跨膜蛋白201在肝细胞癌中的表达及其预后意义与作用机制

背景与目的:研究发现跨膜蛋白(TMEM)家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌(HCC)中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,进而探讨机制。方法:在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据,并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息,分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况,并绘制生存曲线,分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据,分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因,并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果:泛癌分析结果显示,TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示,TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(均P<0.05),且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示,TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示,TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外,功能富集分析显示,TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论:TMEM201在HCC组织中高表达,是影响HCC患者预后的独立危险因素,TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。

ATP结合盒转运蛋白A5在胰腺癌中的预后意义的生物信息学分析与验证

背景与目的:ATP结合盒(ABC)转运蛋白家族的成员ABCA5在多种肿瘤中发挥着重要的作用。然而,ABCA5在胰腺癌中的研究尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学分析及临床样本验证,探讨ABCA5在胰腺癌中的表达及与患者预后的关系,同时对ABCA5在胰腺癌中的可能作用机制进行分析。方法:使用TCGA和GEO数据库,分析ABCA5在胰腺癌组织及正常组织中的表达情况,并用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,Cox比例风险模型进行单因素与多因素分析。采用免疫组织化学法检测65例胰腺癌组织和癌旁组织中ABCA5的表达,并分析其与预后及胰腺癌临床病理特征的关系。使用TIMER、STRING和Gene MANIA数据库对ABCA5与免疫细胞浸润、蛋白互相作用网络(PPI)和基因-基因互作网络进行分析。利用基因富集分析(GSEA)和相关性分析对ABCA5在胰腺癌中可能参与的信号通路及其可能的作用机制进行探索。通过癌症药物敏感性基因组学(GDSC)分析ABCA5与治疗药物敏感性的关系。结果:在TCGA和GEO数据集中,ABCA5在胰腺癌组织中的表达明显低于正常组织(均P<0.05)。在TCGA和GSE62452数据集中,ABCA5低表达的患者生存时间明显缩短(均P<0.05);ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.458,P=0.001;HR=0.439,P=0.017)。65例临床病例分析显示,ABCA5在癌组织与癌旁组织相比处于低表达水平,且ABCA5低表达患者的预后更差(均P<0.05),单因素与多因素Cox回归分析表明ABCA5的表达是胰腺癌患者预后的独立影响因素(HR=0.327,P=0.032)。TIMER数据库结果显示,ABCA5表达与免疫浸润密切相关。PPI蛋白互作网络显示,有14个与ABCA5相关的互作蛋白;基因-基因互作关系网络图得到20个与ABCA5相关的互作基因。基因富集分析与相关性分析结果显示,ABCA5在胰腺癌中可能与细胞周期和铁死亡有关。ABCA5高表达患者对5种治疗药物的IC50明显低于ABCA5低表达患者(均P<0.05)。结论:ABCA5在胰腺癌组织中低表达并与患者不良预后相关,其表达水平是胰腺癌患者预后的独立影响因素,ABCA5在胰腺癌中的作用机制可能与细胞周期、免疫调节和铁死亡有关。

长链非编码TINCR介导乳腺癌化疗耐药的生物信息学分析

目的探讨长链非编码RNA-TINCR在耐药性乳腺癌中的表达、生物学功能、相关信号通路及其与患者预后的关系。方法利用GEPIA在线数据库比较人乳腺癌组织和正常组织中TINCR基因的mRNA的相对表达水平,通过qPCR方法验证敏感、耐药乳腺癌细胞中TINCR的表达量,借助Kaplan-Meier ploter在线数据库分析TINCR表达量高低与乳腺癌患者生存预后的关系。采用CCK8法检测改变TINCR表达量对肿瘤细胞化疗敏感性的改变,Metascape在线数据库预测TINCR的相互作用蛋白,借助DAVID对相关基因功能进行GO和KEGG信号通路功能富集分析。最后初步探讨耐药细胞中异常表达的TINCR是如何产生的。结果TINCR在乳腺癌组织及耐药乳腺癌细胞中高表达,升高TINCR表达水平可促进乳腺癌细胞对化疗药物的耐药,分析出TINCR相互作用蛋白有150个,这些蛋白调控蛋白质翻译、mRNA和rRNA的加工、mRNA的出核转运、核糖体小亚基的形成等生物学过程,信号通路富集结果主要分布在核糖体、冠状病毒疾病、剪切体、核质运输、mRNA监测通路等方面。TINCR启动子区具有ERα结合,且使用ERα抑制剂可显著抑制TINCR表达量。结论TINCR在耐药乳腺癌细胞中呈高表达水平,与患者的预后不良有关,对乳腺癌化疗耐药的预测具有重要意义。