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了哥王叶绿体基因组分析
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作者 吴民华 叶晓霞 +3 位作者 谭靖怡 梁秋婷 吴子健 黄琼林 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期297-305,共9页
【目的】阐明药用植物了哥王Wikstroemia indica的叶绿体基因组结构特点及系统进化地位,为了哥王的资源保护和可持续利用提供科学依据。【方法】采用Illumina测序平台进行了哥王叶绿体基因组测序,并通过生物信息技术和软件进行序列拼接... 【目的】阐明药用植物了哥王Wikstroemia indica的叶绿体基因组结构特点及系统进化地位,为了哥王的资源保护和可持续利用提供科学依据。【方法】采用Illumina测序平台进行了哥王叶绿体基因组测序,并通过生物信息技术和软件进行序列拼接、注释以及比对和系统进化分析。【结果】了哥王叶绿体基因组全长为149864 bp,由86347 bp的大单拷贝区(LSC)、10601 bp的小单拷贝区(SSC)以及穿插在它们之间均为26458 bp的一对反向重复区(IR)构成,具有环状双链四分体结构,包含124个基因。在了哥王叶绿体基因组中共找到64种24180个密码子,其中30种为高频使用密码子,高频使用密码子中又有29种是以A/T结尾;搜索到93个简单重复序列(SSR),其中单核苷酸重复居多(72个),且以A或T及两者组合形成的基序为优势基序。了哥王与近缘植物的叶绿体基因组IR边界存在较为明显的变异。序列比较和系统进化树显示了哥王与同属细轴荛花W.nutans具有最高的序列同源性。【结论】了哥王叶绿体基因组具有植物叶绿体基因组的典型结构,有密码子使用偏好性,含多态性较为丰富的SSR,且与细轴荛花的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 了哥王 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 序列比对 系统进化关系
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五指毛桃叶绿体基因组结构与序列特征分析
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作者 黄琼林 谭靖怡 +3 位作者 叶晓霞 梁秋婷 蒲柳池 吴民华 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期323-331,共9页
【目的】阐明药食两用植物五指毛桃的叶绿体基因组结构及其系统进化关系,为其资源利用和产品开发等研究提供基因组信息。【方法】采用高通量测序技术对五指毛桃叶绿体基因组测序,并借助生物信息工具和软件进行序列拼接、注释、比对和系... 【目的】阐明药食两用植物五指毛桃的叶绿体基因组结构及其系统进化关系,为其资源利用和产品开发等研究提供基因组信息。【方法】采用高通量测序技术对五指毛桃叶绿体基因组测序,并借助生物信息工具和软件进行序列拼接、注释、比对和系统进化分析。【结果】五指毛桃叶绿体基因组为环状双链四分体分子,长度160 340 bp,GC含量为35.9%,包含130个基因。该基因组含有26 679个密码子,偏好使用以A/T结尾的密码子;共有93个简单重复序列,其中以A/T形成的单、二核苷酸重复为优势重复基序。五指毛桃与其他榕属植物相比,叶绿体基因组序列同源性较高,碱基变异位点数量较少,主要分布在非编码区域如rpoB-trnC、trnT-trnL、rpl32-trnL等,与薜荔具有最高的序列相似度。【结论】五指毛桃叶绿体基因组具有典型的高等植物叶绿体基因组结构和基因组成,存在密码子偏好性,包含类型丰富的简单重复序列,且与同属植物薜荔的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 五指毛桃 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 序列比对 系统进化关系
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三桠苦叶绿体基因组结构和序列特征分析
