、术后触觉评分、术后运动评分、术后伤椎高度、住院时间、神经功能恢复、治疗有效率及术后并发症。结果:最终纳入15项随机对照试验(randomized controlled trail,RCT),共1360例患者,其中前路减压术680例,后路减压术680例。Meta分析结果示,与后路减压组相比,前路减压组手术时间长[MD=80.09,95%CI(36.83,123.34),P=0.0003],术中出血量多[MD=225.21,95%CI(171.07,279.35),P<0.00001],住院时间长[MD=2.31,95%CI(0.32,4.31),P=0.02],术后触觉评分高[MD=13.39,95%CI(9.86,16.92),P<0.00001],术后运动评分高[MD=13.15,95%CI(7.02,19.29),P<0.0001],伤椎高度高[MD=1.36,95%CI(0.79,1.92),P<0.00001],而两者在治疗有效率[OR=1.14,95%CI(0.56,2.31),P=0.72]、神经功能恢复[OR=0.87,95%CI(0.57,1.33),P=0.52]方面,差异均无统计学意义。结论:前路减压与后路减压相比,手术时间长,术中出血量多,住院时间长,术后触觉评分高,术后运动评分高,伤椎高度高,但是两者在治疗有效率、神经功能恢复方面差异无统计学意义。 展开更多
关键词 胸腰段骨折 脊髓损伤 前路手术 后路手术 META分析
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能谱CT与DXA测量骨密度准确性的比较研究 被引量:8
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作者 邓亚军 韩蕾 +6 位作者 解琪琪 李文洲 史卫东 马靖林 潘云燕 康学文 汪静 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2019年第2期194-198,共5页
目的:以羊腰椎体骨煅烧后的灰重密度为标准,比较能谱CT与双能X线骨密度仪(DXA)测量椎体骨密度(BMD)的准确性,探讨能谱CT对BMD的测量价值。方法:选取36节新鲜市售羊腰椎椎体作为研究对象,清除椎体周围软组织及其附件后,分别采用能谱CT与... 目的:以羊腰椎体骨煅烧后的灰重密度为标准,比较能谱CT与双能X线骨密度仪(DXA)测量椎体骨密度(BMD)的准确性,探讨能谱CT对BMD的测量价值。方法:选取36节新鲜市售羊腰椎椎体作为研究对象,清除椎体周围软组织及其附件后,分别采用能谱CT与DXA测量BMD,然后煅烧椎体得到灰重密度。将两种方法测量所得BMD值与灰重密度值进行比较,同时分析两种方法测量所得BMD值与灰重密度值的相关性;最后将能谱CT测得BMD的偏离度与DXA测得体积BMD的偏离度进行比较。结果:能谱CT、DXA测得BMD值与灰重密度值差异有统计学意义(P<0.05);相关性分析可得,能谱CT与DXA测得BMD值与灰重密度值均有显著相关性(P<0.05),但能谱CT相关性更高;能谱CT测得BMD的偏离度(平均值为0.288)低于DXA测得BMD的偏离度(平均值为0.372)(P<0.05)。结论:能谱CT测量椎体BMD值更接近灰重密度值,准确性及相关性均优于DXA测量方法,能够更好、更精确地反映BMD变化。 展开更多
关键词 能谱CT 双能X线骨密度仪 骨密度 腰椎体 灰重密度
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3D打印技术在脊柱外科的应用进展 被引量:8
9
作者 邓亚军 解琪琪 +5 位作者 李文洲 史卫东 马靖琳 潘云燕 康学文 汪静 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2019年第3期360-363,共4页
3D打印又称增材制造,是一种可以将三维的数字模型通过金属粉末或塑料等可黏性材料打印为实物模型的快速成型技术。3D打印技术广泛应用于脊柱外科、头颈外科、整形外科等外科领域。本文对3D打印技术在脊柱外科疾病诊断、术中导航、内置... 3D打印又称增材制造,是一种可以将三维的数字模型通过金属粉末或塑料等可黏性材料打印为实物模型的快速成型技术。3D打印技术广泛应用于脊柱外科、头颈外科、整形外科等外科领域。本文对3D打印技术在脊柱外科疾病诊断、术中导航、内置物定制和支具制作、医患沟通及临床教学中的应用进展进行综述,分析其优点和不足,并对3D打印技术在脊柱外科的应用前景进行展望。 展开更多
