基于线粒体COI基因5′端区段粉螨DNA条形码研究

目的:基于线粒体COI基因5′端区段对常见储藏物粉螨进行分子鉴定,为粉螨鉴定方法的探讨提供依据。方法:采集储藏物样本,分离粉螨,形态学鉴定后,提取单个螨基因组DNA、PCR扩增、克隆测序,所获序列在Blast中进行同源性比对。结合GenBank已知粉螨COI基因序列,用ClustalX 1.83软件进行多序列比对,基于MEGA X软件进行序列分析并计算遗传距离,构建Maximum Likelihood系统发育树。结果:经形态学鉴定出7种粉螨,其中腐食酪螨Tyrophagus putrescentiae、范张食酪螨T.fanetzhangorum、粉尘螨Dermatophagoides farinae、棕脊足螨Gohieria fusca和害嗜鳞螨Lepidoglyphus destructor分子鉴定与形态学鉴定相一致,拱殖嗜渣螨Chortoglyphus arcuatus和纳氏皱皮螨Suidasia nesbitti分子鉴定与形态学鉴定并非一致,共检测到261个变异位点,400个保守位点,247个简约信息位点。种内遗传距离为0.00~0.01,种间遗传距离为0.171~0.262。构建ML系统进化树显示,7种粉螨均独立聚为一支,且支持率均达100%,与形态学鉴定一致。结论:线粒体COI基因5′端区段可用于7种常见储藏物粉螨的物种鉴定,为构建DNA条形码数据库提供基础资料。

基氏蠊螨的18S rDNA分子鉴定

目的基于核糖体18S r DNA基因对基氏蠊螨进行分子鉴定。方法采集和分离储藏物样本,进行螨类的形态学鉴定。提取单个螨的基因组DNA,经PCR扩增、克隆和测序获得COⅠ基因和18S r DNA基因,将所获序列进行Blast对比。检索Gen Bank数据库中蠊螨属18S r DNA基因序列,利用Clustal X 1.83软件进行多序列比对,基于MEGA X软件进行序列分析并以邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统发育树。结果采集的样本经形态和COⅠ基因双重鉴定为基氏蠊螨。同时,所选取的10个基氏蠊螨的18S r DNA基因序列完全一致,均表现出A/T碱基偏向性,与同属的Blattisocius tarsalis和Blattisocius everti分别有98.73%和98.94%的同源性。基于18S r DNA基因序列的系统进化树显示,基氏蠊螨与Blattisocius tarsalis和Blattisocius everti聚为一支。结论本研究建立了基氏蠊螨基于18S r DNA基因序列的分子鉴定方法,为基氏蠊螨的准确鉴定奠定基础。

基于COⅠ与18S rRNA基因序列的4种肉食螨DNA条形码研究

目的基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)与核糖体18S小亚基(18S rRNA)基因序列,分析确定4种肉食螨合适的DNA条形码,从而进一步完善肉食螨DNA条形码数据库。方法2018年5月—2019年7月于安徽省阜阳、芜湖、铜陵等3市小型面粉作坊采集分离肉食螨样本,经形态学鉴定后,提取单个螨基因组DNA,经PCR扩增、克隆和测序获得COⅠ与18S rRNA基因序列,所获序列进行BLAST比对。结合已报道肉食螨序列,用Clustal X 1.83软件进行多序列比对,基于MEGA X软件进行序列分析并计算遗传距离,采用最大似然法构建系统发育树。结果马六甲肉食螨、转开肉食螨、鳞翅触足螨分子鉴定结果与形态学一致,而Gen Bank中缺少网真扇毛螨相关序列。4种肉食螨COI与18S r RNA基因序列(A+T)分别为69.6%和55.1%,碱基替换数分别为137对和46对。基于COⅠ与18S rRNA基因序列变异位点分析,发现4种肉食螨种间变异位点分别为154~321个和58~99个。4种肉食螨COⅠ与18S r RNA基因序列种内遗传距离均≤0.020,种间遗传距离分别为0.235~0.583和0.078~0.114。基于COⅠ与18S rRNA基因序列的系统发育树显示,4种肉食螨均能各自聚为一支,支持率均达100%,与形态学鉴定结果一致。结论线粒体COⅠ基因序列作为4种肉食螨DNA条形码优于18S rRNA基因序列,更适用于探索肉食螨的属、种低阶元亲缘关系。

马六甲肉食螨与转开肉食螨的形态及分子鉴定

目的建立马六甲肉食螨与转开肉食螨的形态学和分子鉴定方法。方法2018年5月至2019年7月,从安徽省部分地区农户粮仓的储藏物样本中发现并采集马六甲肉食螨和转开肉食螨,比较2种肉食螨的形态特征,使用MEGA X软件对2种肉食螨的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列进行比对分析,最大似然法构建系统发育树。结果马六甲肉食螨与转开肉食螨形态特征相似,但在光镜下仍可通过气门板形状、足Ⅰ跗节管毛的形态及其与支持毛的相对比例等特征进行形态学鉴定。基于COⅠ基因种间遗传距离>0.02,种内遗传距离均<0.02,碱基组成分析发现此段序列具有明显的A+T偏向性,BLAST比对结果与形态学鉴定一致,系统发育树显示转开肉食螨与马六甲肉食螨均能各自聚为一支。结论马六甲肉食螨和转开肉食螨成螨可以依据外部形态特征进行形态学鉴定,也能基于线粒体COⅠ基因进行分子鉴定。2种鉴定方法相结合,可提高近缘种鉴别的准确性。