3
作者 吴民华 陈依虹 +3 位作者 谭靖怡 邹山扬 叶晓霞 黄琼林 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期42-49,共8页
为了探明岭南地区特色中药三桠苦的叶绿体基因组结构和序列特征,以三桠苦叶片为材料,采用试剂盒法提取DNA和构建测序文库,利用Novaseq平台进行高通量测序,再结合生物信息学手段进行序列拼接、注释和特征分析。结果显示:三桠苦叶绿体基... 为了探明岭南地区特色中药三桠苦的叶绿体基因组结构和序列特征,以三桠苦叶片为材料,采用试剂盒法提取DNA和构建测序文库,利用Novaseq平台进行高通量测序,再结合生物信息学手段进行序列拼接、注释和特征分析。结果显示:三桠苦叶绿体基因组为158992 bp的环状四分体分子,含有134个基因;在三桠苦叶绿体基因组内找到86个简单重复序列,主要是A/T单核苷酸重复;检测到26907个密码子,以A/T结尾的密码子有着更高的使用频次;序列比较分析表明,三桠苦与同科植物在非编码区存在更明显的序列变异;系统进化树揭示不同来源的三桠苦亲缘关系最近,但在基因组成和碱基序列上呈现出多样性。 展开更多
关键词 三桠苦 叶绿体基因组 结构特征 序列比对
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五爪金龙叶绿体基因组特征分析
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作者 黄琼林 陈依虹 +3 位作者 叶晓霞 谭靖怡 梁秋婷 吴民华 《广西科学》 CAS 北大核心 2024年第3期451-458,共8页
为了阐明药用植物五爪金龙Ipomoea cairica的叶绿体基因组特征,选用五爪金龙叶片为样品,采用试剂盒法提取DNA并建立测序文库,随后使用新一代细胞器基因组测序技术进行高通量测序,并利用生物信息学手段进行序列组装和特征分析。结果显示... 为了阐明药用植物五爪金龙Ipomoea cairica的叶绿体基因组特征,选用五爪金龙叶片为样品,采用试剂盒法提取DNA并建立测序文库,随后使用新一代细胞器基因组测序技术进行高通量测序,并利用生物信息学手段进行序列组装和特征分析。结果显示,五爪金龙叶绿体基因组为环状双链四分体分子,全长161780 bp,由88205 bp的大单拷贝区(Large Single Copy,LSC)、30747 bp的反向重复区(Inverted Repeat,IR)A、12081 bp的小单拷贝区(Small Single Copy,SSC)和30747 bp的反向重复区B(IRB)排列而成,含有131个基因;共有28757个密码子,偏好使用以A或T结尾的密码子;存在67个简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),并以A/T单核苷酸重复居多。五爪金龙与近缘植物在IRB-SSC边界之间存在较为明显的变异,与同属三裂叶薯I.triloba、番薯I.batatas等的亲缘关系更近。本研究报道了五爪金龙叶绿体基因组的结构和序列组成,并分析其特征,为五爪金龙的物种鉴定、遗传进化及开发利用提供了基因组信息。 展开更多
关键词 五爪金龙 叶绿体基因组 密码子偏好性 简单重复序列 系统进化关系
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鸡矢藤叶绿体基因组分析
5
作者 吴民华 吴子健 +3 位作者 叶晓霞 谭靖怡 王燊 黄琼林 《河南农业科学》 北大核心 2024年第1期70-77,共8页
为了阐明岭南特色药用植物鸡矢藤的叶绿体基因组序列特征,采用高通量测序技术开展鸡血藤叶绿体基因组测序,再借助生物信息学方法对测得序列进行拼接、注释和比对分析。结果表明,鸡矢藤叶绿体基因组为153456 bp的环状双链四分体结构,共编... 为了阐明岭南特色药用植物鸡矢藤的叶绿体基因组序列特征,采用高通量测序技术开展鸡血藤叶绿体基因组测序,再借助生物信息学方法对测得序列进行拼接、注释和比对分析。结果表明,鸡矢藤叶绿体基因组为153456 bp的环状双链四分体结构,共编码133个基因。在鸡矢藤叶绿体基因组中发现54个简单重复序列,其中A/T单核苷酸重复最多,占比61.1%;共找到26983个密码子,第3位碱基是A/T的密码子具有更高的使用频次。序列比对分析显示,鸡矢藤等5种茜草科植物在基因间隔区和内含子等非编码区域存在显著的碱基突变。系统进化树清晰地展现了鸡矢藤在茜草科内的进化位置,且不同来源的鸡矢藤序列同源性高。 展开更多