关键词 3D打印 脊柱外科 快速成型 实物模型 综述
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miRNAs在破骨细胞中的研究进展 被引量:3
10
作者 邓亚军 解琪琪 +5 位作者 李文洲 史卫东 马靖琳 潘云燕 康学文 汪静 《生命科学研究》 CAS CSCD 2019年第1期54-58,共5页
破骨细胞起源于造血干细胞,是体内一种负责骨吸收的骨特异性多核细胞,在骨代谢平衡的调控中起着重要作用。破骨细胞的分化形成及功能活性异常可引起一系列临床疾病,而其分化形成过程受到多种因子的调控,近年来越来越多研究聚焦于miRNAs... 破骨细胞起源于造血干细胞,是体内一种负责骨吸收的骨特异性多核细胞,在骨代谢平衡的调控中起着重要作用。破骨细胞的分化形成及功能活性异常可引起一系列临床疾病,而其分化形成过程受到多种因子的调控,近年来越来越多研究聚焦于miRNAs对破骨细胞分化形成过程的调控作用。因此,本文主要对影响破骨细胞分化形成的相关miRNAs进行综述,为后续相关研究提供参考。 展开更多
关键词 破骨细胞 骨吸收 分化 MIRNAS
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脊髓损伤机制研究的生物信息学分析 被引量:2
11
作者 任恩惠 张广智 +7 位作者 贺学岗 高一诚 杨风光 杨亮 马占军 解琪琪 汪静 康学文 《生命科学研究》 CAS CSCD 2019年第6期452-461,共10页
用生物信息学方法筛选参与脊髓损伤(spinal cord injury, SCI)发展过程的关键分子和通路,可为脊髓损伤发展机制的研究提供指导。从GEO数据库下载基因芯片数据,并将数据集中的样本分为脊髓损伤组(SCI组)和正常组(normal组)。应用R语言处... 用生物信息学方法筛选参与脊髓损伤(spinal cord injury, SCI)发展过程的关键分子和通路,可为脊髓损伤发展机制的研究提供指导。从GEO数据库下载基因芯片数据,并将数据集中的样本分为脊髓损伤组(SCI组)和正常组(normal组)。应用R语言处理来自不同数据集样本间的批次效应,同时对基因芯片的表达数据进行标准化处理,并通过PCA分析监测标准化处理后数据的质量。应用R语言中的limma包分析标准化后的基因表达矩阵,以得到差异基因。将差异基因导入DAVID数据库进行GO (gene ontology)分析,并通过KEGG数据库进行通路分析。然后应用STRING数据库构建PPI网络,并通过Cytoscape中的cytoHubba插件分析得到10个hub基因。最后应用箱式图监测hub基因在不同样本中的表达,并用GeneCards数据库查询hub基因的功能。此外,为了补充差异基因筛选的不足,通过R语言对基因表达矩阵进行了GSEA (gene set enrichment analysis)分析。结果显示:TYROBP、ITGB2、PTPRC和FCER1G等基因在脊髓损伤发展过程中发挥重要的作用;细胞外基质的炎症反应、葡糖醛酸基转移酶活性的变化和星形胶质细胞的迁移等与脊髓损伤的发展机制关系密切;TNF信号通路、NF-κB信号通路和p53信号通路在脊髓损伤的发展机制中发挥重要的作用。这些关键的分子和通路在脊髓损伤中的作用值得我们进行更深入的探讨。 展开更多
关键词 脊髓损伤(SCI) 基因芯片 生物信息学 差异表达基因
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定量计算机断层扫描诊断骨质疏松症的相关文献可视化分析 被引量:2
12
作者 邓亚军 解琪琪 +5 位作者 李文洲 史卫东 马靖琳 潘云燕 康学文 汪静 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2018年第10期1139-1144,共6页
