上海市7家医疗机构ICU环境中鲍氏不动杆菌分布及耐药特征

目的 了解上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中鲍氏不动杆菌的分布及耐药情况,探究耐药表型与耐药基因的相关性,为制定感染控制策略提供数据支持。方法 采用棉签涂抹法采集2019年1-12月7家医疗机构ICU环境样本,通过常规生化及质谱仪分离、鉴定菌株,微量肉汤稀释法进行药敏试验,通过全基因组测序获得菌株的耐药基因。结果 共采集1 680份ICU环境样本,其中药敏结果显示鲍氏不动杆菌广泛存在于7家医疗机构ICU的物体表面,总检出率为6.79%(114/1 680);患者直接接触的被褥表面占比最高,为12.28%(14/114);头孢他啶和环丙沙星耐药率最高,均为84.21%(96/114),多药耐药菌株占比85.96%(98/114);但替加环素耐药率为1.75%(2/114),多黏菌素B耐药率为0.88%(1/114);全基因组测序结果显示114株鲍氏不动杆菌共携带6类26种耐药基因,β-内酰胺类携带率最高,为99.12%(113/114),未携带喹诺酮类耐药基因;二元Logistic回归分析结果显示bla_(OXA-23)、bla_(OXA-66)、aph(3″)-Ib、aph(6)-Id、armA、sul1、sul2、bla_(TEM-1D)耐药基因与其各自相关的抗菌药物耐药均呈正相关(P<0.05),tet(B)耐药基因与替加环素无明显相关性。结论 鲍氏不动杆菌普遍存在于医疗机构ICU环境中,耐药现况严峻。bla_(OXA-23)、bla_(OXA-66)、aph(3″)-Ib、aph(6)-Id、armA、sul1、sul2、bla_(TEM-1D)是鲍氏不动杆菌产生抗菌药物耐药表型的主要耐药基因,四环素类和喹诺酮类抗菌药物耐药表型与基因型并不一致,耐药机制复杂。

2株编码B类和D类碳青霉烯酶的鲍曼不动杆菌全基因组分析

目的基于全基因组测序技术解析2株同时产_(NDM-1)、_(OXA-23)、OXA-51碳青霉烯酶的鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)的分子遗传特征,探究其耐药机制、进化路径及传播潜力,为制定临床感染控制策略提供数据支持。方法以2株来源于上海某2家医院ICU环境中的产B类和D类碳青霉烯酶的鲍曼不动杆菌为研究对象,利用二代测序技术获得菌株的全基因组序列。基于Proksee网站的GCskew和Prokka工具绘制菌株的全基因组图谱。通过药物敏感性实验和BacWGSTdb 2.0在线分析平台筛选耐药基因来分析菌株的耐药性,基于VFDB数据库、PubMLST数据库、OriTfinder、Kptive等工具进行毒力基因、MLST、荚膜血清型和质粒迁移性判断分析。采用邻接法绘制进化树。结果全基因组数据显示2株菌株均为ST164_Pasteur/ST1418_Oxford-KL47/OCL5型,均携带blaADC-25、blaCARB-5、bla_(CARB-16)、bla_(CARB-49)、bla_(NDM-1)、bla_(OXA-23)、bla_(OXA-91)7种耐药基因和不可移动型质粒,含有外膜蛋白、外排泵相关等45种毒力基因,和马来西亚及我国长沙、南昌、杭州的5株菌株亲缘性较近。结论上海市首次从医疗机构ICU环境中检出_(OXA-23)、OXA-51、_(NDM-1)共存的鲍曼不动杆菌株,或对公共卫生构成严重威胁,需加强对该类菌株的监测和研究,制定有效防控策略。

一起金黄色葡萄球菌食物中毒事件的病原检测和溯源分析

目的对上海市浦东新区一起食物中毒事件进行病原检测和溯源分析,为此类事件的处置和判定提供依据。方法对病例和从业人员肛拭子以及留样食品样品进行病原分离和鉴定;对分离株进行肠毒素检测、药物敏感性试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)分子分型和溯源。结果从9份病例肛拭子、1份从业人员肛拭子及3份留样食品样品中分离到13株金黄色葡萄球菌。10株人源分离株产A型和E型肠毒素,3株食源分离株产A型、D型和E型肠毒素。13株分离株均对青霉素耐药,PFGE条带相似度为100%,MLST分型均为ST6型。结论本起事件是由金黄色葡萄球菌污染引起的食物中毒事件,需要进一步加强对食品加工企业、食堂等的宣传教育和管理,防止类似事件的发生。

基于6种肠集聚性大肠埃希菌毒力基因检测诊断效果评价

目的对肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)分子诊断方法进行性能评价。方法对2015年1月-2019年12月上海市浦东新区腹泻门诊病例粪便样本分别进行大肠埃希菌分离鉴定,并对分离株进行“金标准”HEp-2细胞粘附试验和6种毒力基因检测(aggR、astA、pic、aaiA、aatA、aaiG)。根据不同基因组合,构建诊断方法一(uidA-aggR基因阳性)、诊断方法二(uidA-aggR/astA/pic任一基因阳性)、诊断方法三(uidA-aggR/aatA/aaiG/aaiA任一基因阳性)、诊断方法四(uidA-aggR/astA/aaiA任一基因阳性)、诊断方法五(uidA-aggR/astA/pic/aaiA/aatA/aaiG任一基因阳性)5种分子诊断方法。采用灵敏度、特异性、Kappa值、曲线下面积(AUC)等指标评价其诊断效能。结果在2366例病例样本中分离到1390株大肠埃希菌,19.14%(266/1390)分离株呈AA粘附表型,毒力基因检出率以astA(21.87%,304/1390)最高。以“金标准”、诊断方法一至五进行判定,EAEC检出率分别为11.24%(266/2366)、2.37%(56/2366)、14.84%(351/2366)、9.68%(229/2366)、5.26%(361/2366)和16.48%(390/2366)。诊断方法一特异性最高(99.86%,2097/2100)、灵敏度最低(19.92%,53/266),诊断方法三~五与金标准呈中度一致性(Kappa值为0.58~0.65),诊断方法二~五具有较高诊断价值(AUC为0.806~0.882)。结论基于EAEC毒力基因的分子诊断方法暂不可代替金标准。