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基于生物信息学分析HBV感染相关肝组织中免疫微环境枢纽基因
1
作者
娄海波
毛玉巧
+5 位作者
赖倩微
廖娜莹
梁蔚芳
于文轩
付喜花
周宇辰
《现代消化及介入诊疗》
2023年第10期1238-1244,共7页
目的 通过生物信息学分析HBV感染相关免疫机制,找出定位于HBV感染相关免疫微环境的潜在治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库下载GSE121248和GSE55092数据集。使用limma R软件包筛选HBV阳性肝组织样本与正常肝组织样本间的差异表达基因(...
目的 通过生物信息学分析HBV感染相关免疫机制,找出定位于HBV感染相关免疫微环境的潜在治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库下载GSE121248和GSE55092数据集。使用limma R软件包筛选HBV阳性肝组织样本与正常肝组织样本间的差异表达基因(DEGs)。从GeneCards数据库中下载免疫相关基因集,与上述两组DEGs取交集后得到免疫相关的差异表达基因(i-DEGs)。利用i-DEGs构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,以筛选可能与HBV感染相关的枢纽基因;使用多种网络工具评估枢纽基因与miRNA、转录因子、小分子药物的关联性。结果 从GSE55092和GSE121248分别获得1417和789个DEGs,二者与免疫相关基因集取交集后得到324个i-DEGs。通过构建PPI网络,鉴定出TOP2A、CDK1、AURKA、NCAPG、KIF11、CCNB1、CDC20、BUB1B、CCNB2、CCNA2共10个枢纽基因。通过探索DGIdb数据库,鉴定出可以调控TOP2A、CDK1、AURKA、CCNA2表达的36种小分子药物。进一步研究发现,CDK1对于HBV感染的诊断效能最高,其表达水平与HBV相关免疫微环境中的6种免疫细胞浸润水平显著相关。结论 本研究发现CKD1可能是调控HBV相关免疫微环境的关键靶点。
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关键词
乙型肝炎病毒
生物信息学
枢纽基因
周期蛋白依赖性激酶-1
免疫微环境
下载PDF
职称材料
术前超声造影组学模型预测肝细胞癌消融术后早期复发风险
2
作者
李孟
曾妮
+9 位作者
周宇辰
辛洪杰
宋杨达
胡承光
孙家润
廖敏君
赖倩微
王莉慧
周元平
戴琳
《现代消化及介入诊疗》
2022年第1期20-25,30,共7页
目的基于术前超声造影(CEUS)影像组学特征,建立肝细胞癌(HCC)B超引导下消融术后早期复发的预测模型,对其预测效能进行评价、验证和比较。方法回顾性分析131例行消融术且术前1周内有CEUS和超声(US)检查的HCC患者临床资料,其中训练组91例...
目的基于术前超声造影(CEUS)影像组学特征,建立肝细胞癌(HCC)B超引导下消融术后早期复发的预测模型,对其预测效能进行评价、验证和比较。方法回顾性分析131例行消融术且术前1周内有CEUS和超声(US)检查的HCC患者临床资料,其中训练组91例,验证组40例。用MRIcroGL软件对整个肿瘤病灶进行勾画和分割,采用PyRadiomics分别提取CEUS和US图像的影像组学特征,用于建立临床模型、US组学模型、CEUS组学模型及联合模型,并评价各模型对HCC复发的预测效能。结果临床特征中,甲胎蛋白(AFP)水平、肿瘤大小是HCC消融术后早期复发的独立危险因素;CEUS组学模型相较于US组学模型和临床模型(训练组AUC 0.93 vs.0.81、0.93 vs.0.69,验证组AUC 0.74 vs.0.60、0.74 vs.0.67),表现出了更优的预测效能(P<0.05),与联合模型相比(训练组AUC 0.93 vs.0.95,验证组AUC 0.74 vs.0.63)预测效能无显著差异(P>0.05)。结论基于术前CEUS图像特征的组学模型作为一种简便有效的工具,对HCC消融术后早期复发具有良好的预测价值,有助于临床医生术前评估肿瘤复发风险以优化治疗策略,改善HCC患者预后。
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关键词
肝细胞癌
影像组学
超声造影
消融
复发
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职称材料
题名
基于生物信息学分析HBV感染相关肝组织中免疫微环境枢纽基因
1
作者
娄海波
毛玉巧
赖倩微
廖娜莹
梁蔚芳
于文轩
付喜花
周宇辰
机构
广州市番禺区中心医院感染性疾病科
南方医科大学南方医院消化内科
南方医科大学南方医院感染内科
南方医科大学中西医结合医院外科
出处
《现代消化及介入诊疗》
2023年第10期1238-1244,共7页
基金
国家自然科学基金项目(81772923)
广州市科技项目(201904010065)
