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人microRNA-200家族靶基因预测及生物信息学分析
被引量:
4
1
作者
张英
秦江月
+3 位作者
贾慧卓
陈磊
申永春
文富强
《西部医学》
2020年第1期9-13,共5页
目的对microRNA-200(miR-200)家族成员的靶基因进行预测和生物信息学分析,为进一步探讨miR-200家族的功能及其调节机制提供证据。方法运用靶基因预测软件TargetScan、PicTar2和miRanda分别预测miR-200家族9个成员的靶基因,再分别取各自...
目的对microRNA-200(miR-200)家族成员的靶基因进行预测和生物信息学分析,为进一步探讨miR-200家族的功能及其调节机制提供证据。方法运用靶基因预测软件TargetScan、PicTar2和miRanda分别预测miR-200家族9个成员的靶基因,再分别取各自在三个软件下预测所得靶基因的交集,然后利用miRTarbase数据库获取这9个miRNA经过至少3种实验验证并且靶向关系类型为具有功能的miRNA-靶基因互作的靶基因,将软件预测所得结果与靶向关系预测结果取并集,作为所纳入每个miRNA的靶基因集合,然后分别对靶基因集合进行生物学过程的功能富集,信号通路及蛋白质互作网络分析。结果 miR-200家族的预测靶基因富集于多个生物学过程,其生物学过程主要富集于:RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控、DNA模板转录负调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控等;信号通路主要富集于:肿瘤、胶质瘤、黑色素瘤、肺小细胞癌等多种肿瘤和EB病毒感染、乙型肝炎等感染相关通路,蛋白质互作网络显示9个成员的预测靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,靶基因编码蛋白质"RAC1"、"SRC"、"RHOA"、"CREBBP"、"CTNNB1"在互作网络中具有核心地位。结论 miR-200家族中的成员通过调控靶基因进而调节下游靶蛋白参与肿瘤、感染等病理生理进程。
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关键词
microRNA-200家族
靶基因
生物信息学
互作网络
信号通路
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职称材料
慢性阻塞性肺疾病的早期诊断与干预
被引量:
16
2
作者
贾慧卓
文富强
《中华全科医师杂志》
2018年第7期500-503,共4页
慢性阻塞性肺疾病(慢阻肺)是世界第三大致死性疾病,晚期和重度慢阻肺患者死亡率高,预后差。对无症状患者进行早期干预是未来慢阻肺防治的趋势之一。然而,慢阻肺具有异质性,病因及病理机制复杂,个体对治疗的反应不尽相同。因此,...
慢性阻塞性肺疾病(慢阻肺)是世界第三大致死性疾病,晚期和重度慢阻肺患者死亡率高,预后差。对无症状患者进行早期干预是未来慢阻肺防治的趋势之一。然而,慢阻肺具有异质性,病因及病理机制复杂,个体对治疗的反应不尽相同。因此,对慢阻肺进行早期干预首先需要了解慢阻肺的早期诊断和特点。
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关键词
肺疾病
慢性阻塞性
早期诊断
预防
原文传递
血浆环状物4浓度与慢阻肺患者肺通气功能下降的关系
3
作者
贾慧卓
吴艳秋
+2 位作者
秦江月
申永春
文富强
《中华医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期116-120,共5页
目的探讨血浆环状物4浓度与慢阻肺患者肺通气功能下降的关系。方法该研究于2017年9月至2018年9月在华西医院门诊进行。连续收集符合纳入排除标准的受试者,其中慢阻肺组(75例)来自呼吸专科门诊就诊人群,健康对照组(57例)来自同期体检中...
目的探讨血浆环状物4浓度与慢阻肺患者肺通气功能下降的关系。方法该研究于2017年9月至2018年9月在华西医院门诊进行。连续收集符合纳入排除标准的受试者,其中慢阻肺组(75例)来自呼吸专科门诊就诊人群,健康对照组(57例)来自同期体检中心健康体检人群。收集基本人口学特征、临床特征、肺通气功能相关指标和血浆。检测血浆中环状物4、C-反应蛋白(CRP)、白细胞介素(IL)-6、IL-8、IL-1b、肿瘤坏死因子(TNF)-α的浓度,比较两组间差异。分析血浆环状物4浓度与肺通气功能参数、CRP等炎症因子的相关性,通过受试者工作特征(ROC)曲线分析血浆环状物4浓度对慢阻肺的诊断效能。结果慢阻肺组血浆环状物4浓度显著高于健康对照组[(41.3±14.2)比(27.7±13.3)ng/L;(P<0.001)],环状物4诊断慢阻肺的灵敏度为0.827,特异度为0.702。全部受试者血浆环状物4浓度与第1秒用力呼气容积(FEV1)与用力肺活量(FVC)的比值(FEV1/FVC)、FEV1占预计值百分比(FEV1%预计值)以及用力呼出50%、25%肺活量的呼气流量(MEF50、MEF25)和最大呼气中期流速(MMEF)均呈负相关(r=-0.399、-0.321、-0.439、-0.363、-0.458;均P<0.001),与CRP呈正相关(r=0.311,P<0.001)。结论血浆环状物4浓度升高导致慢阻肺患者肺通气功能下降。
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关键词
肺疾病
慢性阻塞性
环状物4
肺功能
原文传递
基于GEO数据库严重肺气肿患者基因芯片数据的生物信息学分析
被引量:
1
4
作者
秦江月
贾慧卓
+4 位作者
张英
李典典
申永春
陈磊
文富强
《中华医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期104-109,共6页
目的通过生物信息学的方法分析无/轻度肺气肿与严重肺气肿患者的差异基因。方法从基因表达数据库(GEO)下载无/轻度肺气肿与严重肺气肿患者的肺组织芯片数据GSE1650,通过t检验获得差异基因。然后使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本...
