低强度脉冲超声抑制脓毒症大鼠脾脏淋巴细胞的凋亡

目的探讨低强度脉冲超声(LIPUS)对脓毒症SD大鼠脾脏淋巴细胞凋亡的抑制效应及可能机制。方法通过盲肠结扎穿刺术建立脓毒症SD大鼠模型,将78只雌性SD大鼠随机分为超声组(LIPUS,n=26)、盲肠结扎穿刺组(CLP,n=26)和假手术组(Sham,n=26)。超声参数如下:声强200 mW/cm^(2),辐照时间20 min,频率0.37 MHz。观察各组大鼠术后72 h内的存活情况;苏木精-伊红染色法观察脾脏淋巴细胞的数量变化;脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法和流式细胞术检测脾脏淋巴细胞凋亡情况;免疫组化、蛋白质印迹法和实时荧光定量PCR检测线粒体凋亡通路B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)和半胱氨酸蛋白酶3(Caspase 3)的蛋白及mRNA的表达水平。结果Sham组72 h内全部存活,LIPUS组的存活率显著高于CLP组(P<0.05);与CLP组相比,LIPUS组脾脏淋巴细胞凋亡率显著降低(P<0.05),Bcl-2的蛋白及mRNA表达水平显著升高(P<0.05),Bax及Caspase 3的蛋白及mRNA表达水平显著降低(P<0.05)。结论LIPUS可能通过调节线粒体通路上的关键分子(Bcl-2、Bax及Caspase 3)抑制脓毒症SD大鼠脾脏淋巴细胞凋亡,提高其72 h内存活率、延长存活时间。

全基因组关联研究中标签SNP集的选择方法

单核苷酸多态性引起的DNA序列的改变造成了整个生物界染色体基因组的多样性,对SNP的深入研究对于识别人类基因表型和疾病关联具有重要的意义.标签SNP集的选择是生物信息学中的关键问题,少量的标签SNP所代表基因的遗传信息可以大大降低基因分型和全基因组关联研究的成本.本文详细介绍了SNP相关理论以及标签SNP集的选择方法,并针对标签SNP的应用以及未来的研究方向进行了简要分析.

基于R语言的互信息网络模型在乳腺癌易感基因检测分析中的应用

全基因组关联研究(Genome-wide association studies,GWAS)是指在基因水平上进行关联分析来寻找致病基因的方法.传统的研究方法没有考虑到基因之间的相互作用,而且在复杂的因素情形下往往效率、准确率较低.针对上述难题,本文提出一种基于互信息的结构性关键SNPs集合选取方法.在互信息理论和仿真数据的基础之上,逆向构建SNPs互信息网络,给定互信息一个阈值范围,找到对应阈值下相关统计量进行比较分析,选取出合适的阈值.根据选取的阈值,筛选出对网络结构有明显影响效果的"结构性关键SNPs".实验结果表明:本文采用的参数取值方法能够准确快速地筛选出对网络结构有明显影响效果的关键SNPs.