全基因组重测序探究晋南牛优势性状的分子基础

【目的】探究晋南牛优势性状所基于的遗传基础,为后续晋南牛种质资源利用以及分子育种提供参考。【方法】采集12头健康的纯种晋南牛耳缘组织,提取基因组DNA进行全基因组重测序,将测序数据以及NCBI数据库12头红安格斯牛基因组数据比对到牛参考基因组(ARS-UCD1.2),检测群体SNPs位点,采用ANNOVAR软件对变异位点进行注释;对晋南牛与红安格斯牛变异基因进行韦恩分析,筛选晋南牛特异性变异基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析,采用Cytoscape软件将显著富集的变异基因进行功能互作分析。【结果】晋南牛基因组DNA测序共获取clean reads 2 621 153 222条,Q30平均值达93.5%,碱基分布均匀且无明显偏向性,平均测序深度11.19×,覆盖率(≥4×)平均值为92.64%;检测到SNPs位点117 773 201个,注释外显子区域获得nonsynonymous、stopgain/stoploss SNPs共405 506个,覆盖于16 690个基因,筛选出晋南牛特异性变异基因5 289个。GO功能和KEGG通路分析表明,基因广泛富集于线粒体、核糖体、细胞器膜相关生物过程以及氧化磷酸化、细胞色素P450(CYP)代谢通路中;线粒体呼吸链蛋白(NDU)、细胞色素C氧化酶(COX)、葡萄糖醛酸基转移酶(UGT)广泛富集于氧化磷酸化途径;CYP1A1、CYP2E1、UGT1A6、UGT1A1基因富集于细胞色素P450相关的多条代谢通路;GSTM2、GSTT1、GSTT2、GSTK1基因富集于谷胱甘肽(GST)代谢途径与细胞色素P450相关路径;线粒体核糖体蛋白(MRP)、核糖体蛋白(RP)基因家族子网络富集于核糖体蛋白形成过程。【结论】晋南牛特异性变异基因与细胞能量代谢显著相关,推断其对晋南牛饲料高效转化率具有潜在遗传效应。本研究结果为筛选显著影响育肥性状的SNPs标记,繁育高饲料转化率的晋南牛提供方向。

晋南牛遗传结构特征及选择信号分析

【目的】阐明晋南牛的遗传结构特征,通过选择信号检测挖掘与晋南牛经济性状相关的候选基因,探究其在进化过程中的受选择情况。【方法】对晋南牛和红安格斯牛全基因组测序数据进行分析,鉴定2个群体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)标记,分析其在基因组的位置及其结构特征,基于SNP信息进行主成分分析(PCA)、构建状态同源矩阵(IBS);采用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(θπ)方法联合筛选晋南牛基因组受到强烈选择的区域,并对筛选到的受选择基因进行数量性状基因座(QTL)定位、GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】晋南牛群体SNPs位点主要分布于基因间区域,其次位于内含子区域。PCA和IBS分析结果表明,晋南牛和红安格斯牛2个群体间不存在杂交现象,且晋南牛群体中个体间遗传距离较远。通过Fst和θπ联合分析共筛选到188个潜在受选择区域。QTL分析结果表明晋南牛的选择信号多与生长、肉质及抗病性状相关。GO功能和KEGG通路富集分析显示,筛选到晋南牛强受选择的与经济性状相关的候选基因11个,包括组织蛋白酶1(CATHL1)、CATHL3、组织蛋白酶抗菌肽(CAMP)、CATHL4、RAS1激酶抑制因子(KSR1)、梅氏同源框1(MEIS1)、不规则片段极性蛋白1(DVL1)、多梳组无名指1(PCGF1)、RB转录辅助抑制因子1(RB1)、再生家族成员4(REG4)和卷曲类受体7(FZD7),在其外显子区域均检测到了SNP位点;除MEIS1、PCGF1、PZD7基因外,其他基因均存在非同义突变位点,且KSR1基因存在获得终止密码子的突变,CAMP基因存在获得终止密码子的突变和缺失终止密码子的突变;与红安格斯牛相比,晋南牛存在6个特有的受选择基因:CATHL1、CATHL4、CAMP、MEIS1、PCGF1、PZD7,主要与抗病性、生长和骨骼肌发育等相关。【结论】本研究从全基因组水平探究了晋南牛的遗传结构及选择信号特点,筛选出6个可能与晋南牛经济性状相关的候选基因,为后续晋南牛保种选育、特色性状形成的分子机制研究提供理论参考。

牛卵泡颗粒细胞CART与候选受体的分子对接及其功能

通过同源建模预测牛卵泡颗粒细胞(GCs)可卡因-苯丙胺转录肽(CART)与候选受体ZMPSTE24的三维结构,运用分子对接技术分析二者的结合模式,探究其分子互作关系;选取3头健康成年母牛,分离GCs,转染TEDDM1、CMKLR1、AGTR2、ZMPSTE24沉默序列,提取总RNA,并采用q RT-PCR检测TEDDM1、AGTR2、CMKLR1、ZMPSTE24等4个候选受体沉默后m RNA的相对表达量;采用CCK-8法测定各试验组和对照组GCs增殖情况;采用ELISA法检测各组培养液中雌激素(E2)的质量浓度,研究此4个候选受体在牛卵泡GCs中的功能。结果表明:ZMPSTE24与CART存在1个结合位点、9个盐桥、17个氢键;4个候选受体试验组的m RNA相对表达量均极显著(P<0.01)低于si NC组和空白组的,表明TEDDM1、CMKLR1、AGTR2、ZMPSTE24在GCs中沉默效果良好;TEDDM1、CMKLR1、AGTR2、ZMPSTE24沉默后,各试验组的细胞增殖率和培养液中E2质量浓度均极显著(P<0.01)低于阳性对照组(不加CART)的。可见,4个候选受体基因沉默后,CART对GCs增殖和E2分泌仍具有抑制作用。

西门塔尔牛无角性状的分子鉴定及应用

为鉴定西门塔尔牛有角和无角性状的相应基因型,为西门塔尔牛无角品系的培育提供数据基础,试验采集了103头无角西门塔尔牛、5头有角西门塔尔牛和5头无角安格斯牛颈静脉血,提取全血DNA后,通过PCR-测序法检测牛PC基因中P202ID突变位点的基因型。分型与测序结果显示,108头西门塔尔牛P202ID位点的基因型与角型完全一致,其中,103头无角西门塔尔牛中4头为纯合子,基因型与无角安格斯牛一致,均为PC/PC,PC的基因频率为0.0370;82头为无角杂合子,基因型为PC/prs,其中,PC的基因频率为0.7593;剩余17头去角西门塔尔牛与5头有角西门塔尔牛基因型一致,均为prs/prs,prs的基因频率为0.2037。鉴定群体中PC的基因频率为0.4166,prs的基因频率为0.5834。卡方检验结果显示,P202ID基因型与检测群体中有无角性状具有极显著关联,可以利用P202ID位点对西门塔尔牛角型进行鉴定。

bta-miR-377靶向调控牛下丘脑CART基因表达的研究

【目的】分析bta-miR-377与牛卵泡发育的关键调控因子可卡因-苯丙胺调节转录肽(cocaine and amphetamine regulated transcript peptide,CART)间的靶标关系,明确bta-miR-377对牛CART表达影响的作用机制。【方法】本研究通过生物信息学手段预测bta-miR-377与牛CART基因mRNA的结合位点,并对miR-377在不同物种间的序列保守性进行分析;利用双荧光素酶报告基因法验证bta-miR-377与CART基因的靶标关系;选择3头健康西门塔尔母牛,采集其下丘脑组织,分析bta-miR-377和CART基因在牛下丘脑中的内源表达情况;以PC12和293T细胞为模型进行细胞功能验证,利用实时荧光定量PCR和Western blotting检测分别转染bta-miR-377 mimics和NC mimics后的PC12细胞中CART基因mRNA和293T细胞中CART蛋白表达丰度变化。【结果】bta-miR-377在CART 3′-UTR上存在靶向结合位点,并能极显著下调CART 3′-UTR野生型重组双荧光质粒的相对荧光活性(P<0.01),且结合位点序列在多个物种中高度保守;在牛与大鼠间,miR-377种子区序列保守性较低;bta-miR-377和CART在牛下丘脑中均有表达;过表达bta-miR-377 mimics能够极显著下调CART基因mRNA的表达(P<0.01),显著下调CART蛋白的表达(P<0.05),bta-miR-377与CART的表达存在负相关关系。【结论】bta-miR-377和CART在牛下丘脑组织中均有表达,bta-miR-377能够通过与CART 3′-UTR特异性结合抑制PC12细胞中CART mRNA的表达。

“手术室自拍事件”的电视叙事和传播方式

媒介技术的飞速发展催生媒体叙事形式的不断演进,从口头叙事、文字叙事到影像叙事,在数字传播语境下尤其是移动互联网的推动下,诸如信息流、瀑布流等形式逐渐成为新的叙事话语。而对于传播方式来说,也逐渐从以传者为中心的传播方式转变到个人对个人、个人对多人、多人对多人的网络方式,传者受众一体化将成为新闻传播的主体特征。

媒介伦理视域下医疗类节目的隐私报道研究综述

1新闻职业道德的建立 新闻伦理学是研究新闻道德的科学,它既是伦理学的分支学科,又是伦理学和新闻学之间的交叉学科。它使用伦理学的理论和原理来探讨、研究一切新闻领域的新闻道德意识现象、活动现象和关系现象,并揭示其本质和规律,建立新闻道德科学的理论体系。

媒介融合趋势下新闻报道的变化

在新媒体的推动下,媒介融合已经成为一种趋势。伴随着媒介的融合发展,新闻生产的各个环节也发生了变化。本文探讨在媒介融合趋势下,新闻在生产、价值判断、工作流程和传播方式上的改变。

媒介融合趋势下的新闻报道

新媒体的推动下,媒介融合已经成为一种趋势。伴随着媒介的融合发展,新闻生产的各个环节也发生了变化。本文将探讨在媒介融合趋势下,新闻在生产、价值判断、工作流程和传播方式上的改变。