Xpert®Xpress Flu/RSV Assay用于临床呼吸道感染病原学诊断的价值

目的评估体外诊断试剂Xpert®Xpress Flu/RSV Assay(Xpress Flu/RSV)对临床甲型流感病毒(FluA)、乙型流感病毒(FluB)和呼吸道合胞病毒(RSV)标本的检测性能。方法选择2018年1月11日至5月9日于南方医科大学珠江医院就诊的420例具有呼吸道感染症状的患者为研究对象,采集鼻咽拭子标本,分别采用Xpress Flu/RSV和普通聚合酶链反应(PCR)测序进行检测,结果不一致标本采用自建反转录实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)确认,以任意两种方法结果一致为标准,分析Xpress Flu/RSV的诊断性能。结果420例患者标本中Xpress Flu/RSV检出阳性213例(50.7%),灵敏度(FluA:100.0%;FluB:100.0%;RSV:100.0%)和特异度(FluA:100.0%;FluB:99.4%;RSV:99.7%)均较高;对其他呼吸道病原体(除FluA、FluB、RSV)感染标本检测结果均为阴性;95例患者标本Xpress Flu/RSV检测结果与自建RT-qPCR相比,一致性较高(Kappa值为0.949)。结论Xpress Flu/RSV检测性能较好,适用于病毒流行期的大规模筛查。

肺腺癌患者血流感染哈特草螺菌的相关研究

本研究旨在分析肿瘤患者血流感染哈特草螺菌的鉴定及药敏特点,同时对相关菌株感染病例进行回顾分析,为临床治疗提供指导依据。将1例肺腺癌患者放疗后留取的血培养阳性标本进行涂片、染色、镜检,同时采用VITEK MS全自动微生物质谱检测系统、VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统和分子测序技术对该分离株进行鉴定分析,并参照其他非发酵革兰氏阴性杆菌药敏实验标准进行药敏试验。结果显示,该分离株为革兰氏阴性杆菌,在血平板上呈乳白色、胶状、凸起、无溶血菌落。VITEK MS质谱仪和分子测序技术将此菌株均鉴定为哈特草螺菌(Herbaspirillum huttiense,H.huttiense),VITEK 2 Compact将其鉴定为洋葱伯克霍尔德菌。药敏试验结果显示,该菌对氨曲南中介,对亚胺培南、美洛培南、头孢哌酮/舒巴坦钠、头孢他啶、头孢吡肟、哌拉西林/他唑巴坦和左氧氟沙星等抗菌药物均敏感。本研究报告了哈特草螺菌的生物学特征和病例的诊疗过程,强调了多种诊断技术联合应用在罕见菌鉴定中的重要性。

2018—2022年中国医学科学院肿瘤医院深圳医院细菌耐药性监测

目的分析2018—2022年深圳肿瘤医院临床分离病原菌的分布及其对抗菌药物耐药性的变迁。方法依据美国临床实验室标准化协会(CLSI)指南选取35种抗生素,采用纸片扩散法和E-test重点测定肿瘤患者感染中常见病原菌对抗生素的敏感性,药敏结果参考CLSI 2022版指南解读,用WHONET 5.6软件进行统计分析。结果2018—2022年,共分离到5582株临床非重复病原菌,其中革兰阳性菌1945株(34.8%),革兰阴性菌3637株(65.2%)。耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)及耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的比率分别为70.1%~84.1%和9.6%~23.9%,屎肠球菌对多数抗菌药物的敏感性低于粪肠球菌,葡萄球菌属和肠球菌属均未表现出对利奈唑胺、万古霉素、替考拉宁和替加环素耐药;在肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌中,产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)阳性率分别是18.3%~28.3%和50.6%~58.1%,ESBLs对抗菌药物的耐药率均比非ESBLs株高,耐碳青霉烯肠杆菌目(CRE)阳性率为1.1%,铜绿假单胞菌对美罗培南和亚胺培南的耐药率分别是2.6%~12.6%和3.4%~15.6%;鲍曼不动杆菌对美罗培南和亚胺培南的耐药率均低于12.7%。结论深圳医院肿瘤患者感染的病原菌以革兰阴性杆菌为主,产ESBLs大肠埃希菌检出率处于高位,碳青霉烯类耐药革兰阴性杆菌仍需警惕,应继续加强肿瘤患者耐药菌的监测。

2015—2018年广州406例登革热临床特征分析

目的 分析2015—2018年广州市登革热病例的临床特征,为诊治登革热提供参考依据.方法 回顾分析珠江医院2015—2018年收治的406例登革热患者的临床表现和实验室检查结果,对部分标本进行登革病毒(dengue virus,DENV)血清型鉴定和寨卡病毒(zika virus,ZIKV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)筛查.结果 96例登革热进行DENV血清型检测,69例阳性:DENV-1型58例(84.1%),DENV-2型10例(14.5%),DENV-3型1例(1.5%),DENV-4型未检出,未发现不同血清型共感染病例.406例登革热患者中,普通登革热和重症登革热分别是371例(91.4%)和35例(8.6%).临床表现以发热、乏力、皮疹为主,重症者出血、咳嗽、咳痰、呕吐和腹痛更明显(均P<0.05).实验室检查结果主要是白细胞和血小板减少,重症者总胆红素、门冬氨酸转氨酶、血肌酐、超敏C反应蛋白和降钙素原升高更明显(均P<0.05).检测380例登革热患者ZIKV和CHIKV核酸,结果均为阴性.结论 2017—2018年广州登革热发病出现增高趋势,以普通登革热病例和DENV-1型感染为主.

