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大白菜SUS基因家族鉴定与节律表达分析
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作者 肖玉凡 许脉然 +3 位作者 秦田雨 王俊玲 王春阳 冯大领 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期48-54,共7页
植物体内的蔗糖合酶(SUS)是一种糖基转移酶,它参与调控蔗糖的合成与运输,研究大白菜SUS基因家族的表达为揭示糖代谢的分子调控机制提供了重要基础。本研究利用生物信息学方法,进行大白菜SUS基因家族成员鉴定、理化性质、系统进化关系、... 植物体内的蔗糖合酶(SUS)是一种糖基转移酶,它参与调控蔗糖的合成与运输,研究大白菜SUS基因家族的表达为揭示糖代谢的分子调控机制提供了重要基础。本研究利用生物信息学方法,进行大白菜SUS基因家族成员鉴定、理化性质、系统进化关系、蛋白基序、基因结构和物种内(间)共线性分析;利用RNA-seq技术,获得SUS家族基因的相对表达量,分析大白菜SUS家族基因的节律表达模式。结果表明:大白菜中包含13个SUS基因,均含有SUS结构域;大白菜SUS基因家族可分为3个亚家族(SUSⅠ,SUSⅡ,SUSⅢ);SUSⅡ亚家族的基因motif保守基序种类最多;多数基因含有11~14个CDS序列。大白菜SUS基因家族物种内共线性分析有4对基因参与了大片段重复事件,为大白菜进化提供动力。大白菜与拟南芥的SUS基因家族物种间共线性分析,物种间共构建了13对同源基因,其中有多个“一对多,多对一”的同源基因关系,均属于SUS基因家族的基因对有10个。对SUS家族基因的KEGG和GO功能富集分析,发现富集在淀粉与蔗糖代谢、蔗糖合酶活性通路等方面上。分析SUS家族基因的节律表达模式,发现BraSUSs基因中BraA10g019840.3C基因表达呈现节律性,而其余基因多在夜晚高表达。本研究结果可为大白菜SUSs基因功能解析及蔗糖代谢调控机制研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 大白菜 蔗糖合酶 基因家族 昼夜节律表达 生物信息分析
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大白菜SUS基因家族鉴定与节律表达分析
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作者 肖玉凡 许脉然 +3 位作者 秦田雨 王俊玲 王春阳 冯大领 《河北农业大学学报》 CAS 2024年第5期48-54,共7页
植物体内的蔗糖合酶(SUS)是一种糖基转移酶,它参与调控蔗糖的合成与运输,研究大白菜SUS基因家族的表达为揭示糖代谢的分子调控机制提供了重要基础。本研究利用生物信息学方法,进行大白菜SUS基因家族成员鉴定、理化性质、系统进化关系、... 植物体内的蔗糖合酶(SUS)是一种糖基转移酶,它参与调控蔗糖的合成与运输,研究大白菜SUS基因家族的表达为揭示糖代谢的分子调控机制提供了重要基础。本研究利用生物信息学方法,进行大白菜SUS基因家族成员鉴定、理化性质、系统进化关系、蛋白基序、基因结构和物种内(间)共线性分析;利用RNA-seq技术,获得SUS家族基因的相对表达量,分析大白菜SUS家族基因的节律表达模式。结果表明:大白菜中包含13个SUS基因,均含有SUS结构域;大白菜SUS基因家族可分为3个亚家族(SUSⅠ,SUSⅡ,SUSⅢ);SUSⅡ亚家族的基因motif保守基序种类最多;多数基因含有11~14个CDS序列。大白菜SUS基因家族物种内共线性分析有4对基因参与了大片段重复事件,为大白菜进化提供动力。大白菜与拟南芥的SUS基因家族物种间共线性分析,物种间共构建了13对同源基因,其中有多个“一对多,多对一”的同源基因关系,均属于SUS基因家族的基因对有10个。对SUS家族基因的KEGG和GO功能富集分析,发现富集在淀粉与蔗糖代谢、蔗糖合酶活性通路等方面上。分析SUS家族基因的节律表达模式,发现BraSUSs基因中BraA10g019840.3C基因表达呈现节律性,而其余基因多在夜晚高表达。本研究结果可为大白菜SUSs基因功能解析及蔗糖代谢调控机制研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 大白菜 蔗糖合酶 基因家族 昼夜节律表达 生物信息分析
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