关键词 鸡矢藤 叶绿体基因组 序列特点 序列比对 系统进化分析
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密花豆叶绿体基因组序列特征及密码子偏好性分析 被引量:2
6
作者 吴民华 叶晓霞 +3 位作者 谭靖怡 王燊 沈诗焕 黄琼林 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1633-1645,共13页
【目的】分析密花豆叶绿体基因组序列特征及密码子偏好性,为密花豆种质鉴定、分子育种及资源保护利用提供理论参考。【方法】利用高通量测序技术对密花豆的叶绿体基因组进行测序,结合生物信息学软件和工具对序列进行拼接、注释及序列特... 【目的】分析密花豆叶绿体基因组序列特征及密码子偏好性,为密花豆种质鉴定、分子育种及资源保护利用提供理论参考。【方法】利用高通量测序技术对密花豆的叶绿体基因组进行测序,结合生物信息学软件和工具对序列进行拼接、注释及序列特征和密码子偏好性分析,并通过构建系统发育进化树解析密花豆的进化地位。【结果】密花豆叶绿体基因组全长为152275 bp,是由83924 bp的大单拷贝(LSC)区、25113 bp的反向重复A(IRA)区、18125 bp的小单拷贝(SSC)区和25113 bp的反向重复B(IRB)依次排列而成的环状双链四分体分子。密花豆叶绿体基因组共注释到129个基因,包括84个蛋白编码基因(PCGs),8个rRNA和37个tRNA。密花豆叶绿体基因组在自然选择为主的多因素作用下,偏好使用以A或T结尾的密码子,最优密码子是GCT、AGA、CGA、AAT、TGT、CAA、GAA、GGT、CAT、ATA、TTA、AAA、TTT、CCT、TCA、ACT、TAT和GTT。从密花豆叶绿体基因组检测到117个SSR位点,由单、二、三、四核苷酸重复基元组成,其中以单、二核苷酸复基元数量较多,分别占SSR位点总数的50.4%和36.8%,且单、二、三、四核苷酸重复基元均以A或T及其组合为主。叶绿体基因组在密花豆属内和属间均存在较明显的碱基突变,密花豆与同属的美丽密花豆的叶绿体基因组序列相似性最高,说明二者亲缘关系最近。【结论】密花豆叶绿体基因组具有植物叶绿体基因组典型的结构特点,在密花豆属内及属间均有较好的鉴别效果,且其密码子偏好性是多因素共同作用的结果,其中自然选择是主要决定因素,但碱基突变以及其他因素对密码子使用偏好也有一定影响。 展开更多
关键词 密花豆 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 系统发育分析
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半边旗叶绿体基因组及其结构分析 被引量:1
7
作者 黄琼林 叶晓霞 +4 位作者 谭靖怡 王燊 黄学山 赖嘉琪 吴民华 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1288-1295,共8页
目的获得半边旗Pteris semipinnata L.叶绿体基因组序列信息,明确其叶绿体基因组的结构特点和系统进化关系。方法通过高通量测序技术进行半边旗叶绿体基因组的测序,使用生物信息学方法对其进行组装和注释,分析其密码子偏好性、简单重复... 目的获得半边旗Pteris semipinnata L.叶绿体基因组序列信息,明确其叶绿体基因组的结构特点和系统进化关系。方法通过高通量测序技术进行半边旗叶绿体基因组的测序,使用生物信息学方法对其进行组装和注释,分析其密码子偏好性、简单重复序列,比较其与近缘物种的序列变异,并构建系统进化树。结果半边旗叶绿体基因组大小为162270 bp,为环状双链四分体结构,包括81963 bp的大单拷贝区,21125 bp的小单拷贝区,以及两个29591 bp的反向重复区。半边旗叶绿体基因组共注释到131个基因,其中蛋白编码基因88个,rRNA基因8个,tRNA基因35个。半边旗叶绿体基因组偏好使用以A/T碱基结尾的密码子,且检测到的59个简单重复序列中,以A或T碱基的单核苷酸重复为主。序列比对和系统进化分析显示半边旗与同属植物井栏边草、蜈蚣草同源性最高。结论该研究丰富了蕨类药用植物的叶绿体基因组资料,也为半边旗的物种鉴别、遗传多样性和进化发育等可持续性研究奠定了基础。 展开更多