目的:分析定量计算机断层扫描(CT)诊断骨质疏松症的研究力量分布、研究热点及前沿趋势等。方法:以Web of Science核心合集数据库中1982~2018年发表的定量CT诊断骨质疏松症的论文为对象,借助图谱可视化软件Citespace进行分析,获得研究... 目的:分析定量计算机断层扫描(CT)诊断骨质疏松症的研究力量分布、研究热点及前沿趋势等。方法:以Web of Science核心合集数据库中1982~2018年发表的定量CT诊断骨质疏松症的论文为对象,借助图谱可视化软件Citespace进行分析,获得研究国家和核心作者的合作图谱、文献被引及聚类图谱、高频主题词的共现及词频变动趋势图谱等。结果:近年来定量CT诊断骨质疏松症研究呈现发展趋势,研究力量主要集中在美国、加拿大、德国、日本、比利时、澳大利亚等发达国家。研究学术群体可以分为八大类,涉及领域包括BONE DENSITY、TOMOGRAPHY X-RAY COMPUTED和OSTEOPOROSIS等。核心研究机构排名前三的分别为Department of Radiology、Department of Medicine和Institute of Medical Physics。结论:近年来,研究人员对定量CT诊断骨质疏松症的研究显著增多,定量CT在骨质疏松症诊断中的应用越来越受重视。 展开更多
关键词 骨质疏松症 定量CT 可视化 CITESPACE
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能谱CT定量参数与骨生物力学的相关性 被引量:4
13
作者 董强 解琪琪 +4 位作者 赵若辰 黄晓宇 李文洲 张祎年 潘亚文 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2018年第8期978-982,共5页
目的:采用能谱CT定量参数检测方法评估骨质疏松并探讨能谱CT定量参数与骨生物力学的相关性。方法:选取SPF级别雌性SD大鼠20只,采用随机数字表法分为2组:假手术组(A组)、单纯去势组(B组),每组10只。B组进行双侧卵巢切除法制作骨质疏松大... 目的:采用能谱CT定量参数检测方法评估骨质疏松并探讨能谱CT定量参数与骨生物力学的相关性。方法:选取SPF级别雌性SD大鼠20只,采用随机数字表法分为2组:假手术组(A组)、单纯去势组(B组),每组10只。B组进行双侧卵巢切除法制作骨质疏松大鼠模型,继续饲养3月,双能X线骨密度仪测定大鼠全身骨密度确定模型成功,然后能谱CT定量参数测完在体骨密度后处死大鼠,收集腰椎L4去除附件椎体,行腰椎压缩实验后灰化称量灰重,将能谱CT不同定量参数(羟基磷灰石-水基物质对、钙-水基物质对、铁-水基物质对、血-水基物质对)所得的骨密度值分别与灰重密度值、L4压缩试验所得生物力学值进行相关性分析。结果:能谱CT定量参数测得骨密度值与灰重密度值相关性分析可得,采用羟基磷灰石-水基物质对、钙-水基物质对相关性较强,且羟基磷灰石-水基物质对相关性最好,而铁-水基物质对、血-水基物质对相关性较差;能谱CT定量参数与生物力学相关性分析同样可得出在采用羟基磷灰石-水基物质对时弹性模量、最大载荷相关性最好。结论:能谱CT成像所得骨密度值与灰重密度值、骨生物力学变化趋势均一致。能谱CT成像在采用羟基磷灰石-水基物质对时,与灰重密度值相关性最好,同样也与骨生物力学相关性最好,是评价骨强度的最佳定量参数。 展开更多
关键词 能谱CT 灰重密度 骨生物力学 骨质疏松 相关性
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DXA检测糖尿病性骨质疏松大鼠骨密度的部位选择 被引量:1
14
作者 李文洲 解琪琪 +5 位作者 任恩惠 邓亚军 潘云燕 马靖琳 康学文 汪静 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2018年第7期843-848,共6页
