侵染牡丹的苹果茎沟病毒分离物基因组测序及分析

前期在北京地区种植的牡丹中检测到了苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV),并获得了1个ASGV牡丹分离物的基因组全序列。为分析侵染牡丹的ASGV的遗传多样性,根据已报道的118个ASGV基因组全序列的保守区设计特异性引物,用重叠(overlapping)RT-PCR和cDNA末端序列快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获得9个ASGV牡丹分离物的基因组全序列。共计10个ASGV牡丹分离物,基因组全序列成对比对的核苷酸一致性为81.9%~97.6%,与其他物种ASGV分离物基因组全序列的核苷酸一致性为80.8%~91.2%。序列分析表明ASGV牡丹分离物的分子多样性主要位于多聚蛋白的保守结构域Mtr和P-Pro之间以及RdRp与CP之间。用127个ASGV基因组全序列进行重组分析,5个牡丹分离物被鉴定为重组体,其中1个重组体的重组亲本来源于不同国家的不同寄主植物。用79个非重组的ASGV基因组全序列构建系统发育树,表明ASGV牡丹分离物与ASGV苹果、梨和柑橘等分离物共同聚类到第Ⅰ组,且ASGV牡丹分离物聚到不同的分支。研究结果表明侵染牡丹的ASGV具有遗传多样性,重组可能是导致其遗传多样性的一个因素。