关键词 半边旗 叶绿体基因组 结构分析 系统进化 鉴别
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基于网络药理学结合分子动力学模拟探究七气消聚散治疗肝硬化的作用机制
8
作者 陈依虹 邹山扬 +4 位作者 谭靖怡 杨亚军 陈妹 吴郴凤 吴民华 《广东医科大学学报》 2023年第5期518-525,共8页
目的采用网络药理学方法结合分子对接探究七气消聚散(QQXJ)治疗肝硬化的潜在机制,为其治疗肝硬化提供理论依据。方法使用TCMSP数据库获取QQXJ的药物作用基因,并从DisGeNET、DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库获得肝硬化疾病基因。... 目的采用网络药理学方法结合分子对接探究七气消聚散(QQXJ)治疗肝硬化的潜在机制,为其治疗肝硬化提供理论依据。方法使用TCMSP数据库获取QQXJ的药物作用基因,并从DisGeNET、DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库获得肝硬化疾病基因。将药物与疾病的交集基因导入至String平台构建蛋白互作(PPI)网络,并进行GO和KEGG通路富集分析、生物信息学分析、分子对接和分子动力学模拟。结果获得QQXJ与肝硬化共55个交集基因,其中MYC、RELA、CCND1、TP53为肝硬化治疗的关键靶点。分子对接实验及分子动力学模拟分析提示,木犀草素-CCND1复合物有较好的稳定性。富集分析结果显示QQXJ可调节P53、PI3K/AKT、丙型肝炎等多种通路。结论QQXJ可通过多成分、多靶点、多通路影响肝硬化进展,其可能通过抗炎和影响细胞凋亡来治疗肝硬化。 展开更多
关键词 肝硬化 七气消聚散 网络药理学 分子对接 作用机制
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三种红花油茶花营养成分分析及氨基酸评价 被引量:9
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作者 杨柳 吴雪辉 +2 位作者 沈冰 郑志丹 谭靖怡 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2015年第23期358-362,共5页
为了解红花油茶花的营养价值,以目前主要推广种植的浙江、腾冲、广宁3个红花油茶品种的花为原料,测定蛋白质、粗脂肪、总糖、还原糖、多糖、氨基酸、黄酮、多酚、花青素和维生素C等主要营养成分,并进行评价。结果表明:红花油茶花营养... 为了解红花油茶花的营养价值,以目前主要推广种植的浙江、腾冲、广宁3个红花油茶品种的花为原料,测定蛋白质、粗脂肪、总糖、还原糖、多糖、氨基酸、黄酮、多酚、花青素和维生素C等主要营养成分,并进行评价。结果表明:红花油茶花营养成分丰富,其中总糖、还原糖和多糖含量较高,分别为31%~37%、17%~26%和7.1%~8.2%,蛋白质含量在3.2%~3.6%之间;抗氧化成分含量较高,黄酮和多酚含量高达3000 mg/100 g以上,花青素为251~416 mg/100 g,维生素C为10~21 mg/100 g;3种红花油茶花营养成分的主成分分析显示,浙江红花、腾冲红花和广宁红花油茶花中营养成分综合评分分别为2.630、-0.428和2.032,说明浙江红花油茶花的营养价值较好。3种红花油茶花的氨基酸种类齐全、含量丰富,总量介于145.65~171.72 mg/100 g之间,均含有7种以上人体必需氨基酸;浙江红花油茶花的氨基酸比值得分最高;腾冲红花油茶花的蛋白质消化利用率最高,且其味觉氨基酸比例最优。在既定的测定范围内,综合分析表明浙江红花油茶花的营养价值最好。 展开更多
关键词 红花油茶花 营养成分 主成分分析 氨基酸评价
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压力罐消解-氢化物原子荧光光谱法测定婴儿配方乳粉中硒的方法探讨 被引量:3
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作者 谭靖怡 王晶 +1 位作者 罗欣阳 梁旭霞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2018年第12期2980-2985,共6页