目的:通过观察糖尿病性骨质疏松大鼠模型骨密度(BMD)下降部位随时间的变化规律,探讨双能X线BMD仪(DXA)检测糖尿病性骨质疏松大鼠BMD的最佳部位。方法:选取无特定病原体级雌性3月龄SD大鼠30只,采用数字表法随机分成对照组和Ⅰ型糖尿病(T1... 目的:通过观察糖尿病性骨质疏松大鼠模型骨密度(BMD)下降部位随时间的变化规律,探讨双能X线BMD仪(DXA)检测糖尿病性骨质疏松大鼠BMD的最佳部位。方法:选取无特定病原体级雌性3月龄SD大鼠30只,采用数字表法随机分成对照组和Ⅰ型糖尿病(T1DM)组,每组15只。对照组不做任何处理,T1DM组一次性腹腔注射链脲佐菌素50mg/kg,制作T1DM大鼠模型。应用DXA每月测定一次全身及局部感兴趣区BMD。3月末处死大鼠,测定离体腰椎、股骨等感兴趣区的BMD。结果:与对照组相比,T1DM组大鼠各腰椎和股骨各段的BMD随时间变化均有明显下降;与离体BMD相比,T1DM组大鼠腰椎L2-L5和股骨远心端的BMD最稳定,而腰椎L1、L6在体BMD和离体BMD相差较大。结论:腰椎的L2-L5和股骨远心端为DXA测量T1DM骨质疏松大鼠BMD的最佳部位。 展开更多
关键词 Ⅰ型糖尿病 骨质疏松 双能X线骨密度仪 骨密度
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类风湿关节炎基因表达谱芯片的生物信息学分析 被引量:4
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作者 袁文华 解琪琪 +3 位作者 刘正 沈伟 冯晓飞 周海宇(指导) 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第24期3003-3009,共7页
目的:探讨类风湿关节炎(RA)基因表达和生物学过程的改变,为RA分子机制的进一步研究提供生物信息学依据。方法:从GEO数据库下载已构建的RA患者滑膜样本的mRNA表达谱芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因(DEGs),并利用DAVID数... 目的:探讨类风湿关节炎(RA)基因表达和生物学过程的改变,为RA分子机制的进一步研究提供生物信息学依据。方法:从GEO数据库下载已构建的RA患者滑膜样本的mRNA表达谱芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因(DEGs),并利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)及通路富集分析(KEGG),然后通过STRING数据库、Cytoscape及其插件cytoHubba、NetworkAnalyzer分析蛋白质互作网络的中心节点蛋白质,寻找关键(Hub)基因。结果:通过对GSE1919、GSE55235、GSE554573个数据集整合取交集获得了58个DEGs;DEGs主要涉及免疫应答、趋化因子介导的信号通路、炎症反应及细胞表面受体信号通路等生物过程,介导趋化因子活性、抗原结合、免疫球蛋白受体结合等分子过程,主要富集于质膜外区域;KEGG分析结果显示DEGs主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路和Toll样受体信号通路等经典信号通路;筛选得到CCR2、CCR5、CCL5、PTPRC、CXCL9等10个Hub基因。结论:通过生物信息学方法分析所得Hub基因及信号通路可能是RA潜在的治疗靶点,本文为RA发病机制的进一步研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 分子机制 差异表达基因 基因芯片 生物信息学
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基于生物信息学方法分析甲酰肽受体1在胶质瘤中的表达及临床意义
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作者 董强 解琪琪 +3 位作者 胡建宏 王茂林 袁国强 潘亚文 《癌变.畸变.突变》 CAS CSCD 2018年第6期457-462,共6页
