目的构建小鼠颈内动静脉内瘘(arteriovenous fistula,AVF)模型,筛选AVF内膜增生狭窄过程中的差异表达基因,分析研究参与AVF内膜增生狭窄的异常表达信号通路及作用机制。方法选取雄性C57BL/6小鼠46只,按简单随机法分为AVF组和假手术组,每...目的构建小鼠颈内动静脉内瘘(arteriovenous fistula,AVF)模型,筛选AVF内膜增生狭窄过程中的差异表达基因,分析研究参与AVF内膜增生狭窄的异常表达信号通路及作用机制。方法选取雄性C57BL/6小鼠46只,按简单随机法分为AVF组和假手术组,每组23只。AVF组行小鼠颈内AVF成形术,假手术组分离右侧颈外静脉、颈总动脉后缝合切口。应用转录组学可逆链终止物和合成测序法测定AVF内膜增生狭窄小鼠全基因组序列,建立微阵列数据集;应用基因芯片数据分析多重假设检验校正(Benjamini&Hochberg法)筛选AVF增生狭窄过程中的差异表达基因;利用R语言富集分析筛选AVF内膜增生狭窄过程中的差异表达基因,并对差异表达基因及信号通路进行基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;应用多样性增量分析BUSCA软件进行AVF增生狭窄差异表达基因亚细胞定位;应用STRING数据库及Cytoscape软件进行差异表达基因的蛋白网络互作可视化分析。结果AVF组造模成功21只,失败2只,故最终AVF组21只,假手术组亦仅执行手术操作21只。小鼠颈内AVF模型创新采用连续⁃间断缝合法,提高了此模型建模的成功率。差异基因测序比对分析显示,AVF增生狭窄过程中差异表达基因2514个,其中上调基因1323个,下调基因1191个;GO功能富集分析显示,差异基因主要富集在代谢过程、活性激活、氧化还原及线粒体等;KEGG通路富集分析显示,差异富集在代谢、能量物质合成、糖尿病、氧化应激等相关信号通路;亚细胞定位统计分析显示,差异蛋白主要在线粒体蛋白(24.24%)、胞质蛋白(17.51%)、细胞核蛋白(13.13%)、细胞膜蛋白(11.45%)、细胞外蛋白(10.77%)。结论线粒体氧化应激损伤可能参与AVF内膜增生狭窄的病理损害过程。展开更多
文摘目的构建小鼠颈内动静脉内瘘(arteriovenous fistula,AVF)模型,筛选AVF内膜增生狭窄过程中的差异表达基因,分析研究参与AVF内膜增生狭窄的异常表达信号通路及作用机制。方法选取雄性C57BL/6小鼠46只,按简单随机法分为AVF组和假手术组,每组23只。AVF组行小鼠颈内AVF成形术,假手术组分离右侧颈外静脉、颈总动脉后缝合切口。应用转录组学可逆链终止物和合成测序法测定AVF内膜增生狭窄小鼠全基因组序列,建立微阵列数据集;应用基因芯片数据分析多重假设检验校正(Benjamini&Hochberg法)筛选AVF增生狭窄过程中的差异表达基因;利用R语言富集分析筛选AVF内膜增生狭窄过程中的差异表达基因,并对差异表达基因及信号通路进行基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;应用多样性增量分析BUSCA软件进行AVF增生狭窄差异表达基因亚细胞定位;应用STRING数据库及Cytoscape软件进行差异表达基因的蛋白网络互作可视化分析。结果AVF组造模成功21只,失败2只,故最终AVF组21只,假手术组亦仅执行手术操作21只。小鼠颈内AVF模型创新采用连续⁃间断缝合法,提高了此模型建模的成功率。差异基因测序比对分析显示,AVF增生狭窄过程中差异表达基因2514个,其中上调基因1323个,下调基因1191个;GO功能富集分析显示,差异基因主要富集在代谢过程、活性激活、氧化还原及线粒体等;KEGG通路富集分析显示,差异富集在代谢、能量物质合成、糖尿病、氧化应激等相关信号通路;亚细胞定位统计分析显示,差异蛋白主要在线粒体蛋白(24.24%)、胞质蛋白(17.51%)、细胞核蛋白(13.13%)、细胞膜蛋白(11.45%)、细胞外蛋白(10.77%)。结论线粒体氧化应激损伤可能参与AVF内膜增生狭窄的病理损害过程。