云锦杜鹃转录组分析

云锦杜鹃Rhododendron fortunei具有很高的园艺观赏价值。由于缺乏相关的遗传信息,云锦杜鹃的多样性、分子辅助育种等工作进展较为缓慢。通过高通量测序技术(Illumina),对云锦杜鹃的转录组进行了测定和分析。通过测序拼接和去冗余共获得84 633条单基因簇(unigene)序列,平均长度为691.4 bp。通过与公共数据库比对成功注释到了35 526条单基因簇,其中与葡萄Vitis vinifera基因相似的序列最多。根据基因本体论数据库(GO)可将23 215个单基因簇归类于生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类的55个功能组;真核直系同源基因数据库(KOG)将11 085条单基因簇分为26个功能分类,涉及一般功能预测的单基因簇最多,多达1 970条;以京都基因与基金组百科全书(KEGG)作为参考,依据代谢途径可将9 887个单基因簇定位到272个代谢通路。进一步分析基因注释结果,挖掘获得24个编码MADS-box基因的单基因簇分属于10个不同亚家族。此外,检测到了21 900个简单序列重复(SSR)位点,可用于SSR标记开发。

云锦杜鹃转录组SSR分析及其分子标记开发

为开发云锦杜鹃SSR分子标记,并研究云锦杜鹃SSR引物在杜鹃属内的通用性,本研究利用Misa软件对云锦杜鹃转录组数据进行SSR信息分析,并开发引物通过PCR扩增和毛细管电泳检测,进行了引物多态性和通用性分析。结果表明,利用云锦杜鹃转录组数据拼接组装得到84 633条Unigene,通过Misa软件发现21 900个SSR位点,发生频率为20.58%,平均分布距离为2.67 kb,单、二、三个核苷酸重复为主要的SSR位点类型;根据云锦杜鹃SSR序列设计获得SSR引物8 439对,随机选取45对SSR引物进行多态性分析,结果显示32对SSR位点具有多态性,多态性位点的等位基因介于2～8个,平均等位基因数5.25个;有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农多样性指数和多态信息含量的平均值分别为3.175 5、0.700 6、0.640 4、1.326 4和0.701 7。进一步分析表明,其中25对SSR引物可在其他31种不同杜鹃属植物(或品种)中扩增出多态性条带,可转移率为78.125%,表明云锦杜鹃SSR引物在杜鹃属植物间具有较高的通用性。本研究结果为云锦杜鹃遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及杜鹃属植物亲缘关系等研究奠定了一定的理论基础。

基于土壤预测模型的石油类污染迁移的研究

选取广东省茂名市某原油储备基地为研究对象,利用土壤常用HYDRUS-1D软件来模拟预测原油储罐发生小孔泄漏后石油类污染物在包气带中的运移情况,计算得出石油类在特定水文地质条件下通过包气带到达地下水面所需时间及不同深度浓度值的变化规律,为地下水影响预测提供可靠的初设条件。