目的:分析胶质瘤与正常组织表达差异的基因,筛选和胶质瘤预后相关的关键基因。方法:通过下载GEO(Gene ExpressionOmnibus)数据库GSE15824原始数据,利用R语言分析正常组织与胶质瘤组织中差异表达的基因,通过生物信息学分析工具(DAVID、St... 目的:分析胶质瘤与正常组织表达差异的基因,筛选和胶质瘤预后相关的关键基因。方法:通过下载GEO(Gene ExpressionOmnibus)数据库GSE15824原始数据,利用R语言分析正常组织与胶质瘤组织中差异表达的基因,通过生物信息学分析工具(DAVID、String、Cytoscape、oncomine和GEPIA)对差异表达的基因进行生物学功能、蛋白互作网络(PPI)分析及筛选胶质瘤的预后标志物。结果:共筛选出648个差异表达的mRNAs。差异表达mRNAs的生物学功能主要富集于T细胞的激活,调节白细胞的黏附和细胞的迁移。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于PI3K/Akt,MAPK和钙离子信号通路。FPR1在胶质瘤中明显高表达,其表达水平与胶质瘤的预后呈负相关(Log-rankP<0.01)。结论:通过基因芯片数据库的分析,FPR1在胶质瘤中高表达,且与患者生存预后相关,为进一步分子机制的研究提供了新思路。 展开更多
关键词 胶质瘤 生物信息学 基因芯片 甲酰肽受体1
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高亲和力谷氨酸转运体与慢性疼痛
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作者 张华 王胜红 +4 位作者 解琪琪 李文洲 史卫东 马靖琳 汪静 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1094-1099,共6页
谷氨酸是哺乳动物中枢神经系统中最主要的兴奋性神经递质,位于突触间隙中的谷氨酸有赖于位于胶质细胞和神经元细胞膜上的高亲和力谷氨酸转运体给予及时清除,维持其正常的生理功能。谷氨酸转运体的量或功能异常,会引起多种生理功能紊乱... 谷氨酸是哺乳动物中枢神经系统中最主要的兴奋性神经递质,位于突触间隙中的谷氨酸有赖于位于胶质细胞和神经元细胞膜上的高亲和力谷氨酸转运体给予及时清除,维持其正常的生理功能。谷氨酸转运体的量或功能异常,会引起多种生理功能紊乱。研究表明高亲和力谷氨酸转运体在慢性疼痛产生过程中发挥重要作用,可能成为疼痛治疗的新靶点。 展开更多
关键词 谷氨酸 高亲和力谷氨酸转运体 慢性疼痛
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大鼠脊髓损伤后差异表达基因的筛选与分析
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作者 武作龙 任恩惠 +4 位作者 邓亚军 解琪琪 张广智 袁文华 张海鸿 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1234-1241,共8页
目的:通过对大鼠脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)相关基因芯片进行生物信息学分析,为阐明继发性SCI的分子机制提供新思路。方法:首先从GEO数据库下载大鼠SCI的mRNA表达谱数据集GSE464和GSE45006,利用R语言limma包筛选损伤和正常脊髓... 目的:通过对大鼠脊髓损伤(spinal cord injury,SCI)相关基因芯片进行生物信息学分析,为阐明继发性SCI的分子机制提供新思路。方法:首先从GEO数据库下载大鼠SCI的mRNA表达谱数据集GSE464和GSE45006,利用R语言limma包筛选损伤和正常脊髓的差异表达基因(differential expression genes,DEGs)并取交集。然后进行GO、KEGG及GSEA分析。随后使用STRING在线工具和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络并将其进行可视化,利用cytoHubba插件选择hub基因。最后使用GOSemSim包预测hub基因编码蛋白间的相互作用。结果:共筛选出226个DEGs。功能注释及通路富集分析显示,DEGs主要涉及细胞对炎症的反应、离子的调节、再生及修复等生物学过程(biological process,BP);主要参与突触前膜、轴突末端、神经元投射终点站等细胞组分(cellular component,CC);介导ATP磷酸化、细胞骨架的结构组成、与钙依赖蛋白结合等分子功能(molecular function,MF)。