Netrin蛋白家族的进化分析

神经突起生长导向因子(Netrin)蛋白家族是分泌型蛋白质,其通过与不同的受体相互作用,在神经发育过程中起轴突导向和细胞迁移中发挥着双重导向功能.本文分别对涉及到细胞相互作用的Netrin基因家族的起源与进化进行研究.以进化史不同阶段的代表物种作为研究对象,通过使用MEGA的邻接法和似释然法分别对Netrin基因家族构建系统发育树;使用PAML 4.7工具以核苷酸序列作为分析材料进行选择压分析,筛选出发生正选择作用的位点;使用DIVERGE3.0软件对Netrin氨基酸序列进行功能分化分析,筛选出Ⅰ型和Ⅱ型功能分化位点.

《魏晋南北朝社会经济史探讨》即将出版

郑州大学历史研究所所长高敏教授,长期从事秦汉史、魏晋南北朝史的教学与研究,继中州古籍出版社出版的《秦汉魏晋南北朝土地制度研究》一书之后,人民出版社即将出版新著《魏晋南北朝社会经济史探讨》。该书内容包括土地制度、徭役制度、户籍制度、人口问题和阶级关系等方面专题研究论文,全书约30余万字,其中《杂户考》、《魏晋南北朝徭役制度杂考》等从未发表,部分论文虽在《历史研究》、《中国史研究》、《社会科学战线》、《史学月刊》等杂志上发表,收入本集时,都作了新的修改与补充,

《中国历史地理概论》(上册)已出版

上海师范大学副教授王育民著《中国历史地理概论》(上册),已由人民教育出版社出版。历史地理是介于历史科学和地理科学之间的边缘学科。作者对中国历史地理作出系统的可贵尝试,不仅反映了这一学科的最新水平,而且填补了这一学科的空白。全书上下两册。上册为中国历史自然地理和经济地理,约40万字,89幅插图(地图);

癌症相关基因的系统发育地层学研究

目的结合“癌症返祖假说”,从系统发育地层学角度分析单细胞生物到多细胞生物的演化过程,研究癌症相关基因的进化年代特征,为癌症机制研究和治疗方案开发提供参考。方法利用系统发育地层追踪方法Phylostratr定位人类所有蛋白质编码基因的进化起源,分析管家基因、癌症驱动基因、抑癌基因、原癌基因、中性基因和分化基因的进化年代特征,通过对数优势比、超几何分布比较不同功能类别基因及人类所有蛋白质编码基因的系统发育地层分布差异。利用TCGA获取肿瘤样本和正常样本基因表达数据,利用转录组年龄指数方法进行比较分析。结果人类20291条蛋白质编码基因根据序列比对结果中最远同源序列物种所在的地层被划分到27个地层中。鉴定4159个管家基因、527个癌症驱动基因、87个抑癌基因、134个原癌基因、10755个中性基因和4274个分化基因在系统发育地层拓扑结构中的分布特征,结果显示不同功能基因的系统发育地层分布与人类所有蛋白质编码基因相比有显著差异,其中癌症相关基因具有更古老的系统发育地层分布。胆管癌、结肠癌、肺腺癌、肝癌、头颈鳞状细胞癌、肾嫌色细胞癌的转录组年龄指数分析显示,肿瘤组织中高度保守的古老基因呈现更高表达。结论癌症相关基因在系统发育地层中具有更古老的进化起源,暗示其在物种进化过程中具有更保守的功能。肿瘤组织中高度保守的古老基因表达增强的现象,可用于探索肿瘤基因表达模式,为抗肿瘤药物新靶点发现及药物研究提供新思路。

脊椎动物酪氨酸激酶基因家族差异进化研究

酪氨酸激酶（PTKs）基因家族是后生动物信号网络的核心组分,在细胞通讯、细胞粘附、细胞增殖和分化过程中起着关键作用,与人类许多疾病的发展密切相关。根据结构的不同,PTKs可分为两类：胞质型酪氨酸激酶（CTKs）和受体型酪氨酸激酶（RTKs）。通过多角度进化分析,我们发现在脊椎动物进化过程中RTKs比CTKs经历了纯化选择压力的放松,拥有更复杂的谱系,发生了更显著的规模扩张和成员基因间的功能分化,组织表达分化更明显,催化更特异的底物发生磷酸化,参与更特异的细胞生化过程和作用通路,这些共同说明RTKs比CTKs功能上更加特化。我们推测RTKs和CTKs倍增后的差异进化和它们不同的亚细胞定位有关：CTKs位于胞质中,受到细胞内严格稳态环境更强烈的纯化选择,进化保守;而RTKs结合在膜上,细胞外基质中生长因子变化的浓度梯度、多样化的分泌型配体分子等因素可能提供选择优势,驱动RTKs发生微弱的加速进化和更显著的功能分化以适应脊椎动物体细胞胞外环境中的小幅变化。

THE DIFFUSION MODEL OF GENE IN THE POPULATION WITH OVERLAPPING GENERATION AND ITS HETEROZYGOSITY

The diffusion model in population genetics based on the stochastic theory has a great effect on the elucidation of both the genetic structure of Mendelian population and the molecular evolutionary mechanism. A series of formulas used to verify the hypothesis of evolution are mostly derived from the diffusion theory established by Kimura and his coworkers. It is worthwhile to go further into the fundamentals of the stochastic model.