基于GEO数据库筛选狼疮性肾炎的关键基因和信号通路

目的·利用生物信息学分析方法筛选狼疮性肾炎相关差异表达基因及相关信号通路。方法·从GEO公共数据库中下载GSE32591数据集矩阵数据,应用R软件limma包进行标准化以及筛选差异表达基因,应用ggpubr和pheatmap包对差异基因绘制火山图及热图。应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析,使用R语言ggplot包绘制柱状图及气泡图。运用STRING和Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,应用MCODE及cytohubba插件筛选出参与狼疮性肾炎的最显著模块及枢纽基因。采用GSE99339数据集验证枢纽基因的差异表达。结果·通过limma包分析GSE32591数据集,获得了367个差异表达基因,包括253个上调基因及114个下调基因。GO分析和KEGG通路富集分析表明,差异表达基因在病毒防御反应、质膜外侧、甲型流感、结核病、EB病毒感染、补体途径等方面显著富集。应用STRING和Cytoscape构建了差异表达基因的蛋白互作网络,并鉴定出与狼疮性肾炎相关的10个枢纽基因,在验证数据集GSE99339中有显著的差异表达。结论·获得的367个差异表达基因和10个枢纽基因可能是狼疮性肾炎潜在的生物标志物。

基于GEO数据库的IgA肾病基因的筛选和生物信息学分析

目的通过生物信息学分析鉴定IgA肾病的生物标志物,旨在阐明IgA肾病疾病进展的可能分子机制。方法从GEO数据库下载包含IgA肾病患者和健康对照的微阵列数据集GSE104948、GSE93798和GSE37460数据集,并使用limma R包进行分析,以获得差异表达基因。然后进行GO分析和KEGG通路富集分析,运用STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作网络以阐明IgA肾病的分子机制。结果应用limma R包分析鉴定出30个DEG,包括16个上调基因,14个下调基因。FN1和COL1A2等上调基因主要参与细胞外基质受体互作及PI3K-Akt信号通路。IgA肾病中ALB基因显著下调。FN1,COL1A2,ALB和FABP1基因被筛选为枢纽基因。结论FN1、COL1A2、ALB和FABP基因可能在IgA肾病的发展中起重要作用,并可能作为诊断和治疗IgA肾病的潜在分子靶标。

ARMC7对膀胱癌细胞增殖和迁移能力的影响

目的探索ARMC7在膀胱癌细胞中的表达情况及其对膀胱癌细胞增殖和迁移能力的影响。方法下载Human Protein Atlas数据库中膀胱尿路上皮癌的生存预后数据,并应用R软件中的survminer包选择ARMC7表达的最佳截止值进行生存分析;采用Western blot方法检测膀胱癌细胞系以及人正常膀胱上皮细胞SVHUV-1中ARMC7的蛋白表达情况;构建稳定高表达ARMC7的J82和5637细胞系;采用CCK-8检测转染ARMC7对膀胱癌细胞J82和5637增殖能力的影响;采用划痕实验检测转染ARMC7对膀胱癌细胞J82和5637迁移能力的影响。结果膀胱癌组织中ARMC7的低表达与膀胱癌患者的不良预后显著相关(P<0.05);膀胱癌细胞系中ARMC7的蛋白表达显著低于人正常膀胱上皮细胞SV-HUV-1(P<0.01),ARMC7高表达能够显著抑制膀胱癌细胞的增殖和迁移能力(P<0.01)。结论ARMC7能够抑制膀胱癌细胞的增殖和迁移,且其表达水平与膀胱癌患者的预后显著相关。

乳腺癌患者预后评估模型的构建

目的筛选影响乳腺癌患者预后的预测因素,构建评价乳腺癌患者预后的模型。方法SEER数据库获得2010—2015年间119779名乳腺癌患者的临床和随访数据,将所有病例随机分为70%(83854名)的训练集以及30%(35925名)的验证集。利用Lasso回归筛选出对预测乳腺癌患者预后有意义的预测因子,并构建Cox比例风险模型,利用受试者工作曲线(ROC曲线)分别在训练集以及验证集中评价模型的鉴别能力,并与单纯纳入TNM预后分期因素(原发肿瘤大小、区域淋巴结以及远处转移)以预测患者预后的准确性进行对比。利用校准图评价模型的准确性。结果年龄、种族、肿瘤分级、肿瘤大小、分子分型、手术治疗、淋巴结状态、远处转移是能够预测患者生存的独立预测因子。在训练集中,1年、3年、5年ROC曲线下面积分别为0.840、0.812、0.797,在验证集中为0.712、0.707、0.684。当单纯纳入TNM预后因素时为0.738、0.714、0.693。1年、3年、5年校准图显示了模型具有良好的预测准确性。结论与单纯依靠传统的TNM预后因素预测预后相比,该模型能够更准确的量化、评估患者的预后,可为医生、病人以及医疗政策制定者提供直观的信息。