富集的通路主要有TNF、AGE-RAGE、NF-κB和Toll样受体等信号通路。共获得10个hub基因,分别为Tubb5、Prkcd、Anxa2、Gns、Fabp5、Ctsc、Lyz2、Gusb、Vat1和Grn,并且与SCI密切相关,其中Prkcd、Ctsc、Vat1、Gns和Lyz2基因在SCI中缺乏相关研究,值得进一步研究。结论:本研究鉴定了可能参与继发性SCI的hub基因和信号通路,为继发性SCI的分子机制提供了新的理论依据。 展开更多
关键词 脊髓损伤 差异表达基因 生物信息学分析
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能谱CT评估生物力学的初步研究
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作者 黄晓宇 解琪琪 +3 位作者 邓亚军 赵若辰 董强 周俊林 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2018年第6期720-723,共4页
目的:通过分析能谱CT定量参数与生物力学的相关性,探讨能谱CT定量参数评估骨强度的价值。方法:采用能谱CT成像扫描36个羊腰椎椎体,测定每个椎体的骨松质、骨皮质及皮质+松质的能谱CT基物质对(铁-水、钙-水、羟基磷灰石-水)密度,然后将... 目的:通过分析能谱CT定量参数与生物力学的相关性,探讨能谱CT定量参数评估骨强度的价值。方法:采用能谱CT成像扫描36个羊腰椎椎体,测定每个椎体的骨松质、骨皮质及皮质+松质的能谱CT基物质对(铁-水、钙-水、羟基磷灰石-水)密度,然后将各个椎体去除附件对应编号,行腰椎压缩实验。将能谱不同基物质对(铁-水、钙-水、羟基磷灰石-水)密度值与生物力学测得的最大载荷和最大应力进行相关性分析。结果:能谱CT基物质对密度值与生物力学相关性分析可得,在松质+皮质时钙-水、羟基磷灰石-水与最大应力呈强相关(R^2=0.508,P<0.05;R^2=0.507,P<0.05),与最大载荷呈中等程度相关(R^2=0.454,P<0.05;R^2=0.451,P<0.05),而铁-水相关性较低;皮质、松质的3个基物质对密度值与生物力学值相关性较差。结论:能谱CT定量参数可以用来评价骨强度。 展开更多
关键词 能谱CT 骨质疏松 生物力学 骨强度
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非创伤性双侧桡神经深支卡压综合征一例
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作者 史卫东 邓亚军 +6 位作者 解琪琪 李文洲 陈宝 万麟 谢建琴 康学文 汪静 《中华手外科杂志》 CSCD 北大核心 2019年第2期156-156,共1页
患者男,51岁,因左手手指背伸障碍1年,右腕关节背伸障碍4个月入院,否认外伤史、重体力劳动史、高血压病史、糖尿病病史,否认类风湿性疾病病史及家族遗传史。入院检查:双侧三角肌肌力M5,肱二头肌肌力M5,肱三头肌肌力M4,旋后肌肌力M3,双手... 患者男,51岁,因左手手指背伸障碍1年,右腕关节背伸障碍4个月入院,否认外伤史、重体力劳动史、高血压病史、糖尿病病史,否认类风湿性疾病病史及家族遗传史。入院检查:双侧三角肌肌力M5,肱二头肌肌力M5,肱三头肌肌力M4,旋后肌肌力M3,双手指屈肌力M4,双上肢深浅感觉无明显异常;右侧垂腕畸形,右肱桡肌萎缩,前臂伸肌群萎缩,小指伸肌肌力M3,其余手指伸肌肌力M0,右手握拳肌力M3;左腕关节背伸肌力M1,左肱桡肌张力减低,示指伸肌肌力M3,其余手指伸肌肌力M0,左手握拳肌力M4;双侧肱二头肌腱反射正常,双侧肱三头肌腱反射正常,桡骨膜反射消失,病理征阴性;双侧桡骨头颈部增厚,压痛明显(图1)。 展开更多
关键词 桡神经深支卡压综合征 双侧 非创伤性 前臂伸肌群 高血压病史 入院检查 肱二头肌 肱三头肌
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