2019—2021年武汉市致泻大肠埃希菌分子分型与耐药性研究

目的了解2019—2021年湖北省武汉市腹泻患者来源致泻大肠埃希菌的毒力基因分布、耐药情况以及种群多样性。方法定期收集来自武汉市5家医疗机构的致泻大肠埃希菌菌株并通过生化反应和飞行时间质谱进行确认。对经确认的菌株进行药敏试验以及多重PCR检测毒力基因。采用脉冲场凝胶电泳技术和多位点序列分型技术对收集的菌株进行分子分型。通过聚类比对和构建最小生成树进行同源性分析。结果收集到59株致泻大肠埃希菌,共检出3种基因型别。其中检出产肠毒素大肠埃希菌(ETEC)29株,占比最高为49.15%;肠集聚性大肠埃希菌(EAEC)、肠致病性大肠埃希菌(EPEC)各检出15株,占比均为25.42%。59株致泻性大肠埃希菌对除多黏菌素E外的11种抗生素表现出不同程度的耐药,对氨苄西林(67.80%)、萘啶酸(61.02%)、四环素(45.76%)、复方新诺明(37.29%)、头孢噻肟(30.51%)、氯霉素(13.56%)表现出较高的耐药性。EAEC和EPEC均存在14种不同的脉冲场凝胶电泳带型,均可被分为11种不同的ST型别。ETEC存在28种不同的脉冲场凝胶电泳带型,可被分为10种不同的ST型别,且超过50%的ETEC属于同一种优势克隆复合体CC-10。结论武汉市食源性致泻大肠埃希菌的污染长期存在且耐药情况严重,其中EAEC和EPEC型别多样,ETEC的优势克隆复合体CC-10被广泛检出。

2021年武汉市一起肠炎沙门菌引起的跨区食源性疾病暴发的病原学分析

目的对2021年武汉市一起跨区食源性疾病暴发事件进行病原菌的鉴定和溯源分析,查明事件暴发原因。方法采集此次食源性疾病暴发事件中相关人员的肛拭子样本、粪便样本和食品样本进行分离培养,用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定系统鉴定分离到的菌株,并进行血清学分型,耐药性敏感试验;采用脉冲场凝胶电泳法(PFGE)对本次事件的检出菌及近两年本地区临床散发病例的同型别菌株进行分子分型和聚类分析;提取本次事件病原菌和本地区同型别菌株的核酸进行全基因组测序,通过基因注释和序列比对分析病原菌的毒力因子与耐药基因,结合多位点序列分型,变异位点检测和不同地区同型别菌株的全基因组序列构建基于单核苷酸多态性的系统发育树对病原菌进行溯源。结果共分离出5株肠炎沙门菌,其中2株来自食物样本,3株来自患者粪便和肛拭子样本。5株检出菌的PFGE带型完全相同,均对抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑啉、头孢西丁、头孢呋辛、甲氧苄啶-磺胺甲恶唑耐药,携带相同的耐药基因和毒力因子,均为ST11型。本次事件检出菌株的序列间仅存在1个突变位点。检出菌的全基因组序列与本地肠炎沙门菌序列高度相似。结论肠炎沙门菌为本次事件的致病菌。经同源性分析,此株病原菌为本地区肠炎沙门菌流行株。全基因组测序技术可作为PFGE分子分型的补充应用于病原菌的监测和暴发事件调查。