目的通过生物信息学的方法分析无/轻度肺气肿与严重肺气肿患者的差异基因。方法从基因表达数据库(GEO)下载无/轻度肺气肿与严重肺气肿患者的肺组织芯片数据GSE1650,通过t检验获得差异基因。然后使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。再利用STRING数据库对差异表达基因进行蛋白相互作用网络(PPI)分析,并选出关键基因。结果共获得76个差异基因,其中在严重肺气肿组中表达上调的基因有62个,表达下调的基因有14个。GO富集分析表明差异基因主要参与了中性粒细胞趋化、细胞对白细胞介素-1的反应、细胞外基质(ECM)组织、免疫反应。KEGG信号通路富集分析主要包括了细胞因子-细胞因子受体相互作用、ECM受体相互作用、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、血小板激活。PPI分析筛选获得了17个关键基因,分别为CXCL8、RRAD、CLU、TIMP1、SEPP1、ISLR、BGN、COL1A1、COLIA2、ACTA2、ACTN1、FIGF、TPM1、TPM2、LUM、COL6A3、TAGLN。其中有15个上调基因(CLU、TIMP1、SEPP1、ISLR、BGN、COLIA2、COL1A1、ACTA2、ACTN1、FIGF、TPM1、TPM2、LUM、COL6A3、TAGLN),2个下调基因(CXCL8、RRAD)。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,严重肺气肿与无/轻度肺气肿患者存在差异基因。
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关键词
肺疾病
慢性阻塞性
肺气肿
基因
计算生物学
原文传递
题名
人microRNA-200家族靶基因预测及生物信息学分析
被引量:
4
1
作者
张英
秦江月
贾慧卓
陈磊
申永春
文富强
机构
四川大学华西医院呼吸与危重症医学科·生物治疗国家重点实验室呼吸病学研究室
出处
《西部医学》
2020年第1期9-13,共5页
基金
国家自然科学基金面上项目(31871157)
国家重点研发计划项目(2016YFC1304500)
文摘
目的对microRNA-200(miR-200)家族成员的靶基因进行预测和生物信息学分析,为进一步探讨miR-200家族的功能及其调节机制提供证据。方法运用靶基因预测软件TargetScan、PicTar2和miRanda分别预测miR-200家族9个成员的靶基因,再分别取各自在三个软件下预测所得靶基因的交集,然后利用miRTarbase数据库获取这9个miRNA经过至少3种实验验证并且靶向关系类型为具有功能的miRNA-靶基因互作的靶基因,将软件预测所得结果与靶向关系预测结果取并集,作为所纳入每个miRNA的靶基因集合,然后分别对靶基因集合进行生物学过程的功能富集,信号通路及蛋白质互作网络分析。结果 miR-200家族的预测靶基因富集于多个生物学过程,其生物学过程主要富集于:RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控、DNA模板转录负调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控等;信号通路主要富集于:肿瘤、胶质瘤、黑色素瘤、肺小细胞癌等多种肿瘤和EB病毒感染、乙型肝炎等感染相关通路,蛋白质互作网络显示9个成员的预测靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,靶基因编码蛋白质"RAC1"、"SRC"、"RHOA"、"CREBBP"、"CTNNB1"在互作网络中具有核心地位。结论 miR-200家族中的成员通过调控靶基因进而调节下游靶蛋白参与肿瘤、感染等病理生理进程。
关键词
microRNA-200家族
靶基因
生物信息学
互作网络
信号通路
Keywords
miR-200 family
Target genes
Bioinformatics analysis
Interaction pathway
Signal path
分类号
R363 [医药卫生—病理学]
下载PDF
职称材料
题名
慢性阻塞性肺疾病的早期诊断与干预
被引量:
16
2
作者
贾慧卓
文富强
机构
四川大学华西医院呼吸与危重症医学科
出处
《中华全科医师杂志》
2018年第7期500-503,共4页
文摘
慢性阻塞性肺疾病(慢阻肺)是世界第三大致死性疾病,晚期和重度慢阻肺患者死亡率高,预后差。对无症状患者进行早期干预是未来慢阻肺防治的趋势之一。然而,慢阻肺具有异质性,病因及病理机制复杂,个体对治疗的反应不尽相同。因此,对慢阻肺进行早期干预首先需要了解慢阻肺的早期诊断和特点。
关键词
肺疾病
慢性阻塞性
早期诊断
预防
分类号
R563.9 [医药卫生—呼吸系统]
原文传递
题名
血浆环状物4浓度与慢阻肺患者肺通气功能下降的关系
3
作者
贾慧卓
吴艳秋
秦江月
申永春
文富强
机构
四川大学华西医院呼吸与危重症医学科生物治疗国家重点实验室呼吸病学研究室
出处
《中华医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期116-120,共5页
基金
国家重点研发计划(2016YFC0903600,2016YFC1304500)。