1例支气管戈登菌引起的肿瘤患者导管相关血流感染

本文分析肿瘤患者导管相关血流感染(catheter related blood stream infection,CRBSI)支气管戈登菌的分离鉴定及药敏特点,旨在为临床治疗该菌引起的感染性疾病提供参考。采集1例子宫内膜癌患者放疗后分别经静脉导管和外周静脉留取的血培养阳性标本,同时采用VITEK MS全自动微生物质谱检测系统和分子测序技术对该分离株进行鉴定分析,并参照诺卡菌和其他需氧放线菌的药敏试验标准进行药敏试验。结果显示,静脉导管血需氧瓶和外周静脉血需氧瓶孵育48 h后阳性报警,涂片见革兰氏阳性杆菌。血琼脂平板上培养24 h,生长不溶血白色粗糙干燥菌落,培养至48 h,白色粗糙干燥菌落转变为橘黄色粗糙干燥菌落。VITEK MS质谱仪和16S rRNA测序技术均鉴定该菌株为支气管戈登菌(Gordonia bronchialis),药敏试验结果表明该菌对万古霉素、头孢曲松、头孢吡肟、环丙沙星、亚胺培南、美洛培南、利奈唑胺、复方新诺明敏感。本研究报告了支气管戈登菌的生物学特征和病例的诊疗过程,尽管该菌在环境中很常见,但与人类疾病相关的案例相对较少。对于疑似或确诊的支气管戈登菌感染,应该进行及时的诊断和治疗,然而实验室常规培养及鉴定方法不能准确鉴定支气管戈登菌,须使用基因测序或基质辅助解吸/电离飞行时间质谱法鉴定,同时进行体外药物敏感性试验,为临床提供可靠的治疗依据。

肠道病毒5’-非翻译区测序分型的应用评估

目的评估5’-非翻译区（5’-untranslated region，5’-UTR）扩增测序法对临床标本直接进行肠道病毒（enterovirus，EV）血清型分型的价值。方法收集实时荧光聚合酶链反应（real-time PCR）检测EV通用型核酸为阳性的肛拭518份、鼻拭148份，采用5’-UTR区逆转录PCR（reverse transcription PCR，RT—PCR）对标本中的EV进行扩增、测序、比对及血清型分型，与VP1（viral protein1）区简并引物巢式PCR测序分型方法比较，两者不一致的标本经EV血清型特异性RT-PCR验证。结果666份EV通用型核酸为阳性的标本，5’-UTR和VP1区各分型成功553例（83．0％）和318例（47．7％），P〈0．001；以VP1法为参考，对肛拭中主要检出的血清型CoxA6（217例）、CoxA16（88例）、EVA71（40例）、CoxA10（28例）和CoxA4（27例），5’-UTR法敏感度（57．1％～100％）、特异度（67．4％～98．1％）以及方法一致性（kappa值0．188～0．847），均因血清型而异；对鼻拭中主要检出的血清型EVD68（15例），5’-UTR法敏感度100％，特异度91．1％，一致性差（kappa值0．217）。分型不一致标本，经CoxA6、CoxA16、EVA71、CoxA10和EVD68型特异性RT—PCR验证，大部分得以确认。以VP1法联合型特异性RT—PCR法为参考，5’-UTR法的敏感度和特异性以及与参考方法的一致性均提高。结论5’-UTR对肠道病毒的分型的敏感度和特异度因血清型而异，应用时应根据研究目的综合考虑。

肿瘤患者分离的耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌耐药基因及耐药性

目的分析肿瘤患者分离的耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌耐药基因携带及耐药性特点,为临床治疗及感染防控提供参考。方法对2018年5月1日-2021年6月30日中国医学科学院肿瘤医院深圳医院耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌进行筛选,鉴定和药敏采用VITEK-2 Compact系统进行,采用全基因测序技术检测相关菌株的碳青霉烯类耐药基因、超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)、AmpCβ-内酰胺酶(AmpC酶)等耐药基因型别,并分析药敏结果。结果共收集耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌15株,经全基因组测序检测发现13株菌携带的碳青霉烯酶基因主要为bla_(NDM-5)基因(6株)、bla_(NDM-1)基因(3株)、bla_(OXA-1)基因(3株),bla_(KPC-2)基因(1株)、bla_(SME-4)基因(1株)、bla_(OXA-10)基因(1株)。有3株菌均未检出碳青霉烯酶基因,12株菌均存在OmpK36膜孔蛋白基因缺失,有4株菌同时出现OmpK36和OmpK35膜孔蛋白基因缺失,15株菌株均检出ESBLs基因或AmpC酶等相关耐药基因。15株菌对碳青霉烯类、氨曲南、青霉素类、头孢菌素类、青霉素/青霉素酶抑制剂、氟喹诺酮类等抗菌活性物质显示出较高的抗性,而对替加环素和阿米卡星有较好的敏感性。结论医院肿瘤患者耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌耐药机制主要以产B类金属β-内酰胺酶NDM基因型同时合并ESBLs基因或AmpC酶等相关耐药基因及合并OmpK36膜孔蛋白基因缺失为主,并呈现多药耐药的特点。