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大豆C_(2)H_(2)型锌指蛋白转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
1
作者
郭智滨
张亚坤
+4 位作者
贺紫航
周强华
蔡占东
马启彬
年海
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期139-150,共12页
为进一步寻找与大豆产量相关的潜在候选基因,利用生物信息学与转录组学技术,通过拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)C_(2)H_(2)型锌指蛋白(C_(2)H_(2)zinc finger protein)序列BLAST映射,将从大豆(Glycine max)的基因组数据库中筛选出的44...
为进一步寻找与大豆产量相关的潜在候选基因,利用生物信息学与转录组学技术,通过拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)C_(2)H_(2)型锌指蛋白(C_(2)H_(2)zinc finger protein)序列BLAST映射,将从大豆(Glycine max)的基因组数据库中筛选出的44个C_(2)H_(2)锌指蛋白家族成员分成11个亚家族,并对其进行系统进化、保守结构域、顺式作用元件、测序数据和转录组数据等相关分析。结果表明:C_(2)H_(2)锌指蛋白家族成员分布于17条大豆染色体中,且每个亚家族的基因结构域较为相近,呈高度保守性。成员启动子部分含有抗逆境胁迫以及激素相关的调控元件。RNA-seq结果显示,有8个基因在不同植物组织内表达差异显著。荧光定量PCR分析表明,3个基因的分析结果为SUPERMAN的转录调节因子,GmC1-1iZFP42为Ln位点的相应基因,参与大豆叶形和籽粒的调控,GmC1-1iZFP12、GmC1-1iZFP30为SUPERMAN基因的转录调节因子,GmC1-1iZFP21可能参与大豆籽粒形成和发育的过程,为调控相关过程的候选基因。本研究为进一步寻找和挖掘大豆高产基因提供方向,也为C_(2)H_(2)型锌指蛋白和生物信息学在植物中的利用提供参考和启示。
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关键词
大豆
C_(2)H_(2)
基因家族
表达分析
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职称材料
题名
大豆C_(2)H_(2)型锌指蛋白转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
1
作者
郭智滨
张亚坤
贺紫航
周强华
蔡占东
马启彬
年海
机构
华南农业大学农学院/国家大豆改良中心广东分中心
岭南现代农业科学与技术广东省实验室
出处
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期139-150,共12页
基金
国家重点研发计划“农业生物种质资源挖掘与创新利用”重点专项(2021YFD1201602)
广东省乡村振兴战略专项省级种业振兴行动项目(006939908/2022-00744)
+1 种基金
国家大豆产业技术体系建设项目(CARS-04-PS09)
2021年大学生创新创业训练计划项目(202110564047)。
文摘
为进一步寻找与大豆产量相关的潜在候选基因,利用生物信息学与转录组学技术,通过拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)C_(2)H_(2)型锌指蛋白(C_(2)H_(2)zinc finger protein)序列BLAST映射,将从大豆(Glycine max)的基因组数据库中筛选出的44个C_(2)H_(2)锌指蛋白家族成员分成11个亚家族,并对其进行系统进化、保守结构域、顺式作用元件、测序数据和转录组数据等相关分析。结果表明:C_(2)H_(2)锌指蛋白家族成员分布于17条大豆染色体中,且每个亚家族的基因结构域较为相近,呈高度保守性。成员启动子部分含有抗逆境胁迫以及激素相关的调控元件。RNA-seq结果显示,有8个基因在不同植物组织内表达差异显著。荧光定量PCR分析表明,3个基因的分析结果为SUPERMAN的转录调节因子,GmC1-1iZFP42为Ln位点的相应基因,参与大豆叶形和籽粒的调控,GmC1-1iZFP12、GmC1-1iZFP30为SUPERMAN基因的转录调节因子,GmC1-1iZFP21可能参与大豆籽粒形成和发育的过程,为调控相关过程的候选基因。本研究为进一步寻找和挖掘大豆高产基因提供方向,也为C_(2)H_(2)型锌指蛋白和生物信息学在植物中的利用提供参考和启示。
关键词
大豆
C_(2)H_(2)
基因家族
表达分析
Keywords
soybean
C_(2)H_(2)
gene family
expression analysis
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆C_(2)H_(2)型锌指蛋白转录因子家族全基因组鉴定及表达分析
郭智滨
张亚坤
贺紫航
周强华
蔡占东
马启彬
年海
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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参考文献
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