文摘
目的探讨血浆环状物4浓度与慢阻肺患者肺通气功能下降的关系。方法该研究于2017年9月至2018年9月在华西医院门诊进行。连续收集符合纳入排除标准的受试者,其中慢阻肺组(75例)来自呼吸专科门诊就诊人群,健康对照组(57例)来自同期体检中心健康体检人群。收集基本人口学特征、临床特征、肺通气功能相关指标和血浆。检测血浆中环状物4、C-反应蛋白(CRP)、白细胞介素(IL)-6、IL-8、IL-1b、肿瘤坏死因子(TNF)-α的浓度,比较两组间差异。分析血浆环状物4浓度与肺通气功能参数、CRP等炎症因子的相关性,通过受试者工作特征(ROC)曲线分析血浆环状物4浓度对慢阻肺的诊断效能。结果慢阻肺组血浆环状物4浓度显著高于健康对照组[(41.3±14.2)比(27.7±13.3)ng/L;(P<0.001)],环状物4诊断慢阻肺的灵敏度为0.827,特异度为0.702。全部受试者血浆环状物4浓度与第1秒用力呼气容积(FEV1)与用力肺活量(FVC)的比值(FEV1/FVC)、FEV1占预计值百分比(FEV1%预计值)以及用力呼出50%、25%肺活量的呼气流量(MEF50、MEF25)和最大呼气中期流速(MMEF)均呈负相关(r=-0.399、-0.321、-0.439、-0.363、-0.458;均P<0.001),与CRP呈正相关(r=0.311,P<0.001)。结论血浆环状物4浓度升高导致慢阻肺患者肺通气功能下降。
关键词
肺疾病
慢性阻塞性
环状物4
肺功能
Keywords
Pulmonary disease
chronic obstructive
Roundabout 4
Lung function
分类号
R563 [医药卫生—呼吸系统]
原文传递
题名
基于GEO数据库严重肺气肿患者基因芯片数据的生物信息学分析
被引量:
1
4
作者
秦江月
贾慧卓
张英
李典典
申永春
陈磊
文富强
机构
四川大学华西医院呼吸与危重症医学科生物治疗国家重点实验室呼吸病学研究室
出处
《中华医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期104-109,共6页
基金
国家重点研发计划(2016YFC0903600,2016YFC1304500)
国家自然科学基金(31871157)。
文摘
目的通过生物信息学的方法分析无/轻度肺气肿与严重肺气肿患者的差异基因。方法从基因表达数据库(GEO)下载无/轻度肺气肿与严重肺气肿患者的肺组织芯片数据GSE1650,通过t检验获得差异基因。然后使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。再利用STRING数据库对差异表达基因进行蛋白相互作用网络(PPI)分析,并选出关键基因。结果共获得76个差异基因,其中在严重肺气肿组中表达上调的基因有62个,表达下调的基因有14个。GO富集分析表明差异基因主要参与了中性粒细胞趋化、细胞对白细胞介素-1的反应、细胞外基质(ECM)组织、免疫反应。KEGG信号通路富集分析主要包括了细胞因子-细胞因子受体相互作用、ECM受体相互作用、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、血小板激活。PPI分析筛选获得了17个关键基因,分别为CXCL8、RRAD、CLU、TIMP1、SEPP1、ISLR、BGN、COL1A1、COLIA2、ACTA2、ACTN1、FIGF、TPM1、TPM2、LUM、COL6A3、TAGLN。其中有15个上调基因(CLU、TIMP1、SEPP1、ISLR、BGN、COLIA2、COL1A1、ACTA2、ACTN1、FIGF、TPM1、TPM2、LUM、COL6A3、TAGLN),2个下调基因(CXCL8、RRAD)。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,严重肺气肿与无/轻度肺气肿患者存在差异基因。
关键词
肺疾病
慢性阻塞性
肺气肿
基因
计算生物学
Keywords
Pulmonary disease
chronic obstructive
Pulmonary emphysema
Genes
Computational biology
分类号
R563 [医药卫生—呼吸系统]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人microRNA-200家族靶基因预测及生物信息学分析
张英
秦江月
贾慧卓
陈磊
申永春
文富强
《西部医学》
2020
4
下载PDF
职称材料
2
慢性阻塞性肺疾病的早期诊断与干预
贾慧卓
文富强
《中华全科医师杂志》
2018
16
原文传递
3
血浆环状物4浓度与慢阻肺患者肺通气功能下降的关系
贾慧卓
吴艳秋
秦江月
申永春
文富强
《中华医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
原文传递
4
基于GEO数据库严重肺气肿患者基因芯片数据的生物信息学分析
秦江月
贾慧卓
张英
李典典
申永春
陈磊
文富强
《中华医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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