超级增强子相关基因结直肠癌预后模型的构建及其相关基因功能的初步探索

整合结直肠癌中肿瘤特异的超级增强子(Super Enhancer)相关基因,并依此构建预后模型,同时分析长链非编码RNA HOXC-AS2在结直肠癌中的功能。方法 在基因综合表达(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中收集了结直肠癌患者超级增强子相关基因表达谱和临床数据,通过单因素cox比例风险回归整合标志基因与生存信息,采用随机森林算法(Random Forest Algorithm)构建基于超级增强子相关基因的结直肠癌预后模型。通过TCGA数据库分析LncRNA HOXC-AS2在泛癌中的表达情况,并使用Rt-qPCR验证HOXC-AS2在结直肠癌细胞SW620和正常结肠细胞中FHC的差异表达。对HOXC-AS2进行生存分析,通过GSEA分析HOXC-AS2在结直肠癌中的功能,ESTIMATE算法进行评估HOXC-AS2与免疫浸润的关系。结果 鉴定出了结直肠癌患者中266个肿瘤特异超级增强子相关基因、单因素cox回归分析发现了33个超级增强子相关基因与患者生存预后相关,随机森林法基于这些基因构建出了拥有较强预后预测效能的结直肠癌预后模型。此外,超级增强子相关LncRNA HOXC-AS2在多种癌症中高表达,并且Rt-qPCR结果显示LncRNA HOXC-AS2在结直肠癌细胞株SW620中相对于正常结肠细胞FHC高表达。生存分析结果显示HOXC-AS2的高表达与结直肠癌患者预后不良高度相关,ESTIMATE算法分析表明LncRNA HOXC-AS2与肿瘤免疫浸润相关,GSEA分析表明LncRNA HOXC-AS2在结直肠癌发生发展中起重要作用。结论 基于结直癌特异超级增强子相关基因的预后模型可较为精准预测结直肠患者的生存情况,有助于指导结直肠癌患者的精准治疗;超级增强子相关LncRNA HOXC-AS2在结直肠癌的发生发展中起重要作用。

过表达LRRFIP1对肝癌细胞Huh7生物学行为的影响

目的:探讨LRRFIP1表达上调对肝癌细胞Huh7的生物学行为影响,并初步探索其相关机制。方法:构建LRRFIP1过表达的稳定细胞株,实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)和蛋白免疫印迹法(western blotting)检测过表达效率,细胞增殖实验(CCK-8)检测过表达LRRFIP11对Huh7细胞增殖能力的影响;平板克隆形成实验检测过表达LRRFIP1对Huh7细胞克隆形成能力的影响;流式细胞术检测过表达LRRFIP1对Huh7细胞周期和凋亡的影响;划痕实验和Transwell实验检测过表达LRRFIP1对细胞迁移和侵袭能力的影响;检测与上皮间质转化(EMT)相关的蛋白E-cadherin、N-cadherin,Vimentin和Snail的表达;免疫共沉淀和蛋白质谱技术串联(CoIP-MS)法筛选可能与LRRFIP1互作蛋白。结果:过表达LRRFIP1促进了Huh7细胞的增殖(P<0.001)和克隆形成能力(P<0.001),抑制了细胞凋亡(P<0.01);过表达LRRFIP1导致Huh7细胞G0/G1期比例减少,S期增加(P<0.001,P<0.01)。此外,过表达LRRFIP1组细胞的迁移(P<0.05)和侵袭(P<0.001)数量显著低于对照组;western blotting实验结果显示,与对照组相比,过表达LRRFIP1组细胞上皮细胞标志蛋白E-cadherin表达显著升高(P<0.001),间充质细胞标志蛋白N-cadherin和Vimentin表达显著减低(P<0.001,P<0.01),EMT相关转录因子Snail蛋白表达显著降低(P<0.001)。最后,过表达LRRFIP1后我们采用CoIP-MS法筛选出80个可能与其互作蛋白,GO分析显示Huh7细胞株中下拉LRRFIP结合蛋白富集于27个生物过程、11个细胞组分和9种分子功能。KEGG通路注释显示这80种蛋白主要富集于ECM-受体相互作用信号通路;STRING和Cytoscape分析Hub基因。结论:LRRFIP1过表达促进了肝癌细胞Huh7的增殖和克隆形成能力,抑制其凋亡、迁移、侵袭能力;LRRFIP1可能与eEF1A1相互作用,从而影响肝癌的发生发展。