基于转录组测序探究TGF-β对成纤维细胞作用的机制研究

目的基于转录组RNA测序筛选转化生长因子β(transforming growth factor-beta,TGF-β)刺激的成纤维细胞与正常成纤维细胞的差异mRNA。方法对正常人成纤维MRC-5细胞和经20 ng/mL TGF-β刺激24 h后的MRC-5细胞进行转录组RNA测序,筛选出两组之间的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行生物信息学分析,包括基因功能(GO)、京都基因百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质相互作用网络分析(PPI)以及相关基因对肿瘤生存预后的影响。结果筛选出在33692个基因中差异表达的mRNAs共161个,其中上调39个,下调122个;GO分析表明,DEGs主要富集的生物学过程包括核苷酸生物合成、代谢和神经元凋亡、坏死等过程;KEGG通路富集发现这些信号主要涉及核苷酸生物合成过程,核苷磷酸代谢过程,神经元凋亡等过程,其中核苷酸生物合成在6条信号通路中均被富集到;利用TCGA数据库对膀胱癌(BLCA)进行生存分析发现TGFB1I1、HYOU1和CAT基因同时高表达时,与患者较差预后显著相关。结论mRNA在TGF-β刺激后的成纤维细胞和正常成纤维细胞中存在表达差异,筛选出在BLCA病人中表达的TGFB1I1、HYOU1和CAT,有望作为患者的预后标志物。