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基于高通量测序的陕西花马池和苟池微生物群落多样性分析 被引量:9
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作者 曹露芬 殷婷婷 +5 位作者 袁振亚 严雨薇 谢凡凡 许心怡 徐方敏 温洪宇 《生物技术通讯》 CAS 2016年第3期374-380,共7页
目的:研究陕西花马池和苟池盐湖嗜盐细菌和古菌的群落多样性特征。方法:从两地盐湖采集卤水样品,提取总DNA后对其16S rRNA基因进行PCR扩增,通过Miseq高通量测序和生物信息学分析得到花马池和苟池微生物群落结构。结果:细菌优化序列被分... 目的:研究陕西花马池和苟池盐湖嗜盐细菌和古菌的群落多样性特征。方法:从两地盐湖采集卤水样品,提取总DNA后对其16S rRNA基因进行PCR扩增,通过Miseq高通量测序和生物信息学分析得到花马池和苟池微生物群落结构。结果:细菌优化序列被分入222个操作分类单位(OTU),花马池细菌优化序列经筛选后得到26 698个序列,其中厚壁菌门(Firmicutes)占主要地位,占总序列数的24.13%,其次20.02%的序列归入变形菌门(Proteobacteria);苟池细菌优化序列经筛选得到31 329个序列,拟杆菌门(Bacteroidetes)是样品中最主要的门类,占总数的60.56%。古菌优化序列经筛选后有81 286条,被归入86个OTU中,绝大多数属于广古菌门(Euryarchaeota)。在属水平上,2个盐湖共有的优势古菌群落包括Halonotius、盐红菌属(Halorubrum)、盐杆状菌属(Halorhabdus)和Halobellus等。花马池特有Halolamina、盐杆菌属(Halobacterium)、Halobellus和Halovenus。结论:研究揭示了陕西花马池和苟池嗜盐细菌和古菌群落组成,表明陕西花马池和苟池盐湖微生物群落分布具有相似性和独特性,同时存在丰富的嗜盐菌资源和潜在的新类群,为新种的挖掘及嗜盐菌的开发提供了理论数据。 展开更多
关键词 细菌 古菌 高通量测序 盐湖 16S RDNA
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基于血浆游离DNA片段组学特征的肝细胞癌预后分析
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作者 宋健 闫泽宇 +3 位作者 彭帆 谢凡凡 董晓天 安家泽 《中国癌症防治杂志》 CAS 2022年第6期630-636,共7页
目的 探讨血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)片段组学特征在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后分析中的应用价值。方法 选取2016年6月至2016年9月空军军医大学第一附属医院肝胆外科收治的50例HCC患者为研究对象。采集HCC患者... 目的 探讨血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)片段组学特征在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后分析中的应用价值。方法 选取2016年6月至2016年9月空军军医大学第一附属医院肝胆外科收治的50例HCC患者为研究对象。采集HCC患者术前静脉血进行cfDNA提取、文库构建与测序,分析HCC患者cfDNA片段组学特征,包括片段大小分布和末端碱基基序。采用患者临床资料结合cfDNA片段组学数据进行Cox回归分析,筛选影响HCC患者预后的独立危险因素并构建列线图模型以预测HCC患者的总生存率。结果 cfDNA片段大小主要集中在150~200 bp,峰值位于167 bp处;且在100~200 bp之间出现间隔约10 bp的连续峰值波。比较总片段范围内的末端碱基基序显示,除A-end与G-end、T-end与C-end的平均占比差异无统计学意义(均P>0.05)外,其余比较差异均有统计学意义(均P<0.001),每个末端碱基基序在短片段和长片段中的平均占比比较,差异亦有统计学意义(均P<0.001)。肿瘤的分化程度、BCLC分期、片段大小得分是影响HCC患者预后的独立危险因素(均P<0.05)。基于上述3个因素构建列线图模型,其预测HCC患者1年和3年总生存率的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线下面积分别为0.836和0.840。结论 cfDNA片段组学特征联合临床指标在HCC预后评估中具有较大的潜力。 展开更多
关键词 肝细胞癌 血浆游离DNA 片段组学 预后
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論杜甫詩中的“明君”與“賢相”——以劉備、諸葛亮爲考察中心
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作者 謝凡凡 《蜀学》 2019年第1期89-97,共9页
杜甫一生憂國憂民,具有强烈的儒家情懷,他創作的詩歌有不少涉及前代的"明君""賢相"。杜詩中歌詠的"明君"與"賢相"以三國時期劉備、諸葛亮最爲典型,故本文以杜甫的君臣觀爲切入點,以杜甫詠劉備... 杜甫一生憂國憂民,具有强烈的儒家情懷,他創作的詩歌有不少涉及前代的"明君""賢相"。杜詩中歌詠的"明君"與"賢相"以三國時期劉備、諸葛亮最爲典型,故本文以杜甫的君臣觀爲切入點,以杜甫詠劉備和諸葛亮的詩作爲討論的主要内容,從個案角度考察不同時期杜甫詠劉備、諸葛亮的詩歌,並對詩歌中的劉備、諸葛亮形象及其思想情感進行解析。這一視角不僅有助於進一步認識杜甫的政治思想,而且可以從微觀角度來解讀杜甫詠"明君""賢相"詩所表現出來的具體語境。 展开更多
关键词 杜甫 明君 賢相 劉備 諸葛亮
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双波长HPLC同时测定羚羊清肺散中4种有效成分的含量 被引量:1
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作者 崔生飞 齐广才 +2 位作者 谢凡凡 吴江瑞 刘珍叶 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第13期77-80,共4页
目的:建立以高效液相色谱法同时测定羚羊清肺散中绿原酸、栀子苷、芍药苷和甘草苷的含量的方法。方法:采用双波长HPLC法,Kromasil C18色谱柱(4.6 mm×250 mm,5μm),流动相乙腈-0.1%磷酸水梯度洗脱,流速1.0 m L·min-1,检测... 目的:建立以高效液相色谱法同时测定羚羊清肺散中绿原酸、栀子苷、芍药苷和甘草苷的含量的方法。方法:采用双波长HPLC法,Kromasil C18色谱柱(4.6 mm×250 mm,5μm),流动相乙腈-0.1%磷酸水梯度洗脱,流速1.0 m L·min-1,检测波长327 nm(绿原酸),237 nm(栀子苷、芍药苷、甘草苷)。结果:绿原酸、栀子苷、芍药苷和甘草苷4种成分进样量分别在1.579-78.96μg(r=0.999 8),1.261-63.04μg(r=1),0.364-18.2μg(r=0.999 9),0.329 6-16.48μg(r=0.999 9)与峰面积线性关系良好;平均回收率分别为97.6%,97.6%,97.1%和99.8%,RSD分别为1.0%,0.7%,1.2%和1.3%。结论:该方法简便、快速、准确,可用于羚羊清肺散的质量控制。 展开更多
关键词 羚羊清肺散 高效液相色谱法 双波长 绿原酸 栀子苷 芍药苷和甘草苷
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