基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据分析小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制

目的利用网络药理学结合GEO基因芯片分析的方法以及细胞实验研究小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制。方法首先利用GEO数据库获取宫颈癌芯片数据,再通过R软件获得其差异基因,同时绘制火山图。利用Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库收集小白菊内酯的作用靶点。通过GEO差异基因、Malacards、PharmGkb、CTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集宫颈癌的疾病靶基因,利用Cytoscape 3.7.2软件制作药物–活性成分–靶点–疾病网络图,通过String数据库和Cytoscape3.7.2软件对交集基因进行蛋白相互作用(PPI)网络富集分析。利用R语言的clusterfiler程序包对小白菊内酯治疗宫颈癌的潜在作用靶标进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后,通过人宫颈癌HeLa细胞模型验证小白菊内酯的作用机制。结果获取88个小白菊内酯靶基因,8167个宫颈癌的疾病靶点,26个差异基因,3个在宫颈癌中表达上调,23个在宫颈癌中表达下调。PPI网络以及拓扑分析结果显示,Toll样受体4(TLR4)、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、人细胞色素p450家族成员2C9(CYP2C9)、细胞色素P4503A4酶(CYP3A4)、组蛋白脱乙酰基酶2(HDAC2)、溴结构域包含蛋白2(BRD2)和溴结构域包含蛋白4(BRD4)是小白菊内酯治疗宫颈癌的7个核心基因。GO富集分析得出小白菊内酯影响的生物学过程(BP)有452个,包括对外源性刺激的反应、雌激素代谢过程等,作用的细胞组合(CC)有43个,包括组蛋白脱乙酰酶复合物、组蛋白甲基转移酶复合物等,作用的分子功能(MF)有41个;KEGG通路富集分析结果显示小白菊内酯治疗宫颈癌可能涉及药物代谢–细胞色素P450、细胞色素P450对异种物质的代谢及Toll样受体信号通路等信号通路。MTT实验证明,小白菊内酯以剂量相关的方式抑制HeLa细胞的增殖,IC50值为6μmol/L。结论小白菊内酯能够明显抑制Hela细胞增殖,作用机制可能涉及多个靶点和多条通路。

基于网络药理学及分子对接技术探讨小白菊内酯治疗肺癌的分子机制

目的基于网络药理学和分子对接技术探究小白菊内酯治疗肺癌的分子机制。方法从Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库筛选小白菊内酯的作用靶基因。通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集肺癌的疾病靶基因。使用Cytoscape软件构建“药物–靶基因–疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI);通过Bioconductor平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,利用分子对接技术确定小白菊内酯与核心靶基因结合作用。结果小白菊内酯靶基因共88个,肺癌相关基因8814个,取交集得到小白菊内酯–肺癌共同靶基因68个。在PPI网络中,组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)、细胞色素P450(CYP)2D6、CYP3A4、CYP2A6、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、Toll样受体4(TLR4)、溴结构域包含蛋白(BRD)2、BRD4、单胺氧化酶A(MAOA)、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶-1(APEX1)是小白菊内酯作用于肺癌的10个核心基因。共同靶基因的GO分子功能主要涉及对外源性刺激的反应、花生四烯酸代谢过程、质膜外侧、氧化还原酶活性加入分子氧的掺入或还原,作用于成对供体、p53结合和G蛋白偶联胺受体活性等623个生物学过程。KEGG信号通路主要富集在化学致癌作用–DNA加合物、药物代谢–细胞色素P450、细胞色素P450对异种物质的代谢等11个信号通路。分子对接分析表明,小白菊内酯与10核心基因之间均有良好的结合活性,氢键和π-π堆叠是相互作用的主要形式。结论小白菊内酯能通过多个靶点和多条信号通路治疗肺癌。

2010-2014年度国家自然科学基金“医学病原与感染”领域项目申请与资助情况及分析

“医学病原与感染”学科是基础医学和临床医学的重要组成部分，研究领域涉及微生物学、寄生虫学、感染病学、免疫学、生物化学与分子生物学、病理学、药理学、生物信息学、流行病学等诸多学科。随着自然环境的不断变化、社会经济活动的日趋活跃、全球性人员与物资交流的越来越多，人类病原体的传播与扩散日趋快速而广泛，可感染人类的新病原不断被发现；

2014年度国家自然科学基金“医学病原与感染”领域项目申请与资助情况分析

目的：根据2014年度国家自然科学基金“医学病原与感染”领域的项目申请及资助情况，分析该领域研究热点及科研队伍状况，为申请人提供参考。方法统计2014年度国家自然科学基金在该领域的项目申请及资助的项目类别、申请人情况、研究对象、二级代码分布、依托单位分布、资助金额等。结果资助项目主要集中在病毒领域；整体上男性获资助数量和资助率均高于女性，临床医师获资助率较低；依托单位水平不均衡，前10名获得了40％以上的项目资助。结论本领域项目申请质量较以往提高；科研队伍年轻化、高学历化；依托单位队伍壮大；研究领域覆盖广泛；学术不端现象依然存在。

2010至2014年国家自然科学基金对检验医学领域有关生物标志物项目的资助情况分析与展望

本文对国家自然科学基金委员会2010至2014年检验医学领域有关生物标志物项目的受理与资助情况进行了总结，对各类生物标志物从生化性质、疾病种类进行了分类统计，并分析了“生物标志物”项目近5年来呈现的特点，同时指出了今后本领域科研应注意的若干事项。