特异性拟杆菌引物在珠江三角洲的适应性研究

在珠江三角洲地区采集人、猪、牛、狗以及家禽等33个粪便样品,高效提取基因组DNA,选取14种特异性拟杆菌引物进行检验分析,并进一步采用已知污染源类型的水样对其进行验证.结果表明:采用粪便样品DNA专属提取试剂盒和水体样品DNA专属提取试剂盒提取的基因组模版纯度和提取率均符合后续实验要求.拟杆菌通用引物2#(Bac32F/Bac708R)检出率为85%(28/33),特别是对哺乳类动物和鸡的粪便具有更高的检出率.人的拟杆菌特异性引物3#(HF134F/Bac708R)和4#(HF183F/Bac708R)、反刍动物的拟杆菌特异性引物8#(CF128F/Bac708R)以及猪的拟杆菌特异性引物10#(PF163F/Bac708R)在珠江三角洲地区同时具有较高的灵敏度和较强的特异性.水体样品验证实验与实际污染类型相符,说明拟杆菌通用引物2#、人的特异性引物3#和4#以及猪的特异性引物10#在珠江三角洲地区具有很好的适用性.

水体微生物污染指示菌在不同营养水平下的稳定性

微生物污染指示菌在水体中的稳定性直接影响到定量的准确性及应用的适应性.通过建立水环境模拟反应器,以实时荧光定量PCR方法探究鸡粪中大肠埃希氏菌(EC)、拟杆菌(GB)及鸡源特异性基因(CB)等指示微生物在不同营养水平的水环境的稳定性及衰减特征.结果表明:所选微生物衰减较好的符合一级动力学模型.对照组和含有营养物质实验体系中指示微生物的衰减系数k分别为EC(0.135,0.134;前者为对照组,下同),GB(0.415,0.457),CB(0.425,0.437),说明营养物质对EC、GB、CB的衰减未有显著影响.有氧水环境中,GB、CB呈现快速衰减趋势,EC则变化相对缓慢.不同营养水平下3种微生物的衰减具有显著正相关性(P<0.05),均可作为良好指示菌以评价水体的微生物污染程度,但特征各异.

禽类特异性引物在珠江三角洲地区的适用性研究

以珠江三角洲地区为目标研究区域,采集不同地区猪、牛、人、狗、鸽、羊及家禽等72份粪便样品,进行DNA提取,并选取8种针对鸡肠道内优势菌群而开发出的特异性引物进行地区适用性验证。结果表明:粪便DNA提取试剂盒提取的DNA纯度符合后续PCR扩增实验要求。Faecalibaterium通用引物FAU-F/FAU-R(1~#)检出率为87%(63/72),对禽类、反刍动物及哺乳动物等都具有较好地检出效果。鸡的特异性Faecalibaterium引物Fach-F1/Fach-R1、Fach-F2/Fach-R2(2~#、3~#)、特异性短杆菌引物LA35F/LA35R(4~#)、特异性拟杆菌引物ch Bact-F1/ch Bact-R16、CP2-9F/CP2-9R(5~#、7~#)灵敏度较差;鸡的拟杆菌特异性引物q C160F-HU/q Bac265R-H(6~#)、鸡的梭状芽胞杆菌特异性引物CP3-49F/CP3-49R(8~#)特异性较差,在珠江三角洲地区都不具备较好的适用性。然而,当源解析的目标由鸡扩大至禽类,6~#及8~#引物的特异性分别提高至81%和72%,满足珠三角地区禽类粪便污染源解析的适用条件。