基于结构的CXCR4抑制剂的虚拟筛选

目的发现新的CXCR4抑制剂,进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析.方法以CXCR4为靶点,应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选.CXCR4晶体结构(PDB ID:3ODU)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物的三维结构从ZINC数据库下载,通过虚拟筛选工具PyRx导入,转换成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果经过高通量虚拟筛选,从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库,再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂.经过对建立的化合物数据库的3轮筛选,发现了5个高活性的CXCR4抑制剂.结论应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx,以CXCR4为靶点,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现5个新的CXCR4抑制剂.

基于结构的HIV-1蛋白酶抑制剂的虚拟筛选

目的通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现新的HIV蛋白酶抑制剂,并且对新的抑制剂与HIV蛋白酶的结合模型进行探索.方法以HIV蛋白酶为靶点,通过虚拟筛选程序AutoDock Vina对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选.与以前研究不同的是,本研究通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina.HIV蛋白酶晶体结构(PDB ID:4phv)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物结构下载自ZINC数据库,通过PyRx导入,处理成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果从大约2万个化合物库中进行高通量筛选,得到1 000个类药小分子化合物的库.再从这1 000个小分子化合物中筛选针对蛋白酶的抑制剂.通过对建立的化合物数据库进行3轮筛选,发现5个高活性的HIV蛋白酶抑制剂.结论 5个新的抑制剂的进一步开发,将对HIV的治疗和基础研究带来帮助.也对药物虚拟筛选和基于结构的药物开发提供新的信息.

HIV-1整合酶真核表达载体的构建及在Hela细胞中的表达和定位

目的构建重组基因表达载体pcDNA6/V5-HisA-IN并观察其在Hela细胞中的表达.对HIV-1整合酶表达以后在细胞里的定位情况进行研究.方法通过PCR扩增和定向克隆技术构建重组真核表达载体pcDNA6/V5-HisA-IN.以Lipofectamine2000介导转染Hela细胞.细胞用4%的多聚甲醛固定以后,经过PI对细胞核染色,整合酶抗体跟整合酶反应以后,用FITC标记的二抗进行孵育,用共聚焦显微镜观测整合酶在细胞中的表达情况.结果经过定向克隆和测序鉴定证实,重组真核表达载体pcDNA6/V5-HisA-IN构建成功.免疫荧光实验显示,Lipofectamine2000介导质粒转染Hela表达成功,整合酶主要定位在细胞核.结论 HIV-1整合酶真核表达载体构建成功,转染以后,整合酶表达并且主要定位在细胞核.

对虾白斑综合征病毒VP28免疫后克氏原螯虾血清酶活性及中和活性

利用原核表达的对虾白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)结构蛋白VP28口服免疫克氏原螯虾,以酚氧化酶和溶菌酶指标来监测机体的免疫反应,并检测免疫后的螯虾血清对WSSV的中和能力.结果表明VP28能有效激起机体的免疫反应,酚氧化酶活性始终处于较低的水平,低于GST对照组和健康组,溶菌酶活性则高于GST对照组和健康组.中和实验表明免疫血清具有一定的中和活性,但其保护作用不是通过VP28进入体内与细胞受体结合,来阻止病毒进入,而可能是通过病毒蛋白进入虾体后刺激机体产生或分泌某种中和因子,从而阻止病毒进入细胞或进入细胞后阻止进一步传播.

基于结构的HIV-1整合酶抑制剂的虚拟筛选

目的虚拟筛选基于结构的HIV-1整合酶抑制剂。方法从PDB(Protein Data Bank)下载HIV-1整合酶催化核心结构域与LEDGF/p75整合酶结合结构域(integrase binding domain,IBD)的晶体结构(PDB ID:2B4J),通过AutoDockTools对结构进行处理;从ZINC数据库下载化合物结构,用PyRx处理和转换成pdbqt格式,建立一个处理后的化合物数据库;以HIV整合酶为靶点,通过新的虚拟筛选工具PyRx运行AutoDock Vina,对ZINC数据库的化合物进行虚拟筛选;分析得到的小分子抑制剂与整合酶之间的结合情况,并用PyMol对小分子抑制剂与整合酶的结合模式进行3D建模。结果经3轮筛选,发现5个高活性的HIV-1整合酶抑制剂ZINC9486894、ZINC47636331、ZINC57383520、ZINC68964708、ZINC73549421;5个小分子抑制剂与整合酶之间的结合主要是氢键结合力和疏水相互作用。结论通过PyRx运行AutoDock Vina,从ZINC数据库的化合物中筛选出5个新的HIV-1整合酶抑制剂。