目的探讨压力罐消解-氢化物原子荧光光谱法测定婴儿配方乳粉中硒的测定条件。方法通过压力罐消解和微波消解对比实验、样品重复性实验,用氢化物发生原子荧光光谱(hydride generation atomic fluorescence spectrometry,HG-AFS)和电感耦... 目的探讨压力罐消解-氢化物原子荧光光谱法测定婴儿配方乳粉中硒的测定条件。方法通过压力罐消解和微波消解对比实验、样品重复性实验,用氢化物发生原子荧光光谱(hydride generation atomic fluorescence spectrometry,HG-AFS)和电感耦合等离子体质谱(inductively coupled plasma mass spectrometry,ICP-MS)测定的结果相互比对,确定压力罐消解的可行性以及消解最佳温度;通过测定10μg/L硒溶液和一系列含不同浓度干扰元素的10μg/L硒溶液中硒的荧光强度,计算硒含量的回收率,并与各元素在婴儿配方乳粉中的最高限量对比,讨论HG-AFS法测定时添加铁氰化钾的不必要性。结果采用压力罐消解,消解温度为160℃时,HG-AFS法和ICP-MS法的测定结果无显著差异,精密度分别为1.95%和1.49%;在其他必需矿物质元素含量符合限量要求时,各元素对HG-AFS法测定硒的含量没有干扰。结论压力罐消解法适合于作为HG-AFS法测定婴儿配方乳粉中的硒的前处理方法,该方法操作简单,稳定性好,试剂消耗量少,适合处理大批量样品;HG-AFS法测定婴儿配方乳粉中的硒不必添加铁氰化钾。 展开更多
关键词 婴儿配方乳粉 压力罐消解法 氢化物原子荧光光谱法 铁氰化钾
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火焰法测定酒类中铅的含量快速且高灵敏度方法探讨 被引量:1
11
作者 林永瀚 陈晓敏 谭靖怡 《酿酒》 CAS 2016年第2期111-112,共2页
酒类中的铅含量的测定用火焰法同样能做到低检出限,而且比石墨炉法用时更少,也不需要通过有机溶剂进行富集,简化实验过程,实现快速检测的目的。检出限为0.03mg/L,铅的浓度为0.1mg/L时加标回收率都能达到90%以上,稳定性好,分别对白酒、... 酒类中的铅含量的测定用火焰法同样能做到低检出限,而且比石墨炉法用时更少,也不需要通过有机溶剂进行富集,简化实验过程,实现快速检测的目的。检出限为0.03mg/L,铅的浓度为0.1mg/L时加标回收率都能达到90%以上,稳定性好,分别对白酒、白兰地、啤酒、葡萄酒和黄酒分别进行测试,结果满意。 展开更多
关键词 火焰法 酒类
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离子色谱法测定包装饮用水中的溴酸盐不确定度评定 被引量:15
12
作者 汪廷彩 谭靖怡 +2 位作者 蔡展帆 高齐 梁旭霞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2018年第12期2993-2997,共5页
目的评定离子色谱法测定包装饮用水中溴酸盐含量的不确定度。方法根据GB/T 5750.10-2006《生活饮用水标准检验方法消毒副产物指标》建立数学模型,参考JJF 1059.1-2012《测量不确定度评定与表示》对本方法的各个不确定度来源如标准溶液(... 目的评定离子色谱法测定包装饮用水中溴酸盐含量的不确定度。方法根据GB/T 5750.10-2006《生活饮用水标准检验方法消毒副产物指标》建立数学模型,参考JJF 1059.1-2012《测量不确定度评定与表示》对本方法的各个不确定度来源如标准溶液(包括标准物质、标准储备液配制、标准系列溶液配制)、测量结果重复性、最小二乘法拟合标准工作曲线等进行分析和量化。结果通过计算,水中溴酸盐含量测定的合成标准不确定度为0.000312 mg/L,扩展不确定度为0.0006 mg/L,测量结果表示为(0.0124±0.0006)mg/L(置信区间P=95%,k=2)。结论本方法的不确定度主要来源是标准曲线的拟合和标准系列溶液的配制。 展开更多
关键词 溴酸盐 不确定度 包装饮用水 离子色谱
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巧克力中镉的定量测定能力验证结果与分析 被引量:2
