基于转录组测序挖掘人工培养冬虫夏草僵虫颜色变化相关基因

为探讨人工培育冬虫夏草(Ophiocordyceps sinensis)颜色较野生冬虫夏草更黑的原因,以人工培养冬虫夏草僵虫和野生冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序,通过DESeq筛选获得890个差异表达基因,其中上调表达基因479个,下调表达基因411个。GO富集分析结果显示:在生物过程中,差异表达基因主要富集于细胞过程、代谢过程、单一生物过程、生物调节、生物过程调节、响应刺激等二级单元;在细胞组成中,差异表达基因主要富集于细胞、细胞器、膜、大分子复合物等二级单元;在分子功能中,差异表达基因主要富集于结合、催化活性、运输活性等二级单元。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因主要富集于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、翻译、糖代谢、脂代谢、转运和分解代谢等途径。筛选到49个与活性氧代谢、酚氧化酶类、氧化还原酶类、过氧化物酶类、黑化反应相关的差异表达基因,其中tyr1可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键酶基因。

基于高通量测序的人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化转录组分析

目的:探索人工培殖冬虫夏草Cordyceps sinensis(BerK.)Sacc.外观品质形成的分子基础。方法:以重庆和康定人工培殖冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术进行转录组测序分析,基于差异倍数(FC)和错误发现率(FDR)筛选差异表达基因,具体筛选条件为|log2FC|>1、FDR<0.05。结果:共获得21942个转录本,利用DEGSeq筛选获得1575个差异表达基因,其中上调表达基因626个、下调表达基因949个;基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示,这些差异表达基因主要集中于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、糖代谢、转运和分解代谢、辅酶因子和微生物代谢等途径;筛选到66个颜色变化差异表达基因,包含46个氧化还原酶活性相关基因、12个过氧化物酶体相关基因、3个单加氧酶活性调节相关基因、3个黑化反应相关基因、2个活性氧代谢相关基因,其中tyr1、TYR基因可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键功能基因。结论:利用高通量测序技术和生物信息分析获得了人工培殖冬虫夏草僵虫转录组信息特征,为阐明人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化的调控机制研究提供参考。

基于转录组的冬虫夏草菌微循环产孢研究

\为研究冬虫夏草菌(Ophiocordyceps sinensis)微循环产孢过程中的分子机理,采用高通量测序技术,对微循环产孢前后冬虫夏草菌的转录组进行研究。筛选获得差异表达基因6902个。Gene Ontology(GO)功能聚类分析表明,差异表达基因主要参与分子功能、胞内运输、核糖核蛋白复合体等生物学通路。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能富集分析结果表明,差异表达基因参与了核糖体、嘧啶代谢、蛋白酶体、嘌呤代谢、甘氨酸代谢等过程。Mmc、Mcb、MaH1、MaPP5、MaAGA、Pyk等候选基因不同程度的参与了冬虫夏草菌微循环产孢过程,其中Mcb家族基因可能起到关键作用。通过qRT-PCR验证差异表达基因,定量结果与转录组测序结果一致。本研究为进一步揭示冬虫夏草菌微循环产孢分子机制以及关键基因的调控提供了重要信息。

退化和复壮蜜环菌菌株几个胞外酶活性的比较及转录组分析

为探讨退化和复壮后蜜环菌(Armillaria mellea)菌株几个胞外酶活性的变化情况,将野生蜜环菌菌株连续伴栽天麻4次获得退化菌株,退化菌株经过氨水诱变选育后获得复壮菌株。以野生菌株为对照,将野生菌株、退化菌株、复壮菌株伴栽天麻,分别记录菌索萌发时间,计算平均生长速率,同时观察菌索的密度、粗细、分枝数和颜色,测定天麻产量和天麻素含量以及蜜环菌的漆酶、淀粉酶、纤维素酶、果胶酶、木聚糖酶活性,并进行蜜环菌野生菌株、退化菌株、复壮菌株转录组测序和分析,测定漆酶相关差异基因的相对表达量。结果表明:与野生菌株相比,退化菌株的菌索密度下降,菌索变细,分枝数量减少,菌索变成黑褐色,而复壮菌株的基本没有变化;与野生菌株相比,退化菌株伴栽天麻的产量和天麻素含量均显著下降,而复壮菌株无显著性差异;退化菌株的漆酶活性显著下降,活性仅为野生菌株的1/3,而复壮菌株的漆酶活性无显著性差异;在菌株退化、复壮过程中,漆酶活性与天麻产量和天麻素含量密切相关,变化规律一致;与野生菌株相比,退化菌株的淀粉酶、纤维素酶、果胶酶、木聚糖酶活性无显著性差异,而复壮菌株的果胶酶、木聚糖酶活性显著增加;与野生菌株相比,退化菌株显著差异表达的基因有6153个,其中上调表达的基因有3285个,下调表达的基因有2858个,筛选得到漆酶相关基因35个,退化菌株上调表达的基因有3个,下调表达的基因有8个,在复壮菌株中基因Unigene15885和Unigene19647上调表达量降低,且基因Unigene29569由退化菌株的上调表达变为下调表达,基因Unigene38073、Unigene34671、Unigene35295和Unigene31859下调表达量降低,基因Unigene31095、Unigene 8137、Unigene 33525和Unigene 23435由退化菌株的下调表达变为上调表达。

南阳牛的品种特性及遗传资源保护

文章对南阳牛的品种特性、资源现状进行概述,提出南阳牛的保护策略,为南阳牛遗传资源的保护提供参考。