药用真菌茯苓基因组密码子使用偏性分析

为了解药用真菌茯苓基因组密码子使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特性的因素,以茯苓核基因组和线粒体基因组数据为研究对象,利用CodonW、Mega X和EMBOSS等软件对基因密码子使用偏性进行分析,根据中性绘图、奇偶偏性绘图、ENC-plot和对应性分析推测茯苓基因组密码子偏性形成的影响因素。茯苓核基因平均GC含量为57.28%,同义密码子第3位偏好G/C碱基;茯苓核基因密码子偏性主要受选择作用影响,而线粒体基因除了受选择作用影响,还受到较强的碱基突变影响;茯苓核基因部分同义密码子间RSCU值差异较大,高频密码子和最优密码子均以G/C结尾。茯苓核基因密码子偏性较强,进化过程中受到较强的环境和寄主选择作用。与酵母相比,大肠杆菌基因密码子使用模式更接近于茯苓,大肠杆菌可能更适合作为茯苓基因异源表达宿主。上述结果可为茯苓的分子进化及外源基因的转基因研究提供参考。