13
作者 蔡展帆 陈晓敏 +6 位作者 熊含鸿 陈科 谭靖怡 张佩霞 章锦涵 高齐 梁旭霞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2018年第12期2941-2946,共6页
目的通过参加FAPAS 07300"巧克力中铅、镉测定"能力验证,提高实验室对食品中镉的检测能力。方法针对FAPAS 07300样品,设计合适的检测实验方案,采用微波消解法对样品进行前处理,采用石墨炉原子吸收光谱法(graphite furnace ato... 目的通过参加FAPAS 07300"巧克力中铅、镉测定"能力验证,提高实验室对食品中镉的检测能力。方法针对FAPAS 07300样品,设计合适的检测实验方案,采用微波消解法对样品进行前处理,采用石墨炉原子吸收光谱法(graphite furnace atomic absorption spectroscopy,GFAAS)和电感耦合等离子体质谱法(inductively coupled plasma massspectrometry,ICP-MS)进行检测,并通过多种质量控制措施对测定结果进行评价。结果 FAPAS 07300样品的镉含量测定结果为120μg/kg,Z值为-0.1。结论实验检测能力评价为满意,表明本实验室巧克力中镉的定量测定能力较好。 展开更多
关键词 能力验证 石墨炉原子吸收光谱法 电感耦合等离子体质谱法
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基于磷含量的白兰地真假鉴别 被引量:2
14
作者 林永瀚 曾玩娴 +1 位作者 陈晓敏 谭靖怡 《食品安全导刊》 2016年第7X期75-75,共1页
白兰地的真假鉴别在我国暂时还是刚起步,在最新的鉴定规范中对于元素的分析只有铜含量作为依据,而白兰地是由葡萄发酵而来,不同品质的白兰地中磷的含量也会有所区别,因此本次实验用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)法来测定不同品牌的白兰... 白兰地的真假鉴别在我国暂时还是刚起步,在最新的鉴定规范中对于元素的分析只有铜含量作为依据,而白兰地是由葡萄发酵而来,不同品质的白兰地中磷的含量也会有所区别,因此本次实验用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)法来测定不同品牌的白兰地中磷的含量,根据磷的含量作为辨别不同白兰地的依据。在现有的国家标准中暂时没有白兰地的鉴别规范,只有广东省有一个关于白兰地真假鉴别方法的地方标准。 展开更多
关键词 地方标准 国外标准 橡木桶 元素分析 使用标准 酒质 磷标准溶液 蒸干 电离效率 等级差别
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应用ICP-MS在线内标法测定白酒中铅的方法研究
15
作者 陈晓敏 梁旭霞 +3 位作者 林永瀚 谭靖怡 章锦涵 张佩霞 《酿酒》 CAS 2017年第3期91-95,共5页
为了建立ICP-MS在线内标法测定白酒中铅的方法,以国产和进口2种白酒作为研究对象,通过酸化稀释法探索了白酒检测的适宜酒精度范围,并对ICP-MS工作参数及条件进行了优化。以铋(Bi)为内标,铅的线性范围为0~80μg/L,测定标准工作曲线,进行... 为了建立ICP-MS在线内标法测定白酒中铅的方法,以国产和进口2种白酒作为研究对象,通过酸化稀释法探索了白酒检测的适宜酒精度范围,并对ICP-MS工作参数及条件进行了优化。以铋(Bi)为内标,铅的线性范围为0~80μg/L,测定标准工作曲线,进行精密度试验与回收率试验,并确定该方法的最低检出限。结果显示:通过酸化稀释方法前处理操作,将白酒的酒精度控制在2%~5%的范围内检测,方法的检出限最低达到0.014μg/L,回收率在90%~110%,相对标准偏差(RSD)均小于5.2%,精密度和准确度满足痕量分析要求。采用该方法对白酒样品进行分析,具有准确、快速、简便的特点,可大大提高检测工作效率。 展开更多
关键词 电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS) 白酒 酸化稀释法
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