广州市卫生健康科技项目(20241A011117)。
文摘
目的 通过生物信息学分析HBV感染相关免疫机制,找出定位于HBV感染相关免疫微环境的潜在治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库下载GSE121248和GSE55092数据集。使用limma R软件包筛选HBV阳性肝组织样本与正常肝组织样本间的差异表达基因(DEGs)。从GeneCards数据库中下载免疫相关基因集,与上述两组DEGs取交集后得到免疫相关的差异表达基因(i-DEGs)。利用i-DEGs构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,以筛选可能与HBV感染相关的枢纽基因;使用多种网络工具评估枢纽基因与miRNA、转录因子、小分子药物的关联性。结果 从GSE55092和GSE121248分别获得1417和789个DEGs,二者与免疫相关基因集取交集后得到324个i-DEGs。通过构建PPI网络,鉴定出TOP2A、CDK1、AURKA、NCAPG、KIF11、CCNB1、CDC20、BUB1B、CCNB2、CCNA2共10个枢纽基因。通过探索DGIdb数据库,鉴定出可以调控TOP2A、CDK1、AURKA、CCNA2表达的36种小分子药物。进一步研究发现,CDK1对于HBV感染的诊断效能最高,其表达水平与HBV相关免疫微环境中的6种免疫细胞浸润水平显著相关。结论 本研究发现CKD1可能是调控HBV相关免疫微环境的关键靶点。
关键词
乙型肝炎病毒
生物信息学
枢纽基因
周期蛋白依赖性激酶-1
免疫微环境
Keywords
hepatitis B virus
bioinformatics
hub gene
Cyclin-dependent kinase 1
immune microenvironment
分类号
R512.6 [医药卫生—内科学]
R575 [医药卫生—消化系统]
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职称材料
题名
术前超声造影组学模型预测肝细胞癌消融术后早期复发风险
2
作者
李孟
曾妮
周宇辰
辛洪杰
宋杨达
胡承光
孙家润
廖敏君
赖倩微
王莉慧
周元平
戴琳
机构
南方医科大学南方医院消化内科
南方医科大学南方医院感染内科
南方医科大学第一临床医学院
南方医科大学中西医结合医院普外科
出处
《现代消化及介入诊疗》
2022年第1期20-25,30,共7页
基金
国家自然科学基金项目(81772923)
2020年大学生创新创业训练计划项目-第一临床医学院(D200NF2011)。
文摘
目的基于术前超声造影(CEUS)影像组学特征,建立肝细胞癌(HCC)B超引导下消融术后早期复发的预测模型,对其预测效能进行评价、验证和比较。方法回顾性分析131例行消融术且术前1周内有CEUS和超声(US)检查的HCC患者临床资料,其中训练组91例,验证组40例。用MRIcroGL软件对整个肿瘤病灶进行勾画和分割,采用PyRadiomics分别提取CEUS和US图像的影像组学特征,用于建立临床模型、US组学模型、CEUS组学模型及联合模型,并评价各模型对HCC复发的预测效能。结果临床特征中,甲胎蛋白(AFP)水平、肿瘤大小是HCC消融术后早期复发的独立危险因素;CEUS组学模型相较于US组学模型和临床模型(训练组AUC 0.93 vs.0.81、0.93 vs.0.69,验证组AUC 0.74 vs.0.60、0.74 vs.0.67),表现出了更优的预测效能(P<0.05),与联合模型相比(训练组AUC 0.93 vs.0.95,验证组AUC 0.74 vs.0.63)预测效能无显著差异(P>0.05)。结论基于术前CEUS图像特征的组学模型作为一种简便有效的工具,对HCC消融术后早期复发具有良好的预测价值,有助于临床医生术前评估肿瘤复发风险以优化治疗策略,改善HCC患者预后。
关键词
肝细胞癌
影像组学
超声造影
消融
复发
Keywords
Hepatocellular carcinoma
Radiomics
Contrast-enhanced ultrasound
Ablation
Recurrence
分类号
R320.675.0 [医药卫生—人体解剖和组织胚胎学]
R575 [医药卫生—消化系统]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学分析HBV感染相关肝组织中免疫微环境枢纽基因
娄海波
毛玉巧
赖倩微
廖娜莹
梁蔚芳
于文轩
付喜花
周宇辰
《现代消化及介入诊疗》
2023
0
下载PDF
职称材料
2
术前超声造影组学模型预测肝细胞癌消融术后早期复发风险
李孟
曾妮
周宇辰
辛洪杰
宋杨达
胡承光
孙家润
廖敏君
赖倩微
王莉慧
周元平
戴琳
《现代消化及介入诊疗》
2022
0
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职称材料
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