自主研发奶牛85K液相芯片基因型准确性及填充效果研究

全基因组SNP育种芯片是实施奶牛基因组选择的必要工具,目前国内广泛使用的育种芯片依赖进口且遗传标记位点未涵盖我国奶牛群体特定遗传背景。本研究作者自主研发了基于靶向捕获测序技术的奶牛85K液相芯片,包含84 560个SNP位点,芯片设计同时考虑商业化芯片及我国奶牛群体重要性状功能基因信息。本研究旨在验证自主研发85K液相芯片的SNP位点分型准确性及基因型填充准确性,为中国荷斯坦牛基因组选择提供技术支撑。基于中国农业大学构建的中国荷斯坦牛基因组选择参考群体(17 868头),对验证群体(157头)分别采用50K、80K、150K商业化芯片及85K液相芯片进行基因型检测,比较分析检出率及基因型准确性;将85K基因型数据填充至3款商业化芯片密度水平并比较分析填充准确性。研究发现验证群体的85K芯片检出率为98.70%~99.17%,与商业化芯片的共有位点基因型一致性为98.46%~99.39%;填充位点基因型一致性为96.81%~99.14%、相关性R2为99.65%~99.83%、剂量相关性DR^(2)为95.20%~98.19%;验证结果表明:85K液相芯片与3款商业化芯片相互填充的一致性(96.35%~97.89%)、相关性R2(98.66%~99.81%)、剂量相关性DR2(96.11%~97.73%)无显著差异。研究结果表明自主研发85K液相芯片可以用于我国奶牛基因组选择参考群体扩大及青年公牛、核心群母牛及生产群母牛的基因组遗传评估。

荷斯坦奶牛胚胎基因组遗传评估研究

旨在建立一种荷斯坦奶牛胚胎细胞早期基因组检测和遗传评估的方法并筛选优秀种用胚胎,通过胚胎移植技术选育优秀种牛,进一步缩短世代间隔,加快遗传进展。本研究基于4头荷斯坦种公牛克隆细胞,比较分析2细胞、5细胞的微量基因组DNA提取效果、全基因组芯片检出率及错配率;随后提取24枚荷斯坦奶牛早期胚胎5细胞样本的基因组DNA,利用150K芯片进行基因组检测;基于大规模基因组选择参考群体,采用GBLUP方法计算每枚胚胎9个性状的基因组育种值。结果表明,2和5克隆细胞的基因组DNA浓度、纯度和相对完整性均较好;5克隆细胞样品的150K芯片检出率较高(89.54%~95.07%)、错配率较低(1.02%~4.67%)。24枚胚胎的5细胞样品基因组DNA质量、总量和相对完整性均较好,150K芯片数据检出率为92.28%~98.51%,9个性状(产奶、体型和体细胞评分)基因组评估准确性为55%~79%,平均基因组评估准确性不低于65%。综上,本研究优化并建立了奶牛胚胎少量细胞DNA提取及基因组评估技术,胚胎样本基因组检出率不低于90%,平均基因组评估准确性不低于0.65。

发酵型保育料在断奶仔猪生产中的开发研究与应用

随着国家减抗、禁抗力度的不断加大,各种类型的替抗饲料产品应运而生。由活菌制剂和发酵底物组成的发酵饲料成为研究开发的重点之一。发酵饲料具有适口性好、易于消化、有益活菌含量高等特点,研究、筛选合适的菌种和底物开发断奶仔猪饲料,可以增加日增重、降低腹泻率、提高免疫力。本文对断奶仔猪的生理特性、发酵饲料的营养特点以及发酵饲料在断奶仔猪中的应用进行综述,为研究开发发酵型保育料并在断奶仔猪生产中的推广应用提供技术支撑,并为无